FuNGI

A0A2C5Y311

Protein Details

Accession

A0A2C5Y311

Localization Confidence

Medium

Confidence Score

11.7

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
143-163	LRRTQICKRINEQCRKARSCP	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
1270-1277	KRRSRRRA

Subcellular Location(s)

nucl 14.5, cyto_nucl 12, cyto 8.5, pero 4

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR045867 DNA-dir_RpoC_beta_prime IPR000722 RNA_pol_asu IPR006592 RNA_pol_N IPR007080 RNA_pol_Rpb1_1 IPR007066 RNA_pol_Rpb1_3 IPR042102 RNA_pol_Rpb1_3_sf IPR007083 RNA_pol_Rpb1_4 IPR007081 RNA_pol_Rpb1_5 IPR044893 RNA_pol_Rpb1_clamp_domain IPR035698 RNAP_III_Rpc1_C IPR035697 RNAP_III_RPC1_N IPR038120 Rpb1_funnel_sf
Gene Ontology	GO:0000428 C:DNA-directed RNA polymerase complex GO:0005634 C:nucleus GO:0003677 F:DNA binding GO:0003899 F:DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0006351 P:DNA-templated transcription
Pfam	View protein in Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 PF04998 RNA_pol_Rpb1_5
CDD	cd02736 RNAP_III_Rpc1_C cd02583 RNAP_III_RPC1_N

Amino Acid Sequences

MATETKVSIKQQVDDRLPKRFKGIKFGIQSNQDIANQAVLEVSDRLLYDIENNRAPYRHGPLDPRLGTSSKTGTCATCQDSLLNCNGHFGHVRLPLPAFHVGYLRFIISILQDICKDCGRVLLEEPDRRLFLKDLRRPALDNLRRTQICKRINEQCRKARSCPYCGSIQGQIRKTSVLKLVHDKYVAFNKSTSVKKVPPESKVKFEASFNEAKRENPELEKHLRKAMEDLNPLRVLNLFKMISPSDCELLGLDPAEGRPEMFIWQFLPAPPVCIRPSVAQDNASTEDDITTKLADIVWTIMEQWEYLQTQIAMYVNSDVPGLQQSGFGKPTRGFCQRLKGKQGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLGVDQVAVPELVAKNLTYPERVNRQNIEKLRQDYSASMLSMGDVVERHLEDGDVVLFNRQPSLHKLSIMSHLVKVRPWRTFRLNECVCNPYNADFDGDEMNLHVPQTEEARAEAMYLMGVKHNLATPKNGEPIIAATQDFITAAFLLSSKDRFFDRRTFTLICTHMLGGTTHLDLPPPSIIVPEFRINFDAKCRAYKARPGQFPDMDPNDGWLVVRNSEVMCGRMDKSTIGSGKKDSIFYVILRDFGPDEAVQTMNRLAKLCARQLTNRGFSIGIGDVFPTSCLMAEKENLVSTAYQQCDELIETFKKGKLDKAPGCNMEETLENLISGILSKSGSKGSDINVAQMVAVVGQQIIGGQRVPDGFQDRSLPHFHKNAQFLFHAISGREGLVDTAVKTAETGYMSRRLMKSLEDLSTQYDNTVRTSSGDMEGPAEPVHFQRTWTHAESMTWDNDEPAMMADEIRTFCDSMLQVERKRLPRRGLMFGEELDYDDNSDYAIDEHESARRFLKTIENWQTAKAHADRTAKVTIPTLRLFVKMCLEKYKKAHVEPGHAVGAVGAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVAGMSITQGVPRIQEIINASKTISTPVITCPLLNKEQIEVAKVVKARIEKTYVSDVLRFVEDEWRADEGSVVLRIDKAALADMHLGIGIYDIAEAICKQRKLKLQRDDLSIFGDSIVTGDDGSDMLLRSNFLRRALPFVPISGYPEATRAIIQTSEQNTHTVLVEGYGLRQCMTTEGVIGTRTRTNNIMECRDVLGIEAARTTIADEIGEVMGDMGIDPRHMQLLADVMTYKGEVLGITRFGLSKMRDSVLQLASFEKTPDHLFDAAAGMKTDTIEGVSECIIMGQTMRVGTGAFQVVRRLGIREGDLQQKKTLFEDAWEAEMQLKRRSRRRA

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.6
2	0.62
3	0.65
4	0.66
5	0.62
6	0.64
7	0.63
8	0.58
9	0.58
10	0.62
11	0.6
12	0.63
13	0.68
14	0.66
15	0.63
16	0.62
17	0.55
18	0.5
19	0.42
20	0.37
21	0.3
22	0.26
23	0.2
24	0.17
25	0.14
26	0.11
27	0.12
28	0.1
29	0.1
30	0.09
31	0.09
32	0.1
33	0.1
34	0.1
35	0.16
36	0.22
37	0.27
38	0.3
39	0.33
40	0.35
41	0.36
42	0.39
43	0.39
44	0.39
45	0.42
46	0.42
47	0.47
48	0.51
49	0.6
50	0.57
51	0.55
52	0.5
53	0.45
54	0.41
55	0.39
56	0.39
57	0.3
58	0.32
59	0.31
60	0.28
61	0.3
62	0.34
63	0.34
64	0.3
65	0.29
66	0.3
67	0.31
68	0.32
69	0.34
70	0.32
71	0.28
72	0.28
73	0.27
74	0.26
75	0.25
76	0.23
77	0.26
78	0.28
79	0.29
80	0.28
81	0.29
82	0.27
83	0.29
84	0.33
85	0.26
86	0.21
87	0.24
88	0.22
89	0.24
90	0.24
91	0.2
92	0.15
93	0.14
94	0.14
95	0.11
96	0.16
97	0.15
98	0.16
99	0.18
100	0.19
101	0.22
102	0.24
103	0.24
104	0.18
105	0.22
106	0.22
107	0.23
108	0.25
109	0.31
110	0.37
111	0.41
112	0.45
113	0.43
114	0.42
115	0.4
116	0.4
117	0.34
118	0.34
119	0.4
120	0.44
121	0.51
122	0.54
123	0.56
124	0.56
125	0.6
126	0.63
127	0.6
128	0.59
129	0.54
130	0.59
131	0.58
132	0.59
133	0.59
134	0.58
135	0.58
136	0.58
137	0.61
138	0.62
139	0.71
140	0.78
141	0.79
142	0.78
143	0.81
144	0.8
145	0.78
146	0.78
147	0.74
148	0.71
149	0.67
150	0.62
151	0.56
152	0.53
153	0.51
154	0.49
155	0.5
156	0.5
157	0.48
158	0.48
159	0.44
160	0.45
161	0.42
162	0.39
163	0.39
164	0.35
165	0.36
166	0.42
167	0.45
168	0.45
169	0.45
170	0.41
171	0.39
172	0.43
173	0.41
174	0.33
175	0.29
176	0.29
177	0.35
178	0.38
179	0.39
180	0.37
181	0.39
182	0.44
183	0.54
184	0.57
185	0.58
186	0.64
187	0.63
188	0.63
189	0.64
190	0.61
191	0.53
192	0.49
193	0.46
194	0.41
195	0.45
196	0.39
197	0.41
198	0.38
199	0.37
200	0.4
201	0.39
202	0.37
203	0.34
204	0.38
205	0.38
206	0.46
207	0.52
208	0.49
209	0.51
210	0.48
211	0.44
212	0.44
213	0.44
214	0.43
215	0.43
216	0.43
217	0.42
218	0.43
219	0.42
220	0.37
221	0.33
222	0.27
223	0.2
224	0.24
225	0.18
226	0.17
227	0.21
228	0.21
229	0.2
230	0.22
231	0.22
232	0.17
233	0.17
234	0.17
235	0.14
236	0.14
237	0.13
238	0.1
239	0.08
240	0.07
241	0.08
242	0.09
243	0.09
244	0.08
245	0.08
246	0.08
247	0.1
248	0.1
249	0.11
250	0.1
251	0.12
252	0.13
253	0.13
254	0.16
255	0.14
256	0.17
257	0.18
258	0.21
259	0.2
260	0.21
261	0.23
262	0.22
263	0.28
264	0.3
265	0.31
266	0.29
267	0.28
268	0.3
269	0.32
270	0.3
271	0.24
272	0.18
273	0.17
274	0.15
275	0.15
276	0.12
277	0.09
278	0.08
279	0.08
280	0.08
281	0.07
282	0.07
283	0.07
284	0.07
285	0.07
286	0.07
287	0.07
288	0.07
289	0.07
290	0.07
291	0.09
292	0.09
293	0.09
294	0.1
295	0.1
296	0.09
297	0.11
298	0.11
299	0.08
300	0.08
301	0.1
302	0.09
303	0.09
304	0.1
305	0.08
306	0.08
307	0.09
308	0.1
309	0.08
310	0.11
311	0.12
312	0.15
313	0.18
314	0.18
315	0.19
316	0.21
317	0.25
318	0.29
319	0.34
320	0.36
321	0.37
322	0.47
323	0.53
324	0.58
325	0.64
326	0.65
327	0.68
328	0.71
329	0.77
330	0.76
331	0.71
332	0.67
333	0.67
334	0.67
335	0.65
336	0.63
337	0.61
338	0.52
339	0.49
340	0.46
341	0.39
342	0.31
343	0.27
344	0.28
345	0.21
346	0.21
347	0.22
348	0.23
349	0.23
350	0.23
351	0.21
352	0.15
353	0.14
354	0.14
355	0.12
356	0.11
357	0.08
358	0.08
359	0.07
360	0.06
361	0.05
362	0.05
363	0.07
364	0.07
365	0.07
366	0.08
367	0.07
368	0.08
369	0.12
370	0.13
371	0.12
372	0.14
373	0.2
374	0.28
375	0.32
376	0.35
377	0.37
378	0.42
379	0.48
380	0.51
381	0.51
382	0.5
383	0.49
384	0.47
385	0.44
386	0.4
387	0.32
388	0.31
389	0.27
390	0.2
391	0.17
392	0.14
393	0.12
394	0.11
395	0.1
396	0.07
397	0.05
398	0.05
399	0.06
400	0.07
401	0.07
402	0.07
403	0.07
404	0.06
405	0.07
406	0.07
407	0.06
408	0.06
409	0.06
410	0.07
411	0.08
412	0.09
413	0.09
414	0.1
415	0.15
416	0.23
417	0.23
418	0.23
419	0.25
420	0.26
421	0.31
422	0.33
423	0.29
424	0.24
425	0.26
426	0.25
427	0.26
428	0.31
429	0.3
430	0.33
431	0.36
432	0.39
433	0.43
434	0.5
435	0.52
436	0.55
437	0.54
438	0.51
439	0.5
440	0.49
441	0.42
442	0.36
443	0.33
444	0.25
445	0.22
446	0.19
447	0.18
448	0.13
449	0.13
450	0.13
451	0.12
452	0.09
453	0.08
454	0.09
455	0.07
456	0.07
457	0.06
458	0.05
459	0.06
460	0.08
461	0.09
462	0.09
463	0.09
464	0.1
465	0.09
466	0.09
467	0.09
468	0.06
469	0.05
470	0.05
471	0.05
472	0.05
473	0.05
474	0.05
475	0.06
476	0.08
477	0.11
478	0.12
479	0.14
480	0.17
481	0.19
482	0.22
483	0.21
484	0.19
485	0.16
486	0.18
487	0.18
488	0.15
489	0.12
490	0.1
491	0.1
492	0.1
493	0.09
494	0.07
495	0.05
496	0.04
497	0.04
498	0.04
499	0.04
500	0.05
501	0.06
502	0.08
503	0.07
504	0.08
505	0.1
506	0.13
507	0.17
508	0.24
509	0.29
510	0.3
511	0.34
512	0.35
513	0.34
514	0.38
515	0.35
516	0.28
517	0.24
518	0.21
519	0.17
520	0.16
521	0.15
522	0.1
523	0.1
524	0.09
525	0.08
526	0.08
527	0.08
528	0.08
529	0.09
530	0.08
531	0.07
532	0.06
533	0.06
534	0.07
535	0.08
536	0.11
537	0.13
538	0.14
539	0.14
540	0.16
541	0.16
542	0.16
543	0.18
544	0.22
545	0.19
546	0.21
547	0.23
548	0.26
549	0.27
550	0.35
551	0.42
552	0.44
553	0.48
554	0.51
555	0.54
556	0.51
557	0.5
558	0.48
559	0.41
560	0.34
561	0.28
562	0.24
563	0.19
564	0.17
565	0.15
566	0.12
567	0.1
568	0.09
569	0.09
570	0.08
571	0.08
572	0.1
573	0.11
574	0.09
575	0.09
576	0.1
577	0.11
578	0.1
579	0.11
580	0.09
581	0.1
582	0.13
583	0.16
584	0.16
585	0.17
586	0.17
587	0.21
588	0.21
589	0.21
590	0.17
591	0.16
592	0.16
593	0.15
594	0.18
595	0.14
596	0.14
597	0.14
598	0.14
599	0.12
600	0.11
601	0.12
602	0.07
603	0.07
604	0.07
605	0.08
606	0.07
607	0.07
608	0.1
609	0.1
610	0.11
611	0.11
612	0.1
613	0.14
614	0.17
615	0.2
616	0.21
617	0.22
618	0.23
619	0.29
620	0.34
621	0.32
622	0.3
623	0.28
624	0.24
625	0.22
626	0.21
627	0.15
628	0.1
629	0.07
630	0.07
631	0.06
632	0.06
633	0.06
634	0.04
635	0.04
636	0.04
637	0.04
638	0.05
639	0.06
640	0.06
641	0.07
642	0.08
643	0.08
644	0.08
645	0.08
646	0.07
647	0.09
648	0.13
649	0.12
650	0.12
651	0.12
652	0.12
653	0.12
654	0.12
655	0.11
656	0.09
657	0.09
658	0.11
659	0.12
660	0.14
661	0.15
662	0.15
663	0.19
664	0.22
665	0.31
666	0.35
667	0.41
668	0.44
669	0.44
670	0.45
671	0.41
672	0.34
673	0.26
674	0.21
675	0.16
676	0.12
677	0.1
678	0.08
679	0.08
680	0.07
681	0.06
682	0.06
683	0.05
684	0.04
685	0.04
686	0.04
687	0.05
688	0.07
689	0.07
690	0.08
691	0.09
692	0.1
693	0.17
694	0.17
695	0.17
696	0.16
697	0.16
698	0.15
699	0.13
700	0.12
701	0.05
702	0.05
703	0.04
704	0.03
705	0.03
706	0.03
707	0.03
708	0.04
709	0.04
710	0.04
711	0.04
712	0.05
713	0.05
714	0.06
715	0.08
716	0.11
717	0.11
718	0.13
719	0.16
720	0.16
721	0.18
722	0.22
723	0.23
724	0.22
725	0.26
726	0.28
727	0.31
728	0.34
729	0.33
730	0.31
731	0.29
732	0.26
733	0.24
734	0.22
735	0.17
736	0.13
737	0.13
738	0.1
739	0.1
740	0.09
741	0.08
742	0.06
743	0.06
744	0.06
745	0.06
746	0.06
747	0.06
748	0.06
749	0.06
750	0.06
751	0.07
752	0.07
753	0.08
754	0.09
755	0.15
756	0.16
757	0.2
758	0.2
759	0.2
760	0.2
761	0.2
762	0.22
763	0.2
764	0.21
765	0.18
766	0.18
767	0.2
768	0.21
769	0.19
770	0.16
771	0.14
772	0.13
773	0.13
774	0.14
775	0.11
776	0.11
777	0.12
778	0.13
779	0.12
780	0.12
781	0.11
782	0.12
783	0.12
784	0.12
785	0.1
786	0.09
787	0.08
788	0.08
789	0.12
790	0.1
791	0.11
792	0.14
793	0.17
794	0.22
795	0.24
796	0.26
797	0.22
798	0.23
799	0.25
800	0.25
801	0.22
802	0.19
803	0.16
804	0.14
805	0.14
806	0.13
807	0.09
808	0.07
809	0.07
810	0.06
811	0.06
812	0.06
813	0.08
814	0.08
815	0.09
816	0.1
817	0.09
818	0.09
819	0.12
820	0.12
821	0.13
822	0.2
823	0.24
824	0.24
825	0.3
826	0.37
827	0.42
828	0.49
829	0.52
830	0.49
831	0.52
832	0.56
833	0.57
834	0.54
835	0.49
836	0.44
837	0.38
838	0.35
839	0.27
840	0.22
841	0.15
842	0.13
843	0.1
844	0.08
845	0.07
846	0.06
847	0.06
848	0.05
849	0.05
850	0.06
851	0.05
852	0.06
853	0.07
854	0.11
855	0.12
856	0.13
857	0.15
858	0.15
859	0.15
860	0.16
861	0.24
862	0.24
863	0.34
864	0.42
865	0.45
866	0.45
867	0.46
868	0.46
869	0.38
870	0.39
871	0.31
872	0.25
873	0.25
874	0.29
875	0.29
876	0.32
877	0.34
878	0.3
879	0.29
880	0.3
881	0.27
882	0.27
883	0.27
884	0.25
885	0.23
886	0.24
887	0.24
888	0.22
889	0.25
890	0.24
891	0.25
892	0.32
893	0.35
894	0.39
895	0.42
896	0.5
897	0.49
898	0.47
899	0.54
900	0.47
901	0.51
902	0.48
903	0.48
904	0.39
905	0.33
906	0.31
907	0.23
908	0.2
909	0.12
910	0.09
911	0.05
912	0.03
913	0.03
914	0.04
915	0.04
916	0.03
917	0.03
918	0.03
919	0.06
920	0.06
921	0.07
922	0.08
923	0.11
924	0.11
925	0.13
926	0.13
927	0.11
928	0.12
929	0.12
930	0.11
931	0.08
932	0.08
933	0.06
934	0.06
935	0.06
936	0.05
937	0.05
938	0.05
939	0.06
940	0.06
941	0.07
942	0.07
943	0.1
944	0.1
945	0.13
946	0.16
947	0.21
948	0.22
949	0.22
950	0.22
951	0.2
952	0.2
953	0.19
954	0.17
955	0.12
956	0.11
957	0.13
958	0.18
959	0.17
960	0.17
961	0.18
962	0.22
963	0.24
964	0.24
965	0.23
966	0.19
967	0.23
968	0.24
969	0.23
970	0.19
971	0.17
972	0.2
973	0.2
974	0.19
975	0.18
976	0.21
977	0.21
978	0.23
979	0.27
980	0.24
981	0.27
982	0.33
983	0.33
984	0.31
985	0.31
986	0.28
987	0.25
988	0.25
989	0.21
990	0.16
991	0.19
992	0.18
993	0.18
994	0.19
995	0.19
996	0.18
997	0.18
998	0.17
999	0.11
1000	0.12
1001	0.13
1002	0.11
1003	0.1
1004	0.1
1005	0.1
1006	0.1
1007	0.1
1008	0.08
1009	0.08
1010	0.08
1011	0.09
1012	0.1
1013	0.1
1014	0.1
1015	0.09
1016	0.09
1017	0.06
1018	0.06
1019	0.05
1020	0.03
1021	0.03
1022	0.03
1023	0.03
1024	0.04
1025	0.05
1026	0.1
1027	0.16
1028	0.18
1029	0.2
1030	0.27
1031	0.36
1032	0.45
1033	0.55
1034	0.6
1035	0.65
1036	0.69
1037	0.74
1038	0.7
1039	0.62
1040	0.56
1041	0.47
1042	0.36
1043	0.26
1044	0.19
1045	0.12
1046	0.1
1047	0.09
1048	0.06
1049	0.05
1050	0.05
1051	0.05
1052	0.05
1053	0.05
1054	0.06
1055	0.06
1056	0.07
1057	0.07
1058	0.08
1059	0.1
1060	0.17
1061	0.19
1062	0.2
1063	0.24
1064	0.24
1065	0.31
1066	0.32
1067	0.35
1068	0.29
1069	0.27
1070	0.28
1071	0.24
1072	0.28
1073	0.22
1074	0.22
1075	0.18
1076	0.19
1077	0.19
1078	0.17
1079	0.16
1080	0.13
1081	0.13
1082	0.12
1083	0.13
1084	0.18
1085	0.21
1086	0.24
1087	0.24
1088	0.25
1089	0.23
1090	0.24
1091	0.23
1092	0.17
1093	0.13
1094	0.1
1095	0.11
1096	0.1
1097	0.12
1098	0.13
1099	0.13
1100	0.12
1101	0.12
1102	0.12
1103	0.12
1104	0.14
1105	0.12
1106	0.11
1107	0.12
1108	0.13
1109	0.14
1110	0.15
1111	0.16
1112	0.19
1113	0.2
1114	0.22
1115	0.23
1116	0.26
1117	0.32
1118	0.38
1119	0.41
1120	0.37
1121	0.37
1122	0.37
1123	0.34
1124	0.3
1125	0.24
1126	0.21
1127	0.17
1128	0.15
1129	0.14
1130	0.11
1131	0.11
1132	0.11
1133	0.11
1134	0.08
1135	0.07
1136	0.07
1137	0.07
1138	0.08
1139	0.08
1140	0.08
1141	0.07
1142	0.06
1143	0.06
1144	0.06
1145	0.05
1146	0.05
1147	0.06
1148	0.06
1149	0.07
1150	0.08
1151	0.1
1152	0.1
1153	0.1
1154	0.09
1155	0.13
1156	0.14
1157	0.14
1158	0.14
1159	0.12
1160	0.13
1161	0.13
1162	0.12
1163	0.07
1164	0.07
1165	0.06
1166	0.07
1167	0.1
1168	0.1
1169	0.11
1170	0.12
1171	0.12
1172	0.13
1173	0.19
1174	0.19
1175	0.23
1176	0.26
1177	0.27
1178	0.28
1179	0.3
1180	0.37
1181	0.35
1182	0.34
1183	0.29
1184	0.27
1185	0.27
1186	0.26
1187	0.24
1188	0.18
1189	0.16
1190	0.17
1191	0.19
1192	0.21
1193	0.2
1194	0.19
1195	0.19
1196	0.22
1197	0.21
1198	0.19
1199	0.17
1200	0.14
1201	0.13
1202	0.13
1203	0.13
1204	0.1
1205	0.08
1206	0.08
1207	0.08
1208	0.09
1209	0.09
1210	0.09
1211	0.08
1212	0.09
1213	0.08
1214	0.07
1215	0.07
1216	0.07
1217	0.08
1218	0.08
1219	0.09
1220	0.08
1221	0.09
1222	0.09
1223	0.13
1224	0.16
1225	0.16
1226	0.17
1227	0.2
1228	0.21
1229	0.24
1230	0.24
1231	0.23
1232	0.22
1233	0.24
1234	0.26
1235	0.29
1236	0.33
1237	0.41
1238	0.46
1239	0.46
1240	0.48
1241	0.47
1242	0.45
1243	0.41
1244	0.41
1245	0.31
1246	0.27
1247	0.32
1248	0.28
1249	0.29
1250	0.28
1251	0.26
1252	0.27
1253	0.3
1254	0.32
1255	0.32
1256	0.38
1257	0.44

A0A2C5Y311

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer