Nucleolar Localized Proteins

Nucleolar localized proteins available in the database.

P41896

Protein Details
Accession P41896    Localization Confidence Medium Confidence Score 14.4
NoLS Segment(s)
PositionSequenceProtein Nature
166-195EREEELKKKQQQQKRRNNRKKFNHRVMTDRBasic
NLS Segment(s)
PositionSequence
164-187KQEREEELKKKQQQQKRRNNRKKF
Subcellular Location(s) nucl 24.5, cyto_nucl 13.5
Family & Domain DBs
InterPro View protein in InterPro  
IPR003196  TFIIF_beta  
IPR040450  TFIIF_beta_HTH  
IPR040504  TFIIF_beta_N  
IPR011039  TFIIF_interaction  
IPR036388  WH-like_DNA-bd_sf  
IPR036390  WH_DNA-bd_sf  
Gene Ontology GO:0005634  C:nucleus  
GO:0005674  C:transcription factor TFIIF complex  
GO:0003677  F:DNA binding  
GO:0000166  F:nucleotide binding  
GO:0000993  F:RNA polymerase II complex binding  
GO:0006355  P:regulation of DNA-templated transcription  
GO:0051123  P:RNA polymerase II preinitiation complex assembly  
GO:0006368  P:transcription elongation by RNA polymerase II  
GO:0006367  P:transcription initiation at RNA polymerase II promoter  
GO:0001174  P:transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter  
KEGG sce:YGR005C  -  
Pfam View protein in Pfam  
PF02270  TFIIF_beta  
PF17683  TFIIF_beta_N  
CDD cd07980  TFIIF_beta  
Amino Acid Sequences MSSGSAGAPALSNNSTNSVAKEKSGNISGDEYLSQEEEVFDGNDIENNETKVYEESLDLDLERSNRQVWLVRLPMFLAEKWRDRNNLHGQELGKIRINKDGSKITLLLNENDNDSIPHEYDLELTKKVVENEYVFTEQNLKKYQQRKKELEADPEKQRQAYLKKQEREEELKKKQQQQKRRNNRKKFNHRVMTDRDGRDRYIPYVKTIPKKTAIVGTVCHECQVMPSMNDPNYHKIVEQRRNIVKLNNKERITTLDETVGVTMSHTGMSMRSDNSNFLKVGREKAKSNIKSIRMPKKEILDYLFKLFDEYDYWSLKGLKERTRQPEAHLKECLDKVATLVKKGPYAFKYTLRPEYKKLKEEERKATLGELADEQTGSAGDNAQGDAEADLEDEIEMEDVV
FASTA Sequence
with NoLS information
AlphaFold Structure
with highlighted NoLS
NoLS Predictions per Residue
Residue Number Score
1 0.18
2 0.2
3 0.21
4 0.24
5 0.26
6 0.26
7 0.27
8 0.3
9 0.29
10 0.32
11 0.35
12 0.33
13 0.3
14 0.32
15 0.3
16 0.28
17 0.25
18 0.21
19 0.17
20 0.17
21 0.14
22 0.11
23 0.1
24 0.09
25 0.1
26 0.1
27 0.09
28 0.09
29 0.09
30 0.11
31 0.12
32 0.15
33 0.16
34 0.16
35 0.16
36 0.15
37 0.16
38 0.15
39 0.15
40 0.13
41 0.12
42 0.13
43 0.14
44 0.15
45 0.14
46 0.13
47 0.14
48 0.15
49 0.16
50 0.15
51 0.14
52 0.15
53 0.17
54 0.21
55 0.22
56 0.27
57 0.31
58 0.32
59 0.31
60 0.31
61 0.32
62 0.29
63 0.27
64 0.27
65 0.26
66 0.3
67 0.35
68 0.4
69 0.42
70 0.42
71 0.5
72 0.54
73 0.56
74 0.52
75 0.51
76 0.47
77 0.47
78 0.49
79 0.43
80 0.38
81 0.32
82 0.31
83 0.34
84 0.37
85 0.33
86 0.35
87 0.37
88 0.33
89 0.34
90 0.34
91 0.27
92 0.31
93 0.3
94 0.27
95 0.24
96 0.23
97 0.21
98 0.2
99 0.19
100 0.13
101 0.13
102 0.13
103 0.11
104 0.11
105 0.1
106 0.1
107 0.12
108 0.15
109 0.16
110 0.14
111 0.14
112 0.15
113 0.16
114 0.18
115 0.17
116 0.16
117 0.16
118 0.17
119 0.21
120 0.21
121 0.19
122 0.18
123 0.25
124 0.23
125 0.27
126 0.28
127 0.27
128 0.32
129 0.42
130 0.5
131 0.51
132 0.6
133 0.61
134 0.64
135 0.72
136 0.7
137 0.71
138 0.7
139 0.66
140 0.64
141 0.64
142 0.57
143 0.47
144 0.43
145 0.39
146 0.39
147 0.42
148 0.45
149 0.49
150 0.53
151 0.56
152 0.59
153 0.59
154 0.61
155 0.61
156 0.6
157 0.59
158 0.63
159 0.66
160 0.71
161 0.73
162 0.73
163 0.75
164 0.76
165 0.79
166 0.82
167 0.87
168 0.89
169 0.91
170 0.93
171 0.94
172 0.94
173 0.94
174 0.92
175 0.9
176 0.81
177 0.77
178 0.72
179 0.68
180 0.64
181 0.55
182 0.49
183 0.42
184 0.41
185 0.37
186 0.32
187 0.28
188 0.27
189 0.25
190 0.23
191 0.29
192 0.33
193 0.37
194 0.39
195 0.39
196 0.36
197 0.36
198 0.34
199 0.31
200 0.28
201 0.22
202 0.21
203 0.2
204 0.2
205 0.19
206 0.18
207 0.14
208 0.11
209 0.11
210 0.13
211 0.12
212 0.1
213 0.12
214 0.16
215 0.17
216 0.21
217 0.22
218 0.22
219 0.23
220 0.23
221 0.21
222 0.25
223 0.33
224 0.39
225 0.41
226 0.45
227 0.48
228 0.51
229 0.52
230 0.5
231 0.49
232 0.5
233 0.55
234 0.56
235 0.52
236 0.49
237 0.49
238 0.47
239 0.45
240 0.37
241 0.29
242 0.22
243 0.22
244 0.21
245 0.2
246 0.16
247 0.09
248 0.07
249 0.07
250 0.06
251 0.05
252 0.05
253 0.05
254 0.05
255 0.08
256 0.09
257 0.1
258 0.13
259 0.14
260 0.18
261 0.2
262 0.22
263 0.2
264 0.19
265 0.25
266 0.24
267 0.31
268 0.34
269 0.35
270 0.35
271 0.43
272 0.53
273 0.48
274 0.54
275 0.54
276 0.52
277 0.57
278 0.64
279 0.67
280 0.62
281 0.65
282 0.61
283 0.61
284 0.59
285 0.54
286 0.49
287 0.45
288 0.41
289 0.4
290 0.36
291 0.28
292 0.26
293 0.23
294 0.2
295 0.15
296 0.17
297 0.17
298 0.18
299 0.18
300 0.2
301 0.21
302 0.22
303 0.28
304 0.31
305 0.36
306 0.42
307 0.51
308 0.57
309 0.63
310 0.63
311 0.61
312 0.65
313 0.62
314 0.6
315 0.55
316 0.49
317 0.47
318 0.46
319 0.42
320 0.33
321 0.27
322 0.23
323 0.28
324 0.28
325 0.24
326 0.28
327 0.28
328 0.31
329 0.33
330 0.39
331 0.32
332 0.38
333 0.4
334 0.41
335 0.47
336 0.5
337 0.59
338 0.6
339 0.62
340 0.62
341 0.68
342 0.7
343 0.7
344 0.68
345 0.69
346 0.71
347 0.76
348 0.79
349 0.75
350 0.68
351 0.62
352 0.57
353 0.5
354 0.4
355 0.33
356 0.25
357 0.2
358 0.18
359 0.17
360 0.15
361 0.12
362 0.11
363 0.1
364 0.08
365 0.07
366 0.08
367 0.09
368 0.09
369 0.09
370 0.09
371 0.09
372 0.09
373 0.08
374 0.07
375 0.06
376 0.06
377 0.06
378 0.06
379 0.05
380 0.06