FuNGI

A0A553HLQ5

Protein Details

Accession

A0A553HLQ5

Localization Confidence

High

Confidence Score

22.7

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
29-50	TANPMVARKRPTPRPLPPKGAI	Hydrophilic
195-221	KAPVLKDAEKKRQQQKNKDEKKTETQI	Hydrophilic
523-542	SSGTESTRNKKKKKLGGVSL	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
17-53	PPGAPPLRRPRNTANPMVARKRPTPRPLPPKGAIPPK
433-443	GKGLKKALRKR
491-518	KGPGTPQGKKAAADAAKKGKSLKRPGSP
529-537	TRNKKKKKL

Subcellular Location(s)

nucl 22.5, cyto_nucl 13.5, cyto 3.5

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR008851 TFIIF-alpha IPR011039 TFIIF_interaction
Gene Ontology	GO:0005634 C:nucleus GO:0003677 F:DNA binding GO:0032968 P:positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II GO:0006367 P:transcription initiation at RNA polymerase II promoter

Amino Acid Sequences

MSASPSGGPNGQKPTPPPGAPPLRRPRNTANPMVARKRPTPRPLPPKGAIPPKDVGASKIAGNSKQNPQPNKLGPRFDEQRIKNGGWSKPLPEGGHEYPLFVTKKALKEGLRFHVMRLTQNRGAKQATINPADQEHFPRPVTLQRRDPRQPPPGHKVKEEEEPAEQPTVNSEEAERQAQLKAQREAQRALDDAQKAPVLKDAEKKRQQQKNKDEKKTETQIHYQARTEKQKKESEIRYEEALPWHLEDADGKQIWVGQYEAPLSNLKAALVPYPETGGYRMLPLEKWYKFTPKRGAFQHLTIEEAEKLMGKKAAPTRWAIRDSDRNRAASAREESRRIMYGPAAVKQESSTFQQASRREKMEHDDIDMSGDEFQDDDETAGFEPDRDEDTKDSKDRVRREQLGANLFGDADEKKVEKEEAELQKEEEVRKLFGKGLKKALRKRDKQFQYDSDSSGRDPFASSSSESGSDSEKEDEENKADKDKNGAGSSSKGPGTPQGKKAAADAAKKGKSLKRPGSPLGSDSSGTESTRNKKKKKLGGVSLAGSRGATPLPTRGAGSNSDGEATAGEMSDGAGGKVKRRPHLGTGARGTPTGSRAGSPRASSPNAGASQESLKPITPQEILDALPPLPNGITIVGLLRVFDNRVDKEGHLTRKEWLQLVKENTMTDYETVFEVAELEIGSIPSMKVDSTAEPHAIS

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.44
2	0.48
3	0.46
4	0.45
5	0.48
6	0.56
7	0.58
8	0.65
9	0.68
10	0.71
11	0.73
12	0.76
13	0.75
14	0.76
15	0.78
16	0.75
17	0.73
18	0.72
19	0.78
20	0.79
21	0.75
22	0.7
23	0.71
24	0.73
25	0.73
26	0.72
27	0.73
28	0.76
29	0.8
30	0.83
31	0.84
32	0.78
33	0.77
34	0.76
35	0.77
36	0.7
37	0.64
38	0.58
39	0.51
40	0.53
41	0.45
42	0.38
43	0.31
44	0.28
45	0.25
46	0.28
47	0.29
48	0.28
49	0.33
50	0.37
51	0.42
52	0.48
53	0.54
54	0.54
55	0.57
56	0.62
57	0.65
58	0.7
59	0.68
60	0.68
61	0.64
62	0.67
63	0.67
64	0.65
65	0.66
66	0.58
67	0.6
68	0.58
69	0.55
70	0.52
71	0.53
72	0.49
73	0.47
74	0.47
75	0.42
76	0.41
77	0.46
78	0.4
79	0.36
80	0.41
81	0.36
82	0.41
83	0.38
84	0.33
85	0.29
86	0.35
87	0.33
88	0.25
89	0.28
90	0.26
91	0.3
92	0.33
93	0.39
94	0.36
95	0.41
96	0.48
97	0.5
98	0.52
99	0.48
100	0.45
101	0.45
102	0.43
103	0.44
104	0.42
105	0.43
106	0.42
107	0.47
108	0.48
109	0.46
110	0.46
111	0.4
112	0.39
113	0.38
114	0.39
115	0.38
116	0.37
117	0.34
118	0.34
119	0.34
120	0.32
121	0.3
122	0.27
123	0.27
124	0.26
125	0.26
126	0.26
127	0.33
128	0.39
129	0.41
130	0.47
131	0.5
132	0.59
133	0.65
134	0.7
135	0.7
136	0.72
137	0.73
138	0.71
139	0.74
140	0.75
141	0.72
142	0.69
143	0.65
144	0.59
145	0.58
146	0.54
147	0.47
148	0.4
149	0.38
150	0.36
151	0.33
152	0.29
153	0.2
154	0.19
155	0.19
156	0.16
157	0.14
158	0.13
159	0.16
160	0.18
161	0.19
162	0.17
163	0.16
164	0.16
165	0.19
166	0.24
167	0.27
168	0.28
169	0.34
170	0.41
171	0.44
172	0.46
173	0.45
174	0.42
175	0.37
176	0.36
177	0.33
178	0.27
179	0.24
180	0.23
181	0.22
182	0.2
183	0.19
184	0.22
185	0.19
186	0.2
187	0.28
188	0.35
189	0.44
190	0.52
191	0.61
192	0.66
193	0.72
194	0.79
195	0.81
196	0.84
197	0.85
198	0.88
199	0.88
200	0.85
201	0.82
202	0.81
203	0.79
204	0.74
205	0.68
206	0.63
207	0.62
208	0.61
209	0.58
210	0.52
211	0.5
212	0.51
213	0.57
214	0.57
215	0.55
216	0.57
217	0.61
218	0.63
219	0.65
220	0.65
221	0.63
222	0.61
223	0.56
224	0.51
225	0.46
226	0.42
227	0.35
228	0.3
229	0.21
230	0.17
231	0.15
232	0.12
233	0.11
234	0.1
235	0.1
236	0.14
237	0.13
238	0.12
239	0.12
240	0.13
241	0.13
242	0.14
243	0.12
244	0.07
245	0.09
246	0.11
247	0.11
248	0.11
249	0.11
250	0.11
251	0.11
252	0.11
253	0.1
254	0.09
255	0.09
256	0.1
257	0.1
258	0.11
259	0.1
260	0.11
261	0.11
262	0.1
263	0.11
264	0.1
265	0.09
266	0.09
267	0.09
268	0.09
269	0.09
270	0.12
271	0.19
272	0.18
273	0.21
274	0.23
275	0.32
276	0.35
277	0.42
278	0.49
279	0.47
280	0.53
281	0.53
282	0.58
283	0.5
284	0.49
285	0.48
286	0.37
287	0.33
288	0.27
289	0.25
290	0.17
291	0.15
292	0.13
293	0.08
294	0.09
295	0.08
296	0.09
297	0.08
298	0.13
299	0.18
300	0.22
301	0.22
302	0.25
303	0.29
304	0.33
305	0.35
306	0.32
307	0.31
308	0.38
309	0.39
310	0.45
311	0.43
312	0.38
313	0.36
314	0.36
315	0.33
316	0.28
317	0.29
318	0.26
319	0.26
320	0.27
321	0.27
322	0.27
323	0.27
324	0.23
325	0.19
326	0.14
327	0.16
328	0.15
329	0.17
330	0.17
331	0.16
332	0.16
333	0.15
334	0.16
335	0.13
336	0.15
337	0.14
338	0.13
339	0.15
340	0.2
341	0.25
342	0.3
343	0.33
344	0.33
345	0.31
346	0.32
347	0.36
348	0.37
349	0.33
350	0.28
351	0.25
352	0.22
353	0.22
354	0.2
355	0.16
356	0.09
357	0.09
358	0.06
359	0.05
360	0.05
361	0.04
362	0.04
363	0.04
364	0.04
365	0.04
366	0.04
367	0.05
368	0.05
369	0.04
370	0.05
371	0.06
372	0.08
373	0.08
374	0.1
375	0.12
376	0.16
377	0.2
378	0.21
379	0.23
380	0.26
381	0.32
382	0.36
383	0.42
384	0.47
385	0.48
386	0.5
387	0.51
388	0.52
389	0.49
390	0.44
391	0.36
392	0.27
393	0.22
394	0.19
395	0.15
396	0.1
397	0.07
398	0.07
399	0.07
400	0.07
401	0.09
402	0.09
403	0.08
404	0.11
405	0.19
406	0.24
407	0.28
408	0.28
409	0.27
410	0.3
411	0.32
412	0.3
413	0.25
414	0.2
415	0.18
416	0.19
417	0.19
418	0.2
419	0.22
420	0.28
421	0.28
422	0.37
423	0.43
424	0.5
425	0.56
426	0.63
427	0.69
428	0.71
429	0.75
430	0.76
431	0.76
432	0.75
433	0.74
434	0.69
435	0.67
436	0.6
437	0.56
438	0.48
439	0.4
440	0.34
441	0.3
442	0.24
443	0.16
444	0.15
445	0.13
446	0.12
447	0.13
448	0.13
449	0.12
450	0.13
451	0.13
452	0.13
453	0.13
454	0.13
455	0.13
456	0.14
457	0.14
458	0.13
459	0.14
460	0.15
461	0.16
462	0.17
463	0.2
464	0.19
465	0.24
466	0.25
467	0.25
468	0.28
469	0.29
470	0.31
471	0.28
472	0.28
473	0.24
474	0.25
475	0.26
476	0.25
477	0.22
478	0.17
479	0.17
480	0.23
481	0.29
482	0.32
483	0.35
484	0.39
485	0.4
486	0.4
487	0.41
488	0.41
489	0.39
490	0.36
491	0.38
492	0.39
493	0.39
494	0.4
495	0.44
496	0.42
497	0.46
498	0.53
499	0.55
500	0.55
501	0.59
502	0.63
503	0.64
504	0.6
505	0.53
506	0.47
507	0.39
508	0.32
509	0.26
510	0.26
511	0.2
512	0.19
513	0.21
514	0.23
515	0.29
516	0.39
517	0.48
518	0.5
519	0.58
520	0.67
521	0.73
522	0.78
523	0.8
524	0.79
525	0.79
526	0.77
527	0.71
528	0.64
529	0.55
530	0.45
531	0.34
532	0.25
533	0.17
534	0.12
535	0.1
536	0.09
537	0.11
538	0.13
539	0.14
540	0.16
541	0.16
542	0.18
543	0.2
544	0.22
545	0.21
546	0.19
547	0.19
548	0.17
549	0.16
550	0.14
551	0.12
552	0.09
553	0.06
554	0.06
555	0.05
556	0.05
557	0.06
558	0.06
559	0.06
560	0.1
561	0.11
562	0.16
563	0.21
564	0.26
565	0.3
566	0.37
567	0.41
568	0.43
569	0.53
570	0.55
571	0.59
572	0.59
573	0.58
574	0.53
575	0.48
576	0.43
577	0.35
578	0.3
579	0.26
580	0.21
581	0.18
582	0.19
583	0.25
584	0.28
585	0.28
586	0.31
587	0.33
588	0.35
589	0.35
590	0.34
591	0.35
592	0.34
593	0.33
594	0.28
595	0.24
596	0.25
597	0.26
598	0.27
599	0.21
600	0.19
601	0.2
602	0.22
603	0.24
604	0.21
605	0.19
606	0.2
607	0.2
608	0.2
609	0.2
610	0.2
611	0.16
612	0.16
613	0.15
614	0.13
615	0.11
616	0.11
617	0.1
618	0.09
619	0.09
620	0.08
621	0.09
622	0.1
623	0.1
624	0.1
625	0.1
626	0.11
627	0.12
628	0.15
629	0.21
630	0.2
631	0.23
632	0.26
633	0.25
634	0.33
635	0.4
636	0.45
637	0.42
638	0.42
639	0.43
640	0.47
641	0.5
642	0.46
643	0.43
644	0.41
645	0.45
646	0.5
647	0.51
648	0.46
649	0.43
650	0.4
651	0.37
652	0.32
653	0.25
654	0.2
655	0.16
656	0.14
657	0.14
658	0.12
659	0.1
660	0.09
661	0.08
662	0.08
663	0.07
664	0.07
665	0.07
666	0.07
667	0.08
668	0.08
669	0.08
670	0.08
671	0.08
672	0.08
673	0.09
674	0.11
675	0.14
676	0.18
677	0.22

A0A553HLQ5

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer