FuNGI

A0A4Q9L1J0

Protein Details

Accession

A0A4Q9L1J0

Localization Confidence

Low

Confidence Score

8.8

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
1003-1071	SEDEDDRRKDKKKDRKKDRKKDRKKDRKKDKRKDKKKDKKDKNNKTTTNTKKNNKTTTKNNHPNTNKNT	Basic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
1009-1047	RRKDKKKDRKKDRKKDRKKDRKKDKRKDKKKDKKDKNNK

Subcellular Location(s)

cyto_mito 11.333, cyto 11, mito 10.5, cyto_nucl 7.833, nucl 3.5

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR045867 DNA-dir_RpoC_beta_prime IPR007066 RNA_pol_Rpb1_3 IPR042102 RNA_pol_Rpb1_3_sf IPR007083 RNA_pol_Rpb1_4 IPR007081 RNA_pol_Rpb1_5 IPR038120 Rpb1_funnel_sf
Gene Ontology	GO:0000428 C:DNA-directed RNA polymerase complex GO:0043229 C:intracellular organelle GO:0003677 F:DNA binding GO:0003899 F:DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0006351 P:DNA-templated transcription
Pfam	View protein in Pfam PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 PF04998 RNA_pol_Rpb1_5

Amino Acid Sequences

TSLLLIPPAILRPVRLYTGKQLISCILLSLNIKITYKGKSKVPFNCTDKYTLIIKGYLLTGVIDKNQLGSVNKSFIHYCSVIYNKEICNELLSVFSRVFNRIMVSDGVSVGIKDIMLCNDFKRSDMIKVCRERGRIKGEGGGDYEGNVLEGDMIKGVSDRDSKLEGNVLEGDMIKGVSDKGMLEGVSDKDSSYKGVSDLTCNLEGDNYSTSNYKGNSTTTNTLHPVNTTTNTLHPVNNTSSNYNPVNNTTNTLHPVNTTTNKQHPVNTTTNKQNPSTNNLTHTTTHPPTNTTPHTTTHIQNITSKRLKPLSPINNPSESQIKTLMSECTTTMINDLLPSYLLTPFPYNTFYLIITSGAKGSIVNLSQISVLLGQQELEGKRVSNMISNKTLPCYSIKDMIEIESKGFIFDRFLTGIKENMYFFHCMAGREGLIDTAVKTSKSGYLQRCLVKHMEGVKVEYDMSVRQGKKIIQFIYGDDGIDCSKGSLIREYDMYKENCGYGDSNRDRDSTRDSNRDRDSNTISNSNPFSIYGRISNPLSNNNNTTPISNTTPISNTISTPISTPLSNNISTPISMSSVINYFPPQLFIPSLKYFEDLKVYCDKNIGYNGDSIRDNRDNRDIGNRDISNKDIGNKDISNNDIGNNKNISNNNEIPYNNEIPYNNSLRNYNDIPSNNHNNTTNTTNTNTSNDNTNTNNNTNTNTNTTNTNILVSYILKKYISSLVVAGESVGVLAAQSVGEPSTQMTLNTFHLAGVGSKNVTLGIPRLREILMVASKKIQTPVISVRYYNISNVLLERVMSCVVLKECVDKISVSEIGNRISVNLEINGRYFMGDISSGGECGGGISRGGECGSDIDNGMYNGIDNGIDNIGNIDNIDNTNDTNNITDTNTLNTNTLNTNNTINTNNTINDNNTNSYVVTSSSIYKVVKGKYLKMVDKSIKNLYGVLNNYKGSCIKVRGGGSSEGEGGGEGSEGNSGSSEDSSEEIDEEYIGKVEDSSEEDECESEDEDDRRKDKKKDRKKDRKKDRKKDRKKDKRKDKKKDKKDKNNKTTTNTKKNNKTTTKNNHPNTNKNTMNIRFYCISNLETSFVGRIINLSFDLNFDKNIILFPILEDTLNKVIVRCVEGLRNPICDKNILNINGNDLYSLCSVVNINKNIKNYKNFLDMEKSYCNDVYGMYKILGVEGCRSVLVREIESVFDVYGIGVDKRHLGLISDYLLVDGVYSSFSRFGMEKSESILLKMSFESCYSVLRDASHRELGDCLEGPSGCLTVGLPVRNGTGCFELLYDMEE

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.28
2	0.3
3	0.32
4	0.37
5	0.45
6	0.47
7	0.43
8	0.42
9	0.38
10	0.37
11	0.33
12	0.26
13	0.17
14	0.16
15	0.17
16	0.17
17	0.21
18	0.21
19	0.22
20	0.24
21	0.27
22	0.31
23	0.37
24	0.4
25	0.43
26	0.48
27	0.56
28	0.63
29	0.67
30	0.7
31	0.68
32	0.7
33	0.65
34	0.62
35	0.55
36	0.49
37	0.45
38	0.39
39	0.35
40	0.3
41	0.27
42	0.23
43	0.23
44	0.19
45	0.16
46	0.12
47	0.12
48	0.12
49	0.14
50	0.14
51	0.13
52	0.14
53	0.16
54	0.18
55	0.19
56	0.23
57	0.25
58	0.27
59	0.28
60	0.3
61	0.3
62	0.27
63	0.31
64	0.26
65	0.23
66	0.26
67	0.3
68	0.29
69	0.31
70	0.35
71	0.31
72	0.33
73	0.34
74	0.28
75	0.25
76	0.24
77	0.21
78	0.2
79	0.2
80	0.2
81	0.18
82	0.21
83	0.2
84	0.22
85	0.23
86	0.2
87	0.2
88	0.18
89	0.2
90	0.18
91	0.19
92	0.17
93	0.16
94	0.16
95	0.14
96	0.13
97	0.11
98	0.1
99	0.08
100	0.07
101	0.09
102	0.1
103	0.12
104	0.13
105	0.14
106	0.21
107	0.21
108	0.22
109	0.26
110	0.26
111	0.32
112	0.4
113	0.46
114	0.48
115	0.56
116	0.62
117	0.63
118	0.67
119	0.64
120	0.63
121	0.64
122	0.59
123	0.53
124	0.52
125	0.48
126	0.44
127	0.41
128	0.35
129	0.27
130	0.23
131	0.21
132	0.15
133	0.13
134	0.1
135	0.07
136	0.06
137	0.07
138	0.06
139	0.06
140	0.06
141	0.06
142	0.07
143	0.07
144	0.11
145	0.14
146	0.15
147	0.18
148	0.22
149	0.22
150	0.23
151	0.27
152	0.23
153	0.22
154	0.22
155	0.19
156	0.16
157	0.16
158	0.15
159	0.1
160	0.1
161	0.07
162	0.07
163	0.07
164	0.06
165	0.07
166	0.07
167	0.07
168	0.09
169	0.09
170	0.09
171	0.12
172	0.13
173	0.15
174	0.14
175	0.13
176	0.14
177	0.15
178	0.16
179	0.14
180	0.14
181	0.12
182	0.18
183	0.18
184	0.2
185	0.23
186	0.26
187	0.26
188	0.25
189	0.24
190	0.2
191	0.19
192	0.18
193	0.17
194	0.13
195	0.13
196	0.14
197	0.15
198	0.18
199	0.19
200	0.19
201	0.19
202	0.21
203	0.24
204	0.29
205	0.34
206	0.32
207	0.35
208	0.35
209	0.35
210	0.33
211	0.3
212	0.27
213	0.25
214	0.25
215	0.24
216	0.23
217	0.23
218	0.27
219	0.28
220	0.26
221	0.24
222	0.26
223	0.27
224	0.32
225	0.31
226	0.3
227	0.3
228	0.34
229	0.35
230	0.33
231	0.3
232	0.28
233	0.31
234	0.29
235	0.32
236	0.28
237	0.29
238	0.31
239	0.31
240	0.27
241	0.23
242	0.25
243	0.27
244	0.29
245	0.31
246	0.33
247	0.39
248	0.45
249	0.46
250	0.48
251	0.47
252	0.49
253	0.53
254	0.53
255	0.53
256	0.56
257	0.62
258	0.6
259	0.57
260	0.56
261	0.51
262	0.52
263	0.53
264	0.46
265	0.43
266	0.42
267	0.43
268	0.38
269	0.38
270	0.39
271	0.34
272	0.36
273	0.32
274	0.33
275	0.33
276	0.39
277	0.4
278	0.38
279	0.38
280	0.36
281	0.41
282	0.41
283	0.39
284	0.4
285	0.4
286	0.34
287	0.38
288	0.4
289	0.44
290	0.46
291	0.46
292	0.44
293	0.45
294	0.44
295	0.44
296	0.5
297	0.51
298	0.55
299	0.6
300	0.58
301	0.57
302	0.57
303	0.53
304	0.49
305	0.4
306	0.32
307	0.29
308	0.25
309	0.22
310	0.23
311	0.23
312	0.18
313	0.18
314	0.16
315	0.14
316	0.14
317	0.13
318	0.12
319	0.1
320	0.09
321	0.08
322	0.09
323	0.07
324	0.07
325	0.07
326	0.07
327	0.08
328	0.08
329	0.1
330	0.11
331	0.11
332	0.13
333	0.15
334	0.14
335	0.14
336	0.15
337	0.14
338	0.13
339	0.13
340	0.13
341	0.11
342	0.11
343	0.1
344	0.09
345	0.08
346	0.07
347	0.07
348	0.09
349	0.09
350	0.1
351	0.09
352	0.1
353	0.1
354	0.1
355	0.1
356	0.07
357	0.07
358	0.06
359	0.06
360	0.06
361	0.06
362	0.1
363	0.1
364	0.12
365	0.12
366	0.12
367	0.12
368	0.14
369	0.14
370	0.16
371	0.19
372	0.22
373	0.26
374	0.28
375	0.28
376	0.3
377	0.3
378	0.25
379	0.24
380	0.25
381	0.24
382	0.28
383	0.28
384	0.27
385	0.27
386	0.28
387	0.28
388	0.23
389	0.21
390	0.15
391	0.15
392	0.13
393	0.13
394	0.11
395	0.1
396	0.1
397	0.12
398	0.11
399	0.12
400	0.14
401	0.14
402	0.16
403	0.15
404	0.16
405	0.14
406	0.15
407	0.16
408	0.15
409	0.14
410	0.17
411	0.17
412	0.16
413	0.17
414	0.17
415	0.14
416	0.14
417	0.14
418	0.1
419	0.09
420	0.08
421	0.07
422	0.08
423	0.09
424	0.08
425	0.08
426	0.09
427	0.13
428	0.17
429	0.24
430	0.25
431	0.3
432	0.36
433	0.4
434	0.39
435	0.39
436	0.36
437	0.3
438	0.3
439	0.29
440	0.27
441	0.24
442	0.25
443	0.22
444	0.21
445	0.2
446	0.16
447	0.13
448	0.09
449	0.11
450	0.17
451	0.16
452	0.17
453	0.2
454	0.23
455	0.27
456	0.32
457	0.3
458	0.26
459	0.26
460	0.26
461	0.27
462	0.25
463	0.2
464	0.14
465	0.14
466	0.11
467	0.1
468	0.09
469	0.05
470	0.06
471	0.07
472	0.08
473	0.11
474	0.11
475	0.12
476	0.15
477	0.16
478	0.18
479	0.23
480	0.23
481	0.2
482	0.2
483	0.19
484	0.17
485	0.17
486	0.16
487	0.11
488	0.2
489	0.22
490	0.25
491	0.26
492	0.27
493	0.27
494	0.28
495	0.34
496	0.32
497	0.35
498	0.41
499	0.42
500	0.49
501	0.52
502	0.54
503	0.48
504	0.44
505	0.44
506	0.39
507	0.39
508	0.34
509	0.31
510	0.31
511	0.3
512	0.26
513	0.2
514	0.17
515	0.16
516	0.14
517	0.14
518	0.13
519	0.13
520	0.15
521	0.16
522	0.18
523	0.18
524	0.24
525	0.26
526	0.26
527	0.28
528	0.26
529	0.29
530	0.27
531	0.26
532	0.21
533	0.21
534	0.22
535	0.2
536	0.2
537	0.17
538	0.18
539	0.19
540	0.2
541	0.17
542	0.14
543	0.15
544	0.15
545	0.14
546	0.14
547	0.14
548	0.12
549	0.11
550	0.12
551	0.14
552	0.16
553	0.16
554	0.15
555	0.15
556	0.15
557	0.15
558	0.15
559	0.11
560	0.09
561	0.1
562	0.1
563	0.08
564	0.09
565	0.09
566	0.09
567	0.09
568	0.09
569	0.08
570	0.1
571	0.09
572	0.09
573	0.1
574	0.1
575	0.15
576	0.15
577	0.17
578	0.15
579	0.17
580	0.17
581	0.17
582	0.21
583	0.17
584	0.18
585	0.23
586	0.23
587	0.22
588	0.22
589	0.21
590	0.18
591	0.21
592	0.2
593	0.14
594	0.16
595	0.16
596	0.17
597	0.18
598	0.16
599	0.19
600	0.23
601	0.23
602	0.22
603	0.27
604	0.25
605	0.25
606	0.33
607	0.3
608	0.26
609	0.31
610	0.29
611	0.27
612	0.27
613	0.28
614	0.22
615	0.2
616	0.21
617	0.16
618	0.16
619	0.17
620	0.17
621	0.17
622	0.16
623	0.16
624	0.15
625	0.14
626	0.15
627	0.15
628	0.15
629	0.16
630	0.17
631	0.16
632	0.18
633	0.2
634	0.21
635	0.23
636	0.25
637	0.24
638	0.25
639	0.24
640	0.24
641	0.26
642	0.25
643	0.2
644	0.19
645	0.18
646	0.18
647	0.22
648	0.22
649	0.19
650	0.18
651	0.19
652	0.19
653	0.23
654	0.21
655	0.18
656	0.2
657	0.2
658	0.24
659	0.28
660	0.34
661	0.31
662	0.32
663	0.32
664	0.29
665	0.3
666	0.28
667	0.25
668	0.19
669	0.2
670	0.21
671	0.2
672	0.21
673	0.2
674	0.18
675	0.21
676	0.2
677	0.21
678	0.2
679	0.23
680	0.25
681	0.25
682	0.26
683	0.22
684	0.22
685	0.21
686	0.22
687	0.21
688	0.19
689	0.19
690	0.18
691	0.19
692	0.19
693	0.17
694	0.16
695	0.12
696	0.11
697	0.11
698	0.1
699	0.12
700	0.1
701	0.11
702	0.1
703	0.1
704	0.12
705	0.14
706	0.14
707	0.11
708	0.11
709	0.1
710	0.11
711	0.11
712	0.09
713	0.05
714	0.05
715	0.04
716	0.03
717	0.02
718	0.02
719	0.02
720	0.02
721	0.02
722	0.02
723	0.02
724	0.03
725	0.03
726	0.03
727	0.04
728	0.05
729	0.06
730	0.06
731	0.07
732	0.09
733	0.1
734	0.11
735	0.11
736	0.09
737	0.09
738	0.09
739	0.09
740	0.08
741	0.07
742	0.06
743	0.06
744	0.07
745	0.06
746	0.06
747	0.06
748	0.08
749	0.11
750	0.12
751	0.13
752	0.14
753	0.14
754	0.14
755	0.14
756	0.15
757	0.16
758	0.16
759	0.16
760	0.18
761	0.18
762	0.19
763	0.2
764	0.18
765	0.13
766	0.16
767	0.22
768	0.25
769	0.25
770	0.24
771	0.24
772	0.26
773	0.26
774	0.22
775	0.18
776	0.13
777	0.12
778	0.13
779	0.12
780	0.09
781	0.09
782	0.09
783	0.07
784	0.07
785	0.07
786	0.06
787	0.07
788	0.08
789	0.09
790	0.09
791	0.11
792	0.11
793	0.12
794	0.13
795	0.11
796	0.11
797	0.13
798	0.15
799	0.13
800	0.16
801	0.17
802	0.17
803	0.18
804	0.17
805	0.14
806	0.12
807	0.12
808	0.1
809	0.1
810	0.1
811	0.1
812	0.11
813	0.11
814	0.1
815	0.1
816	0.09
817	0.07
818	0.06
819	0.06
820	0.06
821	0.07
822	0.07
823	0.07
824	0.07
825	0.07
826	0.06
827	0.06
828	0.06
829	0.04
830	0.04
831	0.05
832	0.05
833	0.05
834	0.06
835	0.05
836	0.05
837	0.06
838	0.08
839	0.07
840	0.08
841	0.08
842	0.09
843	0.09
844	0.09
845	0.07
846	0.06
847	0.05
848	0.05
849	0.05
850	0.04
851	0.05
852	0.05
853	0.05
854	0.05
855	0.06
856	0.06
857	0.06
858	0.06
859	0.05
860	0.05
861	0.06
862	0.07
863	0.07
864	0.07
865	0.08
866	0.09
867	0.09
868	0.09
869	0.09
870	0.09
871	0.1
872	0.11
873	0.11
874	0.13
875	0.14
876	0.14
877	0.14
878	0.13
879	0.14
880	0.14
881	0.15
882	0.15
883	0.14
884	0.15
885	0.16
886	0.18
887	0.18
888	0.18
889	0.18
890	0.19
891	0.18
892	0.18
893	0.19
894	0.19
895	0.21
896	0.22
897	0.21
898	0.2
899	0.2
900	0.18
901	0.17
902	0.15
903	0.12
904	0.11
905	0.1
906	0.11
907	0.11
908	0.15
909	0.14
910	0.17
911	0.22
912	0.22
913	0.27
914	0.28
915	0.31
916	0.36
917	0.43
918	0.44
919	0.43
920	0.5
921	0.5
922	0.52
923	0.52
924	0.49
925	0.44
926	0.4
927	0.38
928	0.31
929	0.3
930	0.29
931	0.28
932	0.27
933	0.25
934	0.25
935	0.25
936	0.24
937	0.21
938	0.22
939	0.22
940	0.21
941	0.25
942	0.27
943	0.27
944	0.3
945	0.29
946	0.27
947	0.24
948	0.22
949	0.17
950	0.15
951	0.13
952	0.1
953	0.07
954	0.05
955	0.04
956	0.04
957	0.04
958	0.04
959	0.04
960	0.05
961	0.05
962	0.06
963	0.06
964	0.06
965	0.07
966	0.07
967	0.08
968	0.08
969	0.08
970	0.08
971	0.08
972	0.07
973	0.07
974	0.07
975	0.06
976	0.06
977	0.06
978	0.05
979	0.06
980	0.07
981	0.09
982	0.12
983	0.12
984	0.13
985	0.13
986	0.13
987	0.13
988	0.13
989	0.11
990	0.09
991	0.12
992	0.14
993	0.19
994	0.24
995	0.27
996	0.32
997	0.39
998	0.48
999	0.55
1000	0.64
1001	0.7
1002	0.76
1003	0.85
1004	0.9
1005	0.94
1006	0.95
1007	0.97
1008	0.97
1009	0.97
1010	0.97
1011	0.97
1012	0.97
1013	0.97
1014	0.97
1015	0.97
1016	0.97
1017	0.97
1018	0.97
1019	0.97
1020	0.97
1021	0.97
1022	0.97
1023	0.97
1024	0.97
1025	0.97
1026	0.97
1027	0.97
1028	0.97
1029	0.97
1030	0.97
1031	0.96
1032	0.96
1033	0.92
1034	0.87
1035	0.87
1036	0.86
1037	0.86
1038	0.84
1039	0.83
1040	0.82
1041	0.84
1042	0.88
1043	0.86
1044	0.84
1045	0.83
1046	0.84
1047	0.86
1048	0.86
1049	0.83
1050	0.83
1051	0.81
1052	0.83
1053	0.79
1054	0.78
1055	0.69
1056	0.63
1057	0.65
1058	0.59
1059	0.61
1060	0.52
1061	0.5
1062	0.42
1063	0.4
1064	0.4
1065	0.33
1066	0.3
1067	0.24
1068	0.24
1069	0.21
1070	0.19
1071	0.19
1072	0.16
1073	0.14
1074	0.13
1075	0.1
1076	0.1
1077	0.09
1078	0.1
1079	0.1
1080	0.1
1081	0.1
1082	0.11
1083	0.16
1084	0.15
1085	0.15
1086	0.14
1087	0.14
1088	0.13
1089	0.14
1090	0.13
1091	0.1
1092	0.09
1093	0.09
1094	0.12
1095	0.12
1096	0.12
1097	0.12
1098	0.15
1099	0.16
1100	0.18
1101	0.17
1102	0.14
1103	0.16
1104	0.18
1105	0.2
1106	0.18
1107	0.19
1108	0.23
1109	0.25
1110	0.32
1111	0.32
1112	0.35
1113	0.35
1114	0.36
1115	0.36
1116	0.33
1117	0.32
1118	0.31
1119	0.37
1120	0.34
1121	0.37
1122	0.34
1123	0.37
1124	0.36
1125	0.34
1126	0.28
1127	0.2
1128	0.2
1129	0.15
1130	0.16
1131	0.11
1132	0.1
1133	0.12
1134	0.17
1135	0.25
1136	0.27
1137	0.34
1138	0.36
1139	0.42
1140	0.49
1141	0.55
1142	0.56
1143	0.53
1144	0.53
1145	0.55
1146	0.52
1147	0.51
1148	0.52
1149	0.47
1150	0.46
1151	0.46
1152	0.42
1153	0.37
1154	0.35
1155	0.32
1156	0.24
1157	0.23
1158	0.21
1159	0.19
1160	0.19
1161	0.16
1162	0.17
1163	0.16
1164	0.17
1165	0.17
1166	0.14
1167	0.15
1168	0.15
1169	0.15
1170	0.14
1171	0.15
1172	0.14
1173	0.18
1174	0.2
1175	0.18
1176	0.19
1177	0.2
1178	0.21
1179	0.22
1180	0.22
1181	0.15
1182	0.13
1183	0.12
1184	0.09
1185	0.09
1186	0.09
1187	0.09
1188	0.09
1189	0.1
1190	0.12
1191	0.12
1192	0.14
1193	0.13
1194	0.13
1195	0.15
1196	0.17
1197	0.19
1198	0.18
1199	0.17
1200	0.15
1201	0.15
1202	0.13
1203	0.11
1204	0.08
1205	0.06
1206	0.06
1207	0.07
1208	0.08
1209	0.09
1210	0.09
1211	0.11
1212	0.12
1213	0.13
1214	0.18
1215	0.21
1216	0.21
1217	0.24
1218	0.3
1219	0.28
1220	0.28
1221	0.31
1222	0.25
1223	0.23
1224	0.24
1225	0.21
1226	0.17
1227	0.17
1228	0.2
1229	0.16
1230	0.19
1231	0.2
1232	0.21
1233	0.21
1234	0.23
1235	0.27
1236	0.29
1237	0.34
1238	0.37
1239	0.35
1240	0.33
1241	0.33
1242	0.32
1243	0.32
1244	0.27
1245	0.22
1246	0.2
1247	0.19
1248	0.19
1249	0.19
1250	0.17
1251	0.12
1252	0.12
1253	0.11
1254	0.13
1255	0.18
1256	0.19
1257	0.19
1258	0.2
1259	0.22
1260	0.24
1261	0.24
1262	0.22
1263	0.2
1264	0.19
1265	0.18
1266	0.17
1267	0.16

A0A4Q9L1J0

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer