FuNGI

A0A1Q2YDH3

Protein Details

Accession

A0A1Q2YDH3

Localization Confidence

High

Confidence Score

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
60-79	FEQPTRLHRKDPKNLQFQMS	Hydrophilic
161-189	PDGGARKQKKQLIKKRTKQVKAYNEAKRK	Basic
462-486	ANEAASPKKKKSKSKSKISVDSYRS	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
164-188	GARKQKKQLIKKRTKQVKAYNEAKR
468-478	PKKKKSKSKSK

Subcellular Location(s)

nucl 26

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR008851 TFIIF-alpha IPR011039 TFIIF_interaction
Gene Ontology	GO:0005634 C:nucleus GO:0003677 F:DNA binding GO:0032968 P:positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II GO:0006367 P:transcription initiation at RNA polymerase II promoter
Pfam	View protein in Pfam PF05793 TFIIF_alpha

Amino Acid Sequences

MSNPSAPSMNIANVKTEPSSKDSDYDVFPLRALTEDEIEETRYHILKFHSVKKIDPSTEFEQPTRLHRKDPKNLQFQMSLKELEQKKIQDEEKEKEQVVKREEFLKRTGKKDLTAEQIDEELEVEGLDERERKIYDEKRKKELELKEKEEEKDRQMQLVAPDGGARKQKKQLIKKRTKQVKAYNEAKRKLRYEEFYPWVLEDYDANQAWVGNYEAGINDNYCLLILDNVNKCFKLAPVEKFYKFTSRNKYATLTLEEAEAKMKQGGSGQRWLMRKMHDEATSGKRVDLRYRKVQKVKSEGGEEDDEDDIGKRSDEEEDLDYDDEFQDDEEAPIMEGPDDEKKLIESKMKKEMLKANSLIEKVPDEEEDDEFDELFDVKKEDKESKKLRKALSRNAMNEVYASDDEEENPYLSESEIDHGSDSDSTDSEKKKDEDIKVKTEPNDDDDDEIKVKSEPKDGNDLANEAASPKKKKSKSKSKISVDSYRSGFITIRATKQILSQFPKGEWNPRTAIRRDLIDEEATSTTDPNKLTRDDIDSLLVNGPIELSILVKSLRGKMQRDPNSKHVLKQILKENFILKNKQVHRRDS

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.3
2	0.29
3	0.3
4	0.28
5	0.28
6	0.33
7	0.31
8	0.32
9	0.33
10	0.34
11	0.33
12	0.34
13	0.34
14	0.29
15	0.28
16	0.26
17	0.23
18	0.21
19	0.21
20	0.18
21	0.16
22	0.16
23	0.18
24	0.18
25	0.2
26	0.18
27	0.17
28	0.19
29	0.19
30	0.18
31	0.19
32	0.21
33	0.28
34	0.35
35	0.43
36	0.48
37	0.48
38	0.51
39	0.57
40	0.62
41	0.57
42	0.54
43	0.52
44	0.48
45	0.54
46	0.54
47	0.45
48	0.43
49	0.41
50	0.47
51	0.5
52	0.46
53	0.47
54	0.54
55	0.63
56	0.68
57	0.77
58	0.78
59	0.78
60	0.81
61	0.76
62	0.73
63	0.66
64	0.6
65	0.52
66	0.44
67	0.34
68	0.39
69	0.37
70	0.35
71	0.38
72	0.36
73	0.36
74	0.42
75	0.45
76	0.45
77	0.49
78	0.51
79	0.53
80	0.55
81	0.51
82	0.52
83	0.54
84	0.53
85	0.52
86	0.5
87	0.44
88	0.49
89	0.53
90	0.48
91	0.49
92	0.52
93	0.51
94	0.51
95	0.58
96	0.52
97	0.52
98	0.54
99	0.54
100	0.52
101	0.49
102	0.46
103	0.37
104	0.35
105	0.31
106	0.25
107	0.19
108	0.11
109	0.08
110	0.06
111	0.06
112	0.06
113	0.06
114	0.07
115	0.09
116	0.09
117	0.13
118	0.13
119	0.16
120	0.24
121	0.33
122	0.43
123	0.52
124	0.57
125	0.63
126	0.66
127	0.67
128	0.67
129	0.68
130	0.67
131	0.66
132	0.66
133	0.65
134	0.67
135	0.65
136	0.64
137	0.58
138	0.53
139	0.53
140	0.47
141	0.41
142	0.37
143	0.37
144	0.31
145	0.33
146	0.28
147	0.19
148	0.2
149	0.19
150	0.22
151	0.27
152	0.28
153	0.27
154	0.34
155	0.4
156	0.48
157	0.57
158	0.64
159	0.68
160	0.77
161	0.81
162	0.84
163	0.89
164	0.87
165	0.86
166	0.85
167	0.84
168	0.82
169	0.82
170	0.81
171	0.8
172	0.78
173	0.75
174	0.71
175	0.64
176	0.62
177	0.59
178	0.53
179	0.51
180	0.53
181	0.5
182	0.46
183	0.43
184	0.36
185	0.31
186	0.27
187	0.21
188	0.13
189	0.11
190	0.14
191	0.13
192	0.13
193	0.11
194	0.11
195	0.11
196	0.11
197	0.1
198	0.06
199	0.06
200	0.06
201	0.06
202	0.07
203	0.07
204	0.07
205	0.06
206	0.06
207	0.06
208	0.05
209	0.05
210	0.04
211	0.06
212	0.06
213	0.12
214	0.15
215	0.18
216	0.19
217	0.19
218	0.19
219	0.18
220	0.18
221	0.2
222	0.22
223	0.25
224	0.32
225	0.38
226	0.38
227	0.4
228	0.41
229	0.41
230	0.4
231	0.42
232	0.45
233	0.46
234	0.48
235	0.47
236	0.48
237	0.43
238	0.41
239	0.37
240	0.29
241	0.22
242	0.21
243	0.19
244	0.16
245	0.15
246	0.12
247	0.09
248	0.08
249	0.08
250	0.07
251	0.11
252	0.15
253	0.17
254	0.21
255	0.22
256	0.27
257	0.28
258	0.3
259	0.29
260	0.27
261	0.28
262	0.27
263	0.3
264	0.26
265	0.26
266	0.29
267	0.31
268	0.33
269	0.3
270	0.27
271	0.25
272	0.24
273	0.31
274	0.35
275	0.35
276	0.42
277	0.49
278	0.56
279	0.61
280	0.65
281	0.63
282	0.62
283	0.61
284	0.53
285	0.48
286	0.41
287	0.37
288	0.33
289	0.26
290	0.2
291	0.15
292	0.12
293	0.1
294	0.1
295	0.07
296	0.06
297	0.06
298	0.05
299	0.05
300	0.06
301	0.07
302	0.08
303	0.09
304	0.1
305	0.11
306	0.11
307	0.1
308	0.1
309	0.09
310	0.07
311	0.06
312	0.05
313	0.05
314	0.05
315	0.05
316	0.05
317	0.05
318	0.05
319	0.05
320	0.05
321	0.04
322	0.04
323	0.05
324	0.08
325	0.08
326	0.09
327	0.09
328	0.09
329	0.12
330	0.14
331	0.2
332	0.22
333	0.26
334	0.36
335	0.4
336	0.4
337	0.43
338	0.49
339	0.45
340	0.46
341	0.42
342	0.36
343	0.35
344	0.35
345	0.3
346	0.23
347	0.2
348	0.16
349	0.16
350	0.13
351	0.11
352	0.12
353	0.12
354	0.13
355	0.13
356	0.12
357	0.11
358	0.1
359	0.09
360	0.07
361	0.07
362	0.06
363	0.06
364	0.07
365	0.1
366	0.13
367	0.21
368	0.26
369	0.35
370	0.45
371	0.54
372	0.62
373	0.67
374	0.7
375	0.72
376	0.74
377	0.75
378	0.75
379	0.71
380	0.65
381	0.64
382	0.58
383	0.48
384	0.41
385	0.31
386	0.24
387	0.16
388	0.15
389	0.11
390	0.1
391	0.11
392	0.12
393	0.13
394	0.1
395	0.1
396	0.09
397	0.08
398	0.08
399	0.09
400	0.07
401	0.08
402	0.09
403	0.09
404	0.09
405	0.09
406	0.1
407	0.09
408	0.09
409	0.08
410	0.08
411	0.1
412	0.15
413	0.17
414	0.18
415	0.23
416	0.24
417	0.3
418	0.37
419	0.43
420	0.47
421	0.51
422	0.56
423	0.56
424	0.6
425	0.56
426	0.53
427	0.47
428	0.42
429	0.41
430	0.34
431	0.31
432	0.28
433	0.27
434	0.23
435	0.22
436	0.18
437	0.15
438	0.19
439	0.18
440	0.25
441	0.25
442	0.27
443	0.36
444	0.36
445	0.38
446	0.35
447	0.34
448	0.27
449	0.24
450	0.21
451	0.13
452	0.18
453	0.2
454	0.23
455	0.29
456	0.38
457	0.46
458	0.57
459	0.67
460	0.73
461	0.77
462	0.85
463	0.88
464	0.88
465	0.9
466	0.87
467	0.86
468	0.79
469	0.75
470	0.65
471	0.56
472	0.47
473	0.39
474	0.31
475	0.24
476	0.28
477	0.26
478	0.27
479	0.29
480	0.3
481	0.29
482	0.33
483	0.38
484	0.37
485	0.39
486	0.41
487	0.4
488	0.4
489	0.48
490	0.46
491	0.48
492	0.43
493	0.42
494	0.41
495	0.45
496	0.51
497	0.45
498	0.5
499	0.43
500	0.45
501	0.43
502	0.43
503	0.39
504	0.34
505	0.32
506	0.28
507	0.26
508	0.22
509	0.19
510	0.16
511	0.15
512	0.16
513	0.17
514	0.18
515	0.21
516	0.22
517	0.25
518	0.28
519	0.32
520	0.31
521	0.32
522	0.31
523	0.28
524	0.27
525	0.26
526	0.23
527	0.16
528	0.13
529	0.12
530	0.09
531	0.09
532	0.07
533	0.06
534	0.06
535	0.08
536	0.08
537	0.1
538	0.13
539	0.18
540	0.25
541	0.31
542	0.35
543	0.42
544	0.53
545	0.61
546	0.68
547	0.7
548	0.72
549	0.75
550	0.74
551	0.7
552	0.68
553	0.67
554	0.63
555	0.63
556	0.64
557	0.61
558	0.62
559	0.6
560	0.57
561	0.55
562	0.57
563	0.55
564	0.5
565	0.52
566	0.59
567	0.66

A0A1Q2YDH3

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer