FuNGI

A0A4P9YSM6

Protein Details

Accession

A0A4P9YSM6

Localization Confidence

Low

Confidence Score

9.2

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
4-26	DGRARRIRLANHCHHHHHRKCIQ	Basic

NLS Segment(s)

Subcellular Location(s)

nucl 16.5, cyto_nucl 12, cyto 6.5, mito 2, pero 2

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR045867 DNA-dir_RpoC_beta_prime IPR000722 RNA_pol_asu IPR006592 RNA_pol_N IPR007080 RNA_pol_Rpb1_1 IPR007066 RNA_pol_Rpb1_3 IPR042102 RNA_pol_Rpb1_3_sf IPR044893 RNA_pol_Rpb1_clamp_domain
Gene Ontology	GO:0000428 C:DNA-directed RNA polymerase complex GO:0003677 F:DNA binding GO:0003899 F:DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0006351 P:DNA-templated transcription
Pfam	View protein in Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 PF04983 RNA_pol_Rpb1_3

Amino Acid Sequences

MQVDGRARRIRLANHCHHHHHRKCIQFGVLSPQEMAKAAEFEVTQRDLYTVPDRIPVRHGVLDLRLGTSEKATNCETCGLPMAECIGHFGYLKLCVPIFHIGYFRAIINILQTICKSCARVLMDEEKRRVFLRRLRNPNLDSLQRRTIVKSVQDECKKVVYCPYCEGTNGTVKKVGALKIIHEKYRQKRTAAEKEAFKGTFNEAIAFAPEIKPHISKAHDDMNPLKVLRLFESITTEDCELLGLDPAHGRPELYIWTALPVPPVCIRPSVSQDDGSTEDDLTVKLTEIIFTNALIKAGLEKGGSVVNLMEQWEFLQLSAAMYINSELPGVQNLVNGKPIRGFCQRLKGKQGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLRIDQIAVPEHVAKILTFPERVNEHNIEKMRRLILNGTEKHPGANYIQLQNGLKRFLKFTDLKKAANDLRIGDIVERHLNDGDAVLFNRQPSLHKLSIMSHFAKIRPWRTFRFNECVCNPYNADFDGDEMNLHVPQTEEARAEAIELMGVKNNLVTPRNGEPIIAAIQDFITASFLISRRDIFYDRNQISQICNYLADAELNIQLPPPTIIK

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.68
2	0.74
3	0.76
4	0.81
5	0.84
6	0.81
7	0.81
8	0.8
9	0.79
10	0.78
11	0.75
12	0.7
13	0.61
14	0.56
15	0.55
16	0.5
17	0.42
18	0.37
19	0.32
20	0.28
21	0.25
22	0.25
23	0.16
24	0.13
25	0.12
26	0.14
27	0.14
28	0.14
29	0.18
30	0.19
31	0.18
32	0.16
33	0.17
34	0.15
35	0.19
36	0.23
37	0.22
38	0.21
39	0.27
40	0.29
41	0.3
42	0.33
43	0.33
44	0.32
45	0.32
46	0.32
47	0.28
48	0.29
49	0.32
50	0.29
51	0.25
52	0.22
53	0.2
54	0.2
55	0.19
56	0.21
57	0.18
58	0.21
59	0.22
60	0.22
61	0.23
62	0.26
63	0.23
64	0.2
65	0.23
66	0.21
67	0.18
68	0.17
69	0.18
70	0.15
71	0.14
72	0.16
73	0.13
74	0.13
75	0.13
76	0.13
77	0.12
78	0.15
79	0.16
80	0.14
81	0.14
82	0.13
83	0.16
84	0.21
85	0.2
86	0.19
87	0.2
88	0.19
89	0.21
90	0.21
91	0.18
92	0.14
93	0.13
94	0.11
95	0.11
96	0.13
97	0.12
98	0.12
99	0.13
100	0.15
101	0.17
102	0.19
103	0.19
104	0.16
105	0.22
106	0.24
107	0.26
108	0.28
109	0.35
110	0.42
111	0.48
112	0.51
113	0.46
114	0.45
115	0.45
116	0.45
117	0.42
118	0.41
119	0.46
120	0.52
121	0.61
122	0.67
123	0.74
124	0.71
125	0.71
126	0.69
127	0.66
128	0.6
129	0.56
130	0.53
131	0.48
132	0.47
133	0.42
134	0.4
135	0.36
136	0.37
137	0.39
138	0.38
139	0.44
140	0.48
141	0.48
142	0.46
143	0.48
144	0.43
145	0.36
146	0.4
147	0.35
148	0.33
149	0.35
150	0.36
151	0.3
152	0.3
153	0.32
154	0.26
155	0.3
156	0.28
157	0.25
158	0.25
159	0.24
160	0.27
161	0.28
162	0.26
163	0.23
164	0.23
165	0.25
166	0.32
167	0.35
168	0.35
169	0.38
170	0.45
171	0.49
172	0.59
173	0.6
174	0.52
175	0.56
176	0.63
177	0.67
178	0.66
179	0.63
180	0.56
181	0.55
182	0.58
183	0.51
184	0.42
185	0.33
186	0.27
187	0.25
188	0.21
189	0.19
190	0.14
191	0.14
192	0.14
193	0.13
194	0.11
195	0.08
196	0.08
197	0.09
198	0.1
199	0.11
200	0.11
201	0.15
202	0.17
203	0.18
204	0.21
205	0.28
206	0.28
207	0.3
208	0.31
209	0.3
210	0.3
211	0.28
212	0.25
213	0.19
214	0.19
215	0.18
216	0.18
217	0.15
218	0.14
219	0.17
220	0.17
221	0.16
222	0.16
223	0.15
224	0.12
225	0.11
226	0.11
227	0.07
228	0.07
229	0.07
230	0.06
231	0.06
232	0.07
233	0.07
234	0.08
235	0.08
236	0.08
237	0.06
238	0.07
239	0.08
240	0.09
241	0.09
242	0.08
243	0.09
244	0.1
245	0.1
246	0.11
247	0.09
248	0.1
249	0.11
250	0.13
251	0.12
252	0.13
253	0.16
254	0.16
255	0.21
256	0.23
257	0.23
258	0.22
259	0.22
260	0.22
261	0.22
262	0.21
263	0.17
264	0.13
265	0.11
266	0.1
267	0.1
268	0.09
269	0.07
270	0.05
271	0.06
272	0.06
273	0.06
274	0.06
275	0.08
276	0.07
277	0.07
278	0.08
279	0.08
280	0.08
281	0.07
282	0.06
283	0.06
284	0.06
285	0.07
286	0.05
287	0.05
288	0.06
289	0.06
290	0.06
291	0.05
292	0.05
293	0.05
294	0.05
295	0.06
296	0.05
297	0.04
298	0.05
299	0.06
300	0.06
301	0.05
302	0.06
303	0.05
304	0.05
305	0.06
306	0.06
307	0.04
308	0.05
309	0.05
310	0.05
311	0.05
312	0.05
313	0.04
314	0.04
315	0.05
316	0.06
317	0.06
318	0.07
319	0.08
320	0.09
321	0.14
322	0.14
323	0.13
324	0.16
325	0.16
326	0.2
327	0.24
328	0.29
329	0.26
330	0.37
331	0.42
332	0.42
333	0.52
334	0.54
335	0.57
336	0.6
337	0.67
338	0.65
339	0.63
340	0.62
341	0.62
342	0.62
343	0.6
344	0.58
345	0.56
346	0.47
347	0.44
348	0.42
349	0.35
350	0.27
351	0.24
352	0.25
353	0.18
354	0.18
355	0.2
356	0.2
357	0.2
358	0.22
359	0.21
360	0.18
361	0.19
362	0.19
363	0.18
364	0.17
365	0.16
366	0.15
367	0.16
368	0.13
369	0.13
370	0.13
371	0.13
372	0.12
373	0.12
374	0.11
375	0.08
376	0.08
377	0.1
378	0.11
379	0.12
380	0.12
381	0.16
382	0.18
383	0.2
384	0.24
385	0.25
386	0.25
387	0.3
388	0.34
389	0.32
390	0.32
391	0.34
392	0.31
393	0.28
394	0.28
395	0.25
396	0.28
397	0.35
398	0.35
399	0.35
400	0.36
401	0.35
402	0.34
403	0.31
404	0.26
405	0.18
406	0.21
407	0.22
408	0.21
409	0.22
410	0.25
411	0.26
412	0.27
413	0.28
414	0.26
415	0.26
416	0.24
417	0.25
418	0.23
419	0.3
420	0.31
421	0.35
422	0.41
423	0.43
424	0.43
425	0.42
426	0.48
427	0.44
428	0.43
429	0.39
430	0.29
431	0.28
432	0.28
433	0.27
434	0.21
435	0.18
436	0.17
437	0.18
438	0.17
439	0.16
440	0.16
441	0.15
442	0.15
443	0.14
444	0.12
445	0.1
446	0.1
447	0.11
448	0.11
449	0.11
450	0.13
451	0.13
452	0.15
453	0.19
454	0.27
455	0.26
456	0.27
457	0.29
458	0.31
459	0.37
460	0.4
461	0.36
462	0.32
463	0.33
464	0.32
465	0.37
466	0.41
467	0.43
468	0.46
469	0.5
470	0.52
471	0.58
472	0.65
473	0.65
474	0.67
475	0.63
476	0.62
477	0.59
478	0.57
479	0.5
480	0.47
481	0.41
482	0.35
483	0.33
484	0.25
485	0.24
486	0.2
487	0.2
488	0.18
489	0.16
490	0.13
491	0.12
492	0.13
493	0.11
494	0.11
495	0.09
496	0.08
497	0.09
498	0.13
499	0.14
500	0.13
501	0.13
502	0.15
503	0.14
504	0.14
505	0.13
506	0.1
507	0.09
508	0.09
509	0.09
510	0.11
511	0.11
512	0.1
513	0.11
514	0.13
515	0.17
516	0.18
517	0.19
518	0.22
519	0.27
520	0.32
521	0.31
522	0.28
523	0.24
524	0.25
525	0.26
526	0.21
527	0.16
528	0.11
529	0.11
530	0.12
531	0.11
532	0.08
533	0.07
534	0.07
535	0.07
536	0.11
537	0.13
538	0.15
539	0.17
540	0.19
541	0.2
542	0.24
543	0.27
544	0.27
545	0.35
546	0.43
547	0.43
548	0.45
549	0.45
550	0.42
551	0.43
552	0.43
553	0.37
554	0.28
555	0.27
556	0.23
557	0.23
558	0.22
559	0.19
560	0.14
561	0.13
562	0.14
563	0.14
564	0.14
565	0.13
566	0.13
567	0.13

A0A4P9YSM6

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer