FuNGI

Q8SRM3

Protein Details

Accession

Q8SRM3

Localization Confidence

Low

Confidence Score

7.2

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
112-135	SILLNEKKKIYFKKKLRESSGGND	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Subcellular Location(s)

cyto 11, cyto_nucl 10.833, nucl 9.5, cyto_mito 7.833, mito 3.5

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR045867 DNA-dir_RpoC_beta_prime IPR000722 RNA_pol_asu IPR006592 RNA_pol_N IPR007080 RNA_pol_Rpb1_1 IPR007066 RNA_pol_Rpb1_3 IPR042102 RNA_pol_Rpb1_3_sf IPR007083 RNA_pol_Rpb1_4 IPR007081 RNA_pol_Rpb1_5 IPR044893 RNA_pol_Rpb1_clamp_domain IPR035698 RNAP_III_Rpc1_C IPR035697 RNAP_III_RPC1_N IPR038120 Rpb1_funnel_sf
Gene Ontology	GO:0000428 C:DNA-directed RNA polymerase complex GO:0005634 C:nucleus GO:0003677 F:DNA binding GO:0003899 F:DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0006351 P:DNA-templated transcription
KEGG	ecu:ECU07_0090 -
Pfam	View protein in Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 PF04998 RNA_pol_Rpb1_5
CDD	cd02736 RNAP_III_Rpc1_C cd02583 RNAP_III_RPC1_N

Amino Acid Sequences

MIKKVEEDEIDIRIRRISFSLLSPQEISDLSVHEISSKDLYDISTRAPLPNGPLDLRLGVGNKKDKCATCGEGLATCIGHFGEVRLVLPVFNVGLIKNTISTLNCLCKSCGSILLNEKKKIYFKKKLRESSGGNDTKLILRRIVAECKKVNVCFVCSFRNGQIKKTFGFRIVHEVEDLEKRKKDRGSKGSDGVHSSCCEEINPLVALNVFNMMKEDDYELLGFLESPSRLIIQNVIVPPSCIRPSVSMDDEGTNEDDITIKISEIVHTNKVLREGIEKGNPLNLINEDWDHLQLQCALLINSELPQIGIPGQPVRGIVQRLKGKNGRFRCNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLSIEEVGIPERMAKILTISERVTRLNRRKLQALVLNGPENYPGANYVVGEKFKRFLMYGKRDIELKYGEVVERHLMDGDMVLFNRQPSLHRMSIMSHKVRVHRNKTLRFNECVCTPYNADFDGDEMNVHVPQTEKARAEASVLMSVSNNIVTPRHGEPIVAATQDFITGLYLITGKDTFFDRERFGQLVSYFSEARVGVKPAIRKPVELFTGKQLIEVLIKDSFTASIERNAVTGNMAVSLVGKNRSFKTHDDPNDGSVAILDNSYYFGRLDKSIVGGENKRDSLIYAIMKVSSMAAVRAMNSITKLCSRYLGETGFSIGLDDVQPGPILRQKKEMVVRRGYAECESKILEYSKKPEANEEMLEMEISSILNRIREECGSICIKELGIRNSPNIMQACGSKGSKINVSQMVACVGQQIVSGTRIPNGMDERCLPHFKRGSRTPESKGFVLNSFFDGLTSPEFFFHAVSGREGLVDTAVKTAETGYMQRRLMKALEDLSIQYDGSVRNSNMEVVQFAYGEDQIDPAMSEGDESINLEQVFLRAKSSFLHSLGPSPDLYSSWLDEHGTIDILRRLTPKGYPFEHIANRRFVGSLLRFMESKHEDKFCFGGTFYRYFLSKDFIETFFSMVSQKMMNLIVEPGTTVGAIAGQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVASMNITLGVPRLKEIINAVCNISTPIINAELDDPHDLFRTEVIKGRLDRISLKDVCSSLTEVISKDEIFLDIRVDLESLSRLKLNLDIHKIEKLLNNHDQVRVVNENTLRVSIKKITDQSYFNLQRIKKKLLNTKICGAPQVNRVIINSSRGLYSLVIEGRGLLNVINIDGVKAINTTSNSITEVEEVLGIEAARAQIIHEIEYTISNHGIKIDPRHIMLLADTMTYRGEVFGITRFGISKMSRSTLMLASFEQTSDYLFEAAVQSKSDEICGVSESIILGIPICIGTGSMDLYWNSGT

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.3
2	0.26
3	0.25
4	0.25
5	0.23
6	0.26
7	0.35
8	0.33
9	0.36
10	0.35
11	0.33
12	0.3
13	0.28
14	0.26
15	0.17
16	0.17
17	0.17
18	0.17
19	0.16
20	0.16
21	0.17
22	0.17
23	0.18
24	0.17
25	0.15
26	0.14
27	0.16
28	0.18
29	0.19
30	0.19
31	0.23
32	0.24
33	0.25
34	0.26
35	0.26
36	0.28
37	0.32
38	0.33
39	0.28
40	0.28
41	0.28
42	0.27
43	0.26
44	0.23
45	0.21
46	0.22
47	0.28
48	0.35
49	0.35
50	0.4
51	0.46
52	0.45
53	0.46
54	0.48
55	0.46
56	0.41
57	0.42
58	0.39
59	0.33
60	0.32
61	0.3
62	0.23
63	0.18
64	0.15
65	0.11
66	0.1
67	0.09
68	0.09
69	0.11
70	0.12
71	0.13
72	0.14
73	0.14
74	0.13
75	0.13
76	0.14
77	0.09
78	0.1
79	0.1
80	0.08
81	0.1
82	0.12
83	0.12
84	0.12
85	0.13
86	0.15
87	0.15
88	0.19
89	0.21
90	0.28
91	0.31
92	0.32
93	0.32
94	0.32
95	0.34
96	0.32
97	0.34
98	0.28
99	0.31
100	0.39
101	0.48
102	0.53
103	0.54
104	0.54
105	0.51
106	0.58
107	0.62
108	0.63
109	0.63
110	0.66
111	0.73
112	0.81
113	0.87
114	0.87
115	0.84
116	0.8
117	0.78
118	0.79
119	0.73
120	0.63
121	0.54
122	0.47
123	0.45
124	0.44
125	0.37
126	0.27
127	0.23
128	0.29
129	0.33
130	0.42
131	0.41
132	0.44
133	0.45
134	0.5
135	0.54
136	0.49
137	0.51
138	0.44
139	0.43
140	0.41
141	0.42
142	0.4
143	0.38
144	0.4
145	0.4
146	0.47
147	0.43
148	0.44
149	0.48
150	0.47
151	0.46
152	0.49
153	0.45
154	0.41
155	0.43
156	0.38
157	0.4
158	0.38
159	0.37
160	0.32
161	0.3
162	0.27
163	0.32
164	0.35
165	0.31
166	0.33
167	0.35
168	0.41
169	0.48
170	0.54
171	0.57
172	0.62
173	0.66
174	0.69
175	0.74
176	0.73
177	0.69
178	0.65
179	0.56
180	0.49
181	0.41
182	0.35
183	0.28
184	0.22
185	0.19
186	0.16
187	0.14
188	0.14
189	0.14
190	0.12
191	0.12
192	0.12
193	0.12
194	0.1
195	0.13
196	0.1
197	0.1
198	0.11
199	0.11
200	0.11
201	0.12
202	0.13
203	0.1
204	0.11
205	0.12
206	0.11
207	0.1
208	0.1
209	0.09
210	0.07
211	0.1
212	0.09
213	0.09
214	0.1
215	0.11
216	0.11
217	0.12
218	0.14
219	0.12
220	0.18
221	0.18
222	0.2
223	0.19
224	0.19
225	0.2
226	0.23
227	0.22
228	0.17
229	0.18
230	0.19
231	0.24
232	0.29
233	0.31
234	0.28
235	0.28
236	0.29
237	0.28
238	0.26
239	0.22
240	0.17
241	0.14
242	0.11
243	0.1
244	0.09
245	0.11
246	0.09
247	0.08
248	0.09
249	0.1
250	0.11
251	0.15
252	0.18
253	0.18
254	0.21
255	0.23
256	0.23
257	0.25
258	0.25
259	0.21
260	0.21
261	0.23
262	0.26
263	0.29
264	0.28
265	0.26
266	0.28
267	0.28
268	0.25
269	0.23
270	0.18
271	0.15
272	0.15
273	0.15
274	0.14
275	0.14
276	0.15
277	0.13
278	0.12
279	0.12
280	0.11
281	0.11
282	0.1
283	0.1
284	0.09
285	0.09
286	0.09
287	0.09
288	0.08
289	0.09
290	0.07
291	0.07
292	0.07
293	0.07
294	0.08
295	0.08
296	0.09
297	0.1
298	0.1
299	0.11
300	0.12
301	0.13
302	0.16
303	0.19
304	0.2
305	0.27
306	0.35
307	0.36
308	0.44
309	0.48
310	0.5
311	0.56
312	0.62
313	0.62
314	0.59
315	0.63
316	0.64
317	0.68
318	0.67
319	0.66
320	0.66
321	0.59
322	0.56
323	0.51
324	0.46
325	0.37
326	0.33
327	0.33
328	0.24
329	0.23
330	0.24
331	0.24
332	0.24
333	0.24
334	0.22
335	0.17
336	0.17
337	0.17
338	0.16
339	0.14
340	0.11
341	0.1
342	0.1
343	0.09
344	0.08
345	0.08
346	0.08
347	0.08
348	0.08
349	0.07
350	0.06
351	0.07
352	0.1
353	0.12
354	0.14
355	0.15
356	0.17
357	0.19
358	0.22
359	0.26
360	0.33
361	0.41
362	0.48
363	0.54
364	0.55
365	0.58
366	0.58
367	0.59
368	0.54
369	0.5
370	0.45
371	0.41
372	0.39
373	0.34
374	0.32
375	0.25
376	0.2
377	0.15
378	0.1
379	0.08
380	0.07
381	0.07
382	0.07
383	0.1
384	0.13
385	0.15
386	0.16
387	0.16
388	0.16
389	0.17
390	0.18
391	0.16
392	0.19
393	0.28
394	0.35
395	0.42
396	0.43
397	0.43
398	0.44
399	0.44
400	0.41
401	0.32
402	0.25
403	0.19
404	0.17
405	0.17
406	0.15
407	0.16
408	0.14
409	0.13
410	0.12
411	0.1
412	0.09
413	0.09
414	0.09
415	0.08
416	0.07
417	0.07
418	0.07
419	0.07
420	0.07
421	0.09
422	0.09
423	0.09
424	0.13
425	0.2
426	0.21
427	0.21
428	0.22
429	0.24
430	0.32
431	0.37
432	0.35
433	0.32
434	0.34
435	0.39
436	0.48
437	0.55
438	0.54
439	0.56
440	0.64
441	0.68
442	0.74
443	0.77
444	0.73
445	0.68
446	0.63
447	0.56
448	0.49
449	0.42
450	0.33
451	0.27
452	0.24
453	0.22
454	0.2
455	0.18
456	0.17
457	0.15
458	0.14
459	0.12
460	0.11
461	0.08
462	0.07
463	0.08
464	0.07
465	0.07
466	0.07
467	0.06
468	0.08
469	0.13
470	0.16
471	0.16
472	0.17
473	0.18
474	0.18
475	0.18
476	0.19
477	0.16
478	0.14
479	0.13
480	0.12
481	0.11
482	0.11
483	0.1
484	0.08
485	0.07
486	0.06
487	0.06
488	0.06
489	0.1
490	0.12
491	0.14
492	0.13
493	0.13
494	0.13
495	0.16
496	0.17
497	0.13
498	0.11
499	0.09
500	0.09
501	0.09
502	0.09
503	0.05
504	0.04
505	0.04
506	0.04
507	0.04
508	0.05
509	0.05
510	0.06
511	0.06
512	0.05
513	0.06
514	0.08
515	0.1
516	0.12
517	0.15
518	0.16
519	0.18
520	0.2
521	0.2
522	0.19
523	0.19
524	0.17
525	0.17
526	0.15
527	0.15
528	0.13
529	0.12
530	0.14
531	0.11
532	0.13
533	0.13
534	0.13
535	0.13
536	0.16
537	0.2
538	0.21
539	0.3
540	0.28
541	0.28
542	0.28
543	0.31
544	0.32
545	0.3
546	0.28
547	0.23
548	0.28
549	0.27
550	0.25
551	0.2
552	0.17
553	0.16
554	0.15
555	0.13
556	0.08
557	0.08
558	0.08
559	0.08
560	0.08
561	0.07
562	0.09
563	0.08
564	0.1
565	0.11
566	0.11
567	0.11
568	0.11
569	0.11
570	0.09
571	0.09
572	0.06
573	0.05
574	0.05
575	0.05
576	0.05
577	0.06
578	0.07
579	0.09
580	0.1
581	0.12
582	0.13
583	0.17
584	0.19
585	0.22
586	0.27
587	0.33
588	0.36
589	0.41
590	0.4
591	0.38
592	0.36
593	0.33
594	0.26
595	0.17
596	0.14
597	0.07
598	0.06
599	0.05
600	0.04
601	0.05
602	0.05
603	0.06
604	0.05
605	0.06
606	0.07
607	0.08
608	0.09
609	0.08
610	0.09
611	0.09
612	0.11
613	0.13
614	0.13
615	0.15
616	0.17
617	0.16
618	0.15
619	0.15
620	0.13
621	0.12
622	0.14
623	0.12
624	0.1
625	0.1
626	0.1
627	0.1
628	0.1
629	0.08
630	0.06
631	0.05
632	0.04
633	0.05
634	0.05
635	0.06
636	0.07
637	0.07
638	0.06
639	0.07
640	0.07
641	0.07
642	0.09
643	0.11
644	0.1
645	0.12
646	0.13
647	0.14
648	0.16
649	0.16
650	0.14
651	0.13
652	0.14
653	0.11
654	0.1
655	0.08
656	0.06
657	0.05
658	0.05
659	0.05
660	0.04
661	0.04
662	0.05
663	0.04
664	0.05
665	0.09
666	0.12
667	0.12
668	0.18
669	0.18
670	0.24
671	0.31
672	0.39
673	0.41
674	0.43
675	0.43
676	0.41
677	0.41
678	0.37
679	0.32
680	0.27
681	0.2
682	0.17
683	0.17
684	0.14
685	0.14
686	0.15
687	0.15
688	0.15
689	0.19
690	0.24
691	0.26
692	0.26
693	0.27
694	0.29
695	0.29
696	0.27
697	0.24
698	0.18
699	0.15
700	0.15
701	0.12
702	0.08
703	0.05
704	0.05
705	0.04
706	0.05
707	0.05
708	0.06
709	0.07
710	0.08
711	0.1
712	0.1
713	0.12
714	0.11
715	0.14
716	0.15
717	0.15
718	0.14
719	0.13
720	0.13
721	0.14
722	0.17
723	0.17
724	0.19
725	0.2
726	0.2
727	0.21
728	0.22
729	0.22
730	0.2
731	0.17
732	0.13
733	0.13
734	0.14
735	0.16
736	0.16
737	0.13
738	0.14
739	0.15
740	0.18
741	0.19
742	0.21
743	0.21
744	0.21
745	0.2
746	0.18
747	0.18
748	0.15
749	0.14
750	0.1
751	0.07
752	0.06
753	0.06
754	0.06
755	0.06
756	0.07
757	0.08
758	0.08
759	0.09
760	0.09
761	0.09
762	0.11
763	0.14
764	0.13
765	0.14
766	0.15
767	0.17
768	0.2
769	0.25
770	0.23
771	0.27
772	0.32
773	0.34
774	0.41
775	0.45
776	0.5
777	0.53
778	0.57
779	0.55
780	0.57
781	0.57
782	0.5
783	0.45
784	0.38
785	0.32
786	0.29
787	0.24
788	0.17
789	0.15
790	0.14
791	0.12
792	0.11
793	0.1
794	0.1
795	0.1
796	0.09
797	0.08
798	0.09
799	0.09
800	0.09
801	0.08
802	0.1
803	0.09
804	0.09
805	0.1
806	0.1
807	0.1
808	0.09
809	0.09
810	0.07
811	0.07
812	0.06
813	0.06
814	0.06
815	0.06
816	0.06
817	0.06
818	0.07
819	0.07
820	0.1
821	0.13
822	0.18
823	0.2
824	0.23
825	0.23
826	0.24
827	0.24
828	0.22
829	0.21
830	0.17
831	0.17
832	0.15
833	0.15
834	0.14
835	0.14
836	0.12
837	0.1
838	0.09
839	0.09
840	0.1
841	0.13
842	0.12
843	0.13
844	0.14
845	0.14
846	0.14
847	0.13
848	0.11
849	0.09
850	0.1
851	0.08
852	0.08
853	0.08
854	0.07
855	0.08
856	0.07
857	0.06
858	0.06
859	0.06
860	0.06
861	0.05
862	0.05
863	0.04
864	0.04
865	0.04
866	0.05
867	0.05
868	0.06
869	0.06
870	0.08
871	0.08
872	0.08
873	0.08
874	0.09
875	0.11
876	0.1
877	0.12
878	0.09
879	0.1
880	0.11
881	0.16
882	0.18
883	0.17
884	0.21
885	0.19
886	0.23
887	0.24
888	0.24
889	0.19
890	0.17
891	0.16
892	0.13
893	0.15
894	0.12
895	0.12
896	0.12
897	0.12
898	0.12
899	0.12
900	0.12
901	0.1
902	0.1
903	0.08
904	0.09
905	0.11
906	0.11
907	0.13
908	0.14
909	0.15
910	0.16
911	0.19
912	0.23
913	0.26
914	0.28
915	0.29
916	0.3
917	0.36
918	0.41
919	0.45
920	0.43
921	0.42
922	0.4
923	0.38
924	0.35
925	0.29
926	0.29
927	0.24
928	0.26
929	0.24
930	0.24
931	0.24
932	0.24
933	0.31
934	0.28
935	0.29
936	0.28
937	0.3
938	0.29
939	0.31
940	0.32
941	0.26
942	0.23
943	0.2
944	0.2
945	0.2
946	0.21
947	0.2
948	0.2
949	0.19
950	0.19
951	0.2
952	0.19
953	0.16
954	0.18
955	0.2
956	0.2
957	0.23
958	0.22
959	0.21
960	0.17
961	0.17
962	0.14
963	0.11
964	0.12
965	0.08
966	0.08
967	0.09
968	0.1
969	0.1
970	0.09
971	0.1
972	0.09
973	0.09
974	0.09
975	0.07
976	0.06
977	0.06
978	0.05
979	0.04
980	0.04
981	0.04
982	0.04
983	0.04
984	0.04
985	0.04
986	0.04
987	0.05
988	0.04
989	0.04
990	0.04
991	0.06
992	0.07
993	0.07
994	0.08
995	0.11
996	0.12
997	0.14
998	0.14
999	0.12
1000	0.12
1001	0.12
1002	0.12
1003	0.11
1004	0.11
1005	0.09
1006	0.09
1007	0.08
1008	0.08
1009	0.08
1010	0.06
1011	0.07
1012	0.08
1013	0.08
1014	0.08
1015	0.11
1016	0.11
1017	0.12
1018	0.15
1019	0.2
1020	0.21
1021	0.22
1022	0.22
1023	0.2
1024	0.2
1025	0.2
1026	0.18
1027	0.11
1028	0.09
1029	0.1
1030	0.11
1031	0.1
1032	0.11
1033	0.11
1034	0.11
1035	0.13
1036	0.14
1037	0.13
1038	0.12
1039	0.13
1040	0.13
1041	0.12
1042	0.14
1043	0.14
1044	0.14
1045	0.19
1046	0.2
1047	0.25
1048	0.26
1049	0.31
1050	0.3
1051	0.3
1052	0.33
1053	0.32
1054	0.38
1055	0.35
1056	0.35
1057	0.34
1058	0.32
1059	0.31
1060	0.29
1061	0.26
1062	0.19
1063	0.19
1064	0.18
1065	0.15
1066	0.18
1067	0.18
1068	0.16
1069	0.14
1070	0.14
1071	0.13
1072	0.12
1073	0.12
1074	0.11
1075	0.1
1076	0.1
1077	0.1
1078	0.09
1079	0.08
1080	0.08
1081	0.1
1082	0.1
1083	0.12
1084	0.12
1085	0.12
1086	0.13
1087	0.18
1088	0.22
1089	0.26
1090	0.31
1091	0.34
1092	0.35
1093	0.38
1094	0.38
1095	0.36
1096	0.36
1097	0.34
1098	0.35
1099	0.39
1100	0.42
1101	0.42
1102	0.43
1103	0.42
1104	0.37
1105	0.38
1106	0.35
1107	0.29
1108	0.28
1109	0.27
1110	0.27
1111	0.26
1112	0.28
1113	0.24
1114	0.21
1115	0.24
1116	0.25
1117	0.27
1118	0.31
1119	0.35
1120	0.38
1121	0.41
1122	0.42
1123	0.42
1124	0.47
1125	0.47
1126	0.43
1127	0.45
1128	0.44
1129	0.48
1130	0.52
1131	0.57
1132	0.51
1133	0.57
1134	0.64
1135	0.68
1136	0.74
1137	0.7
1138	0.71
1139	0.69
1140	0.65
1141	0.62
1142	0.54
1143	0.49
1144	0.45
1145	0.46
1146	0.4
1147	0.35
1148	0.35
1149	0.34
1150	0.33
1151	0.32
1152	0.28
1153	0.22
1154	0.21
1155	0.2
1156	0.21
1157	0.16
1158	0.16
1159	0.16
1160	0.15
1161	0.15
1162	0.14
1163	0.15
1164	0.14
1165	0.13
1166	0.12
1167	0.07
1168	0.08
1169	0.07
1170	0.08
1171	0.08
1172	0.07
1173	0.07
1174	0.08
1175	0.08
1176	0.07
1177	0.07
1178	0.08
1179	0.1
1180	0.12
1181	0.15
1182	0.16
1183	0.17
1184	0.18
1185	0.19
1186	0.19
1187	0.16
1188	0.16
1189	0.13
1190	0.12
1191	0.11
1192	0.1
1193	0.09
1194	0.08
1195	0.07
1196	0.07
1197	0.07
1198	0.06
1199	0.06
1200	0.06
1201	0.1
1202	0.11
1203	0.12
1204	0.12
1205	0.13
1206	0.13
1207	0.16
1208	0.16
1209	0.14
1210	0.16
1211	0.15
1212	0.15
1213	0.16
1214	0.19
1215	0.21
1216	0.27
1217	0.31
1218	0.32
1219	0.33
1220	0.35
1221	0.33
1222	0.3
1223	0.27
1224	0.23
1225	0.17
1226	0.15
1227	0.14
1228	0.13
1229	0.12
1230	0.12
1231	0.12
1232	0.08
1233	0.08
1234	0.07
1235	0.09
1236	0.11
1237	0.13
1238	0.13
1239	0.14
1240	0.15
1241	0.16
1242	0.21
1243	0.21
1244	0.24
1245	0.26
1246	0.29
1247	0.3
1248	0.3
1249	0.33
1250	0.31
1251	0.32
1252	0.28
1253	0.24
1254	0.23
1255	0.22
1256	0.2
1257	0.18
1258	0.14
1259	0.13
1260	0.12
1261	0.12
1262	0.1
1263	0.1
1264	0.11
1265	0.13
1266	0.16
1267	0.16
1268	0.15
1269	0.15
1270	0.16
1271	0.17
1272	0.17
1273	0.15
1274	0.13
1275	0.13
1276	0.14
1277	0.14
1278	0.12
1279	0.12
1280	0.11
1281	0.11
1282	0.1
1283	0.09
1284	0.07
1285	0.06
1286	0.06
1287	0.06
1288	0.06
1289	0.05
1290	0.05
1291	0.06
1292	0.07
1293	0.08
1294	0.08
1295	0.11
1296	0.11

Q8SRM3

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer