FuNGI

A0A197JND4

Protein Details

Accession

A0A197JND4

Localization Confidence

Medium

Confidence Score

10.6

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
119-141	DNNSKFVRARRIRDPKVRLKAVW	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
330-352	HKNGRPLKSIRARLKGKEGRLRG

Subcellular Location(s)

mito 12, nucl 9, cyto_nucl 8, cyto 5

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR045867 DNA-dir_RpoC_beta_prime IPR000722 RNA_pol_asu IPR006592 RNA_pol_N IPR007080 RNA_pol_Rpb1_1 IPR007066 RNA_pol_Rpb1_3 IPR042102 RNA_pol_Rpb1_3_sf IPR007083 RNA_pol_Rpb1_4 IPR007081 RNA_pol_Rpb1_5 IPR007075 RNA_pol_Rpb1_6 IPR044893 RNA_pol_Rpb1_clamp_domain IPR038120 Rpb1_funnel_sf
Gene Ontology	GO:0000428 C:DNA-directed RNA polymerase complex GO:0043229 C:intracellular organelle GO:0003677 F:DNA binding GO:0003899 F:DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0006351 P:DNA-templated transcription
Pfam	View protein in Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 PF04992 RNA_pol_Rpb1_6
CDD	cd02733 RNAP_II_RPB1_N

Amino Acid Sequences

MSGNRFTYSSAPLRRVDCVQFGILSPEEIKNMSVAKIEHAELIDEGTKRPKIGGLHDPRMGTINRNFKCQTCSEGMAECPGHFGHIELAKPVYLNGFLTKVKKILECVCYSCSKLKVDDNNSKFVRARRIRDPKVRLKAVWELAKTKMVCEGGDDIDGEMGEEMEVDEQGIPQPKKKSHGGCGHRQPIFRKEGLGLSVNFKANANDDSQPEGKRTLTPSDAYHILKRISDEDIQAMGLSAEFARPEWMIMTVLPIPPLAVRPSIQMDGSSTGEDDLTHKLFAIIKTNADVYRCAQDGTPAHLIQQHEQLLQYHVATYMDNDIAGQPPAAHKNGRPLKSIRARLKGKEGRLRGNLMGKRVDFSARTVITGDPNLSIDEVGVPRSIARTLTYPELVTPYNIDKLQELVRNGPTEHPGAVYVIRDDGQRIDLRWNKREVPLQLGWKVERHINDGDVVIFNRQPSLHKMSMMGHRIRVMPYSTFRLNLSVTSPYNADFDGDEMNLHVPQSVETRAEITEICMVPRQIVSPQSNKPVMGIVQDTLCGVRKFTKRDCFLTKEMVMNLVMWVPGWEGFLPTPAILKPKPLWTGKQMISMIIPKGINCITFHSTHPDSEESDISPGDTKVIVENGELICGIVCKKTVGTSGGGWIHVIMNQYGPEVAKTFFNGCQTVVNYWLLQHGFSIGIGDTVADRNTVMGITSIINNATSNVNDLIIQAQQDKLECKPGMTLRETFESNVNRALNTARDDAGKMAQQSLREDNNVKQMVISGSKGSFINVSQMTACVGQQNVEGKRIPFGFKYRTLPHFTKDDHSPESRGFVENSYLRGLTPQEFFFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLVKALEDVMVKYDGTVRNSLGHVIQFCYGEDGMDACHVEKQRLDTVKMSNAQFERKFKIELADKSKGFKPGTLDYSVLKSLEEADAARPSGSRSNVGPVQSLLDAEFKQLEDDRHLLRNYIFTEGDDQWPMPTNIRRYIWNSKQMFHVDHKRPSDLDPRHILESIKNLEKQLVVVRGTDRISVEAQDNATLLFRMLIRSTLAVRRVIEEYHLTREAFDWVVGEIGSRFAHAMVNPGEMVGTVAAQSIGEPATQMTLNTFHYAGVLSTLRPISRRLR

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.46
2	0.48
3	0.46
4	0.41
5	0.38
6	0.35
7	0.31
8	0.3
9	0.3
10	0.25
11	0.23
12	0.21
13	0.19
14	0.19
15	0.18
16	0.18
17	0.16
18	0.17
19	0.17
20	0.17
21	0.17
22	0.19
23	0.22
24	0.22
25	0.22
26	0.21
27	0.21
28	0.18
29	0.2
30	0.2
31	0.18
32	0.19
33	0.23
34	0.25
35	0.24
36	0.25
37	0.26
38	0.26
39	0.32
40	0.41
41	0.44
42	0.49
43	0.53
44	0.52
45	0.49
46	0.5
47	0.44
48	0.4
49	0.38
50	0.41
51	0.39
52	0.45
53	0.47
54	0.45
55	0.49
56	0.45
57	0.43
58	0.38
59	0.41
60	0.36
61	0.37
62	0.35
63	0.35
64	0.34
65	0.27
66	0.24
67	0.2
68	0.18
69	0.16
70	0.15
71	0.16
72	0.18
73	0.19
74	0.18
75	0.2
76	0.19
77	0.19
78	0.19
79	0.14
80	0.12
81	0.13
82	0.13
83	0.16
84	0.19
85	0.22
86	0.25
87	0.26
88	0.28
89	0.28
90	0.32
91	0.35
92	0.38
93	0.39
94	0.41
95	0.42
96	0.41
97	0.43
98	0.43
99	0.4
100	0.36
101	0.37
102	0.41
103	0.47
104	0.53
105	0.6
106	0.58
107	0.63
108	0.61
109	0.61
110	0.57
111	0.52
112	0.54
113	0.52
114	0.55
115	0.57
116	0.67
117	0.73
118	0.79
119	0.83
120	0.83
121	0.84
122	0.84
123	0.74
124	0.68
125	0.67
126	0.65
127	0.62
128	0.55
129	0.47
130	0.44
131	0.5
132	0.44
133	0.36
134	0.34
135	0.28
136	0.24
137	0.24
138	0.25
139	0.19
140	0.2
141	0.2
142	0.14
143	0.14
144	0.13
145	0.11
146	0.07
147	0.06
148	0.05
149	0.04
150	0.04
151	0.04
152	0.05
153	0.05
154	0.05
155	0.05
156	0.09
157	0.17
158	0.18
159	0.24
160	0.31
161	0.35
162	0.4
163	0.48
164	0.52
165	0.53
166	0.63
167	0.65
168	0.68
169	0.74
170	0.77
171	0.74
172	0.71
173	0.67
174	0.64
175	0.63
176	0.53
177	0.45
178	0.39
179	0.37
180	0.35
181	0.34
182	0.27
183	0.25
184	0.29
185	0.28
186	0.26
187	0.24
188	0.22
189	0.2
190	0.21
191	0.2
192	0.19
193	0.19
194	0.24
195	0.27
196	0.27
197	0.26
198	0.27
199	0.24
200	0.25
201	0.27
202	0.27
203	0.26
204	0.28
205	0.27
206	0.3
207	0.34
208	0.33
209	0.33
210	0.32
211	0.3
212	0.28
213	0.29
214	0.26
215	0.25
216	0.24
217	0.22
218	0.2
219	0.19
220	0.18
221	0.16
222	0.14
223	0.1
224	0.08
225	0.07
226	0.05
227	0.05
228	0.05
229	0.05
230	0.07
231	0.07
232	0.08
233	0.08
234	0.09
235	0.09
236	0.09
237	0.11
238	0.12
239	0.12
240	0.12
241	0.11
242	0.11
243	0.1
244	0.13
245	0.11
246	0.11
247	0.11
248	0.14
249	0.17
250	0.19
251	0.18
252	0.17
253	0.17
254	0.18
255	0.18
256	0.16
257	0.12
258	0.11
259	0.11
260	0.11
261	0.11
262	0.12
263	0.12
264	0.12
265	0.11
266	0.13
267	0.16
268	0.17
269	0.22
270	0.19
271	0.19
272	0.2
273	0.23
274	0.23
275	0.21
276	0.21
277	0.16
278	0.19
279	0.19
280	0.18
281	0.15
282	0.2
283	0.21
284	0.25
285	0.27
286	0.23
287	0.23
288	0.26
289	0.28
290	0.24
291	0.28
292	0.24
293	0.2
294	0.21
295	0.22
296	0.21
297	0.2
298	0.18
299	0.13
300	0.11
301	0.11
302	0.1
303	0.1
304	0.1
305	0.09
306	0.09
307	0.08
308	0.08
309	0.09
310	0.09
311	0.09
312	0.06
313	0.09
314	0.13
315	0.15
316	0.16
317	0.16
318	0.27
319	0.35
320	0.37
321	0.39
322	0.38
323	0.46
324	0.54
325	0.62
326	0.59
327	0.61
328	0.63
329	0.62
330	0.7
331	0.67
332	0.66
333	0.65
334	0.61
335	0.59
336	0.58
337	0.58
338	0.5
339	0.53
340	0.47
341	0.42
342	0.41
343	0.33
344	0.31
345	0.28
346	0.28
347	0.2
348	0.2
349	0.23
350	0.19
351	0.2
352	0.2
353	0.19
354	0.19
355	0.19
356	0.18
357	0.11
358	0.11
359	0.11
360	0.1
361	0.09
362	0.07
363	0.08
364	0.08
365	0.08
366	0.07
367	0.07
368	0.07
369	0.08
370	0.09
371	0.07
372	0.08
373	0.1
374	0.12
375	0.15
376	0.16
377	0.15
378	0.15
379	0.17
380	0.16
381	0.14
382	0.13
383	0.13
384	0.15
385	0.15
386	0.15
387	0.13
388	0.15
389	0.19
390	0.2
391	0.19
392	0.2
393	0.22
394	0.23
395	0.23
396	0.23
397	0.21
398	0.19
399	0.18
400	0.14
401	0.12
402	0.12
403	0.12
404	0.1
405	0.09
406	0.08
407	0.09
408	0.08
409	0.09
410	0.08
411	0.11
412	0.11
413	0.12
414	0.19
415	0.25
416	0.3
417	0.34
418	0.38
419	0.37
420	0.4
421	0.45
422	0.39
423	0.4
424	0.38
425	0.39
426	0.38
427	0.37
428	0.34
429	0.3
430	0.29
431	0.25
432	0.22
433	0.21
434	0.19
435	0.18
436	0.18
437	0.16
438	0.16
439	0.13
440	0.13
441	0.1
442	0.09
443	0.09
444	0.09
445	0.09
446	0.1
447	0.14
448	0.21
449	0.21
450	0.21
451	0.22
452	0.25
453	0.32
454	0.36
455	0.32
456	0.26
457	0.27
458	0.27
459	0.26
460	0.24
461	0.19
462	0.16
463	0.17
464	0.21
465	0.2
466	0.2
467	0.19
468	0.19
469	0.18
470	0.16
471	0.16
472	0.15
473	0.14
474	0.14
475	0.14
476	0.13
477	0.13
478	0.12
479	0.11
480	0.07
481	0.08
482	0.08
483	0.07
484	0.06
485	0.06
486	0.07
487	0.06
488	0.06
489	0.06
490	0.05
491	0.06
492	0.08
493	0.09
494	0.08
495	0.08
496	0.1
497	0.09
498	0.1
499	0.09
500	0.08
501	0.11
502	0.11
503	0.11
504	0.11
505	0.11
506	0.11
507	0.11
508	0.11
509	0.09
510	0.14
511	0.17
512	0.21
513	0.24
514	0.28
515	0.29
516	0.28
517	0.27
518	0.22
519	0.19
520	0.16
521	0.14
522	0.09
523	0.08
524	0.08
525	0.08
526	0.07
527	0.1
528	0.08
529	0.08
530	0.15
531	0.19
532	0.24
533	0.3
534	0.38
535	0.4
536	0.45
537	0.5
538	0.48
539	0.46
540	0.46
541	0.41
542	0.34
543	0.31
544	0.26
545	0.21
546	0.16
547	0.13
548	0.09
549	0.07
550	0.05
551	0.05
552	0.04
553	0.04
554	0.05
555	0.04
556	0.05
557	0.05
558	0.06
559	0.06
560	0.06
561	0.06
562	0.06
563	0.1
564	0.1
565	0.13
566	0.13
567	0.18
568	0.23
569	0.24
570	0.26
571	0.26
572	0.33
573	0.32
574	0.36
575	0.32
576	0.27
577	0.26
578	0.26
579	0.22
580	0.17
581	0.16
582	0.1
583	0.12
584	0.12
585	0.12
586	0.1
587	0.14
588	0.14
589	0.15
590	0.16
591	0.2
592	0.21
593	0.2
594	0.22
595	0.19
596	0.18
597	0.18
598	0.18
599	0.12
600	0.12
601	0.11
602	0.1
603	0.1
604	0.08
605	0.07
606	0.07
607	0.06
608	0.06
609	0.07
610	0.07
611	0.06
612	0.08
613	0.08
614	0.08
615	0.07
616	0.07
617	0.06
618	0.06
619	0.06
620	0.04
621	0.05
622	0.05
623	0.05
624	0.06
625	0.08
626	0.1
627	0.11
628	0.11
629	0.14
630	0.15
631	0.14
632	0.13
633	0.12
634	0.1
635	0.1
636	0.11
637	0.07
638	0.07
639	0.07
640	0.07
641	0.07
642	0.07
643	0.06
644	0.07
645	0.07
646	0.07
647	0.08
648	0.1
649	0.11
650	0.13
651	0.14
652	0.13
653	0.15
654	0.15
655	0.15
656	0.15
657	0.14
658	0.12
659	0.12
660	0.14
661	0.11
662	0.1
663	0.09
664	0.08
665	0.07
666	0.07
667	0.07
668	0.05
669	0.04
670	0.04
671	0.04
672	0.04
673	0.05
674	0.05
675	0.05
676	0.05
677	0.05
678	0.05
679	0.05
680	0.04
681	0.04
682	0.05
683	0.05
684	0.06
685	0.06
686	0.06
687	0.07
688	0.06
689	0.07
690	0.07
691	0.07
692	0.08
693	0.08
694	0.08
695	0.08
696	0.08
697	0.08
698	0.08
699	0.09
700	0.07
701	0.08
702	0.08
703	0.09
704	0.11
705	0.1
706	0.17
707	0.16
708	0.16
709	0.19
710	0.22
711	0.25
712	0.27
713	0.28
714	0.24
715	0.27
716	0.27
717	0.24
718	0.27
719	0.25
720	0.23
721	0.25
722	0.23
723	0.2
724	0.2
725	0.2
726	0.17
727	0.18
728	0.19
729	0.15
730	0.15
731	0.16
732	0.16
733	0.17
734	0.16
735	0.13
736	0.15
737	0.16
738	0.17
739	0.19
740	0.23
741	0.23
742	0.23
743	0.25
744	0.24
745	0.31
746	0.31
747	0.28
748	0.23
749	0.23
750	0.22
751	0.21
752	0.2
753	0.13
754	0.12
755	0.14
756	0.14
757	0.12
758	0.11
759	0.1
760	0.14
761	0.13
762	0.14
763	0.12
764	0.12
765	0.13
766	0.12
767	0.12
768	0.09
769	0.08
770	0.08
771	0.11
772	0.17
773	0.17
774	0.19
775	0.21
776	0.2
777	0.23
778	0.25
779	0.24
780	0.21
781	0.26
782	0.28
783	0.31
784	0.37
785	0.39
786	0.43
787	0.48
788	0.47
789	0.45
790	0.45
791	0.42
792	0.4
793	0.4
794	0.4
795	0.37
796	0.38
797	0.37
798	0.32
799	0.33
800	0.3
801	0.26
802	0.22
803	0.18
804	0.21
805	0.2
806	0.21
807	0.2
808	0.18
809	0.17
810	0.17
811	0.18
812	0.16
813	0.17
814	0.16
815	0.16
816	0.17
817	0.2
818	0.18
819	0.17
820	0.15
821	0.13
822	0.13
823	0.12
824	0.1
825	0.08
826	0.08
827	0.07
828	0.06
829	0.06
830	0.06
831	0.06
832	0.06
833	0.06
834	0.06
835	0.06
836	0.08
837	0.09
838	0.12
839	0.15
840	0.22
841	0.23
842	0.27
843	0.27
844	0.28
845	0.28
846	0.26
847	0.24
848	0.2
849	0.22
850	0.2
851	0.19
852	0.19
853	0.18
854	0.16
855	0.14
856	0.17
857	0.17
858	0.19
859	0.2
860	0.19
861	0.21
862	0.22
863	0.23
864	0.19
865	0.18
866	0.16
867	0.16
868	0.17
869	0.15
870	0.14
871	0.16
872	0.15
873	0.12
874	0.11
875	0.1
876	0.08
877	0.09
878	0.09
879	0.07
880	0.11
881	0.12
882	0.13
883	0.15
884	0.18
885	0.25
886	0.28
887	0.31
888	0.31
889	0.34
890	0.39
891	0.43
892	0.4
893	0.39
894	0.37
895	0.42
896	0.43
897	0.44
898	0.43
899	0.4
900	0.41
901	0.36
902	0.41
903	0.41
904	0.44
905	0.48
906	0.5
907	0.49
908	0.51
909	0.54
910	0.53
911	0.46
912	0.4
913	0.38
914	0.36
915	0.4
916	0.38
917	0.36
918	0.3
919	0.33
920	0.32
921	0.26
922	0.19
923	0.15
924	0.14
925	0.14
926	0.13
927	0.1
928	0.11
929	0.14
930	0.14
931	0.14
932	0.13
933	0.15
934	0.19
935	0.2
936	0.21
937	0.2
938	0.26
939	0.29
940	0.3
941	0.29
942	0.24
943	0.25
944	0.22
945	0.21
946	0.15
947	0.15
948	0.14
949	0.14
950	0.15
951	0.13
952	0.15
953	0.17
954	0.18
955	0.19
956	0.23
957	0.24
958	0.29
959	0.3
960	0.29
961	0.28
962	0.31
963	0.28
964	0.28
965	0.25
966	0.2
967	0.25
968	0.25
969	0.27
970	0.24
971	0.22
972	0.19
973	0.23
974	0.23
975	0.24
976	0.28
977	0.3
978	0.36
979	0.38
980	0.41
981	0.45
982	0.54
983	0.57
984	0.61
985	0.58
986	0.53
987	0.58
988	0.58
989	0.55
990	0.53
991	0.55
992	0.54
993	0.59
994	0.61
995	0.58
996	0.55
997	0.56
998	0.57
999	0.52
1000	0.52
1001	0.51
1002	0.5
1003	0.5
1004	0.5
1005	0.46
1006	0.39
1007	0.41
1008	0.4
1009	0.38
1010	0.37
1011	0.35
1012	0.35
1013	0.34
1014	0.33
1015	0.31
1016	0.3
1017	0.25
1018	0.25
1019	0.26
1020	0.28
1021	0.29
1022	0.29
1023	0.24
1024	0.21
1025	0.21
1026	0.21
1027	0.21
1028	0.2
1029	0.19
1030	0.18
1031	0.17
1032	0.15
1033	0.14
1034	0.12
1035	0.11
1036	0.09
1037	0.09
1038	0.11
1039	0.12
1040	0.13
1041	0.13
1042	0.15
1043	0.19
1044	0.23
1045	0.26
1046	0.27
1047	0.28
1048	0.3
1049	0.3
1050	0.29
1051	0.28
1052	0.3
1053	0.3
1054	0.32
1055	0.35
1056	0.31
1057	0.3
1058	0.3
1059	0.3
1060	0.23
1061	0.2
1062	0.14
1063	0.11
1064	0.12
1065	0.11
1066	0.11
1067	0.08
1068	0.1
1069	0.09
1070	0.09
1071	0.09
1072	0.09
1073	0.12
1074	0.11
1075	0.18
1076	0.17
1077	0.19
1078	0.18
1079	0.18
1080	0.17
1081	0.14
1082	0.15
1083	0.09
1084	0.07
1085	0.05
1086	0.06
1087	0.06
1088	0.06
1089	0.06
1090	0.07
1091	0.07
1092	0.07
1093	0.07
1094	0.07
1095	0.09
1096	0.1
1097	0.1
1098	0.11
1099	0.13
1100	0.16
1101	0.18
1102	0.18
1103	0.15
1104	0.16
1105	0.16
1106	0.14
1107	0.15
1108	0.14
1109	0.12
1110	0.16
1111	0.19
1112	0.2
1113	0.21

A0A197JND4

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer