FuNGI

P0CL88

Protein Details

Accession

P0CL88

Localization Confidence

Low

Confidence Score

9.3

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
109-128	GVAPRAKMNQQRSRRFRAAQ	Hydrophilic
420-439	RQEHSQKRRRIEEHKRQDED	Basic

NLS Segment(s)

Subcellular Location(s)

cyto 11.5, cyto_nucl 10.5, nucl 8.5, mito 6

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR027073 5_3_exoribonuclease IPR041412 Xrn1_helical IPR004859 Xrn1_N IPR017151 Xrn2/3/4 IPR001878 Znf_CCHC IPR036875 Znf_CCHC_sf
Gene Ontology	GO:0005634 C:nucleus GO:0004534 F:5'-3' RNA exonuclease activity GO:0003723 F:RNA binding GO:0008270 F:zinc ion binding GO:0006353 P:DNA-templated transcription termination GO:0006397 P:mRNA processing GO:0000956 P:nuclear-transcribed mRNA catabolic process GO:0006364 P:rRNA processing
Pfam	View protein in Pfam PF17846 XRN_M PF03159 XRN_N PF00098 zf-CCHC
PROSITE	View protein in PROSITE PS50158 ZF_CCHC
CDD	cd18673 PIN_XRN1-2-like

Amino Acid Sequences

MGVPALFRWLSKKYPKIVERVKEDTPKKIRGPDGEIVEEPIRYENPNPNGFEVDNLYLDMNGIVHPCTHPEGRPAPETEEEMMVEIFKYTERVVNMCRPRKVLMMAIDGVAPRAKMNQQRSRRFRAAQEAADKEEERREAIKLFEAMGHAVSEETANHKSWDTNAITPGTPFMDLLSISLKYWVSHKLTTDPGWKDLKIILSDSSVPGEGEHKIMDWIRRQRSYPTWDANTSHVIYGLDADLIMLSLATHEPHFRVLREDVFAQSSKGPHACKNCGKVGHIAANCKSDKKFKDPNVAEVAKTEDPKPFIFLDVACLREYLAVELVVPGMPFPFDLELAIDDWIFMIFFVGNDFLPHLPSLEIREGAIDVLLKIWRAELPRMGGYLTNHGKVNLDRAQVILEGLAKSEDEIFQKRKDDEERQEHSQKRRRIEEHKRQDEDKAREEDRNTLTLNGTEYVAVDNPAATARGGPLHPSLPSRPAFDLVPKEDAVKQPEDQDQKAKKAMAGSNSDIVKNRKAIRMANMSAAQALKAELEGGNDVNVDDKKAIAQEGKEEDEAVVTVERTEDEEKEQLTKEEARGTLEEQGEKEGVDEEVVPPAIQTDEDEGEAPVGDATVAENDESTTPEDDEDPTHVPRKRKRGDSDGDEDSNEEDDDDDDDDAPPNPEADQPIPKKKLKVNADGTVDYEDDVKLWEPGYRERYYEKKFGVKLSEREFIDKVTKSYMEGLCWVLEYYYQGVPAWDWFYPYHYAPFAQDFRDVGSMDIKFETSIPFKPFAQLLGVFPAASRIHLPEPLQTLMIDEDSPILDFYPPDFEIDMNGKKMAWQGVALLPFIDQNRLLTALKSKEELLSDDEKRRNSWGDNVMFIANENPLYDLFCDKLYGLRAKDPIPIDTKASYGITGSVLPDPNCVPASTFDTPIPSISECPDLNPNDSISVRYYFPRQAHPHRSILLRGYKPEPARLTESDKDWVRRGGQGGRRGHRHNGGGNGNVTGGPGMARGRYESGPPRTNGYQPPPPRSNYGGSSGYGYGAPAPLPSRPPVSSYGGGAGGYGYSNPYAAAPNPYAGGYGAPAPYAAGGYGQRPYVPPLPPPNPYSAPPPAYGRPPGGGYGYGAPPPRGGGYNPYPSRR

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.6
2	0.65
3	0.7
4	0.76
5	0.76
6	0.74
7	0.73
8	0.72
9	0.72
10	0.71
11	0.71
12	0.69
13	0.69
14	0.66
15	0.68
16	0.67
17	0.64
18	0.67
19	0.64
20	0.61
21	0.57
22	0.52
23	0.49
24	0.43
25	0.36
26	0.3
27	0.25
28	0.21
29	0.19
30	0.23
31	0.27
32	0.34
33	0.39
34	0.41
35	0.4
36	0.43
37	0.4
38	0.38
39	0.33
40	0.28
41	0.23
42	0.21
43	0.19
44	0.16
45	0.16
46	0.13
47	0.09
48	0.08
49	0.08
50	0.08
51	0.09
52	0.1
53	0.12
54	0.17
55	0.19
56	0.2
57	0.27
58	0.33
59	0.37
60	0.41
61	0.41
62	0.41
63	0.41
64	0.43
65	0.37
66	0.32
67	0.27
68	0.23
69	0.21
70	0.16
71	0.13
72	0.1
73	0.09
74	0.07
75	0.09
76	0.09
77	0.13
78	0.14
79	0.18
80	0.23
81	0.33
82	0.43
83	0.49
84	0.52
85	0.51
86	0.52
87	0.53
88	0.51
89	0.48
90	0.43
91	0.4
92	0.37
93	0.34
94	0.32
95	0.28
96	0.26
97	0.2
98	0.15
99	0.1
100	0.13
101	0.19
102	0.26
103	0.37
104	0.46
105	0.55
106	0.66
107	0.74
108	0.79
109	0.81
110	0.78
111	0.74
112	0.75
113	0.72
114	0.68
115	0.68
116	0.62
117	0.57
118	0.57
119	0.51
120	0.42
121	0.4
122	0.34
123	0.28
124	0.27
125	0.25
126	0.23
127	0.24
128	0.27
129	0.22
130	0.22
131	0.2
132	0.2
133	0.18
134	0.17
135	0.15
136	0.1
137	0.09
138	0.09
139	0.08
140	0.07
141	0.11
142	0.13
143	0.14
144	0.15
145	0.16
146	0.17
147	0.18
148	0.25
149	0.24
150	0.25
151	0.27
152	0.28
153	0.28
154	0.27
155	0.27
156	0.2
157	0.17
158	0.14
159	0.11
160	0.1
161	0.1
162	0.1
163	0.11
164	0.11
165	0.1
166	0.13
167	0.13
168	0.12
169	0.15
170	0.21
171	0.22
172	0.24
173	0.27
174	0.29
175	0.33
176	0.37
177	0.43
178	0.39
179	0.4
180	0.42
181	0.39
182	0.36
183	0.34
184	0.34
185	0.27
186	0.26
187	0.22
188	0.2
189	0.21
190	0.2
191	0.19
192	0.15
193	0.13
194	0.12
195	0.13
196	0.12
197	0.11
198	0.11
199	0.1
200	0.12
201	0.15
202	0.19
203	0.26
204	0.34
205	0.41
206	0.44
207	0.46
208	0.5
209	0.55
210	0.58
211	0.58
212	0.56
213	0.53
214	0.53
215	0.53
216	0.49
217	0.46
218	0.4
219	0.32
220	0.25
221	0.2
222	0.17
223	0.16
224	0.13
225	0.08
226	0.07
227	0.07
228	0.05
229	0.05
230	0.04
231	0.03
232	0.03
233	0.03
234	0.04
235	0.05
236	0.06
237	0.07
238	0.08
239	0.14
240	0.16
241	0.16
242	0.2
243	0.22
244	0.24
245	0.26
246	0.26
247	0.23
248	0.24
249	0.24
250	0.21
251	0.2
252	0.19
253	0.19
254	0.22
255	0.23
256	0.25
257	0.32
258	0.39
259	0.43
260	0.47
261	0.5
262	0.48
263	0.48
264	0.47
265	0.45
266	0.45
267	0.41
268	0.4
269	0.37
270	0.41
271	0.4
272	0.38
273	0.36
274	0.36
275	0.38
276	0.42
277	0.49
278	0.5
279	0.6
280	0.58
281	0.62
282	0.63
283	0.59
284	0.51
285	0.42
286	0.41
287	0.32
288	0.32
289	0.27
290	0.22
291	0.23
292	0.23
293	0.25
294	0.2
295	0.18
296	0.18
297	0.16
298	0.19
299	0.19
300	0.2
301	0.17
302	0.17
303	0.16
304	0.16
305	0.16
306	0.11
307	0.09
308	0.08
309	0.07
310	0.08
311	0.08
312	0.07
313	0.06
314	0.05
315	0.04
316	0.04
317	0.04
318	0.05
319	0.05
320	0.05
321	0.06
322	0.06
323	0.07
324	0.08
325	0.08
326	0.07
327	0.06
328	0.06
329	0.06
330	0.05
331	0.04
332	0.04
333	0.03
334	0.03
335	0.04
336	0.05
337	0.05
338	0.05
339	0.07
340	0.07
341	0.08
342	0.08
343	0.08
344	0.07
345	0.08
346	0.12
347	0.12
348	0.12
349	0.11
350	0.12
351	0.11
352	0.11
353	0.1
354	0.07
355	0.05
356	0.06
357	0.07
358	0.06
359	0.06
360	0.07
361	0.09
362	0.11
363	0.13
364	0.14
365	0.17
366	0.17
367	0.18
368	0.18
369	0.17
370	0.16
371	0.23
372	0.23
373	0.22
374	0.21
375	0.21
376	0.22
377	0.21
378	0.26
379	0.22
380	0.21
381	0.19
382	0.19
383	0.19
384	0.18
385	0.17
386	0.11
387	0.08
388	0.07
389	0.07
390	0.07
391	0.06
392	0.06
393	0.07
394	0.08
395	0.1
396	0.15
397	0.18
398	0.2
399	0.24
400	0.25
401	0.29
402	0.33
403	0.39
404	0.43
405	0.5
406	0.52
407	0.55
408	0.63
409	0.65
410	0.68
411	0.68
412	0.64
413	0.62
414	0.65
415	0.64
416	0.67
417	0.72
418	0.73
419	0.76
420	0.8
421	0.77
422	0.7
423	0.71
424	0.7
425	0.64
426	0.59
427	0.54
428	0.46
429	0.46
430	0.45
431	0.44
432	0.37
433	0.34
434	0.28
435	0.24
436	0.22
437	0.19
438	0.2
439	0.14
440	0.11
441	0.09
442	0.09
443	0.08
444	0.08
445	0.07
446	0.06
447	0.05
448	0.05
449	0.05
450	0.06
451	0.05
452	0.05
453	0.05
454	0.07
455	0.07
456	0.09
457	0.1
458	0.1
459	0.11
460	0.14
461	0.15
462	0.18
463	0.19
464	0.2
465	0.2
466	0.2
467	0.2
468	0.21
469	0.24
470	0.21
471	0.22
472	0.2
473	0.21
474	0.21
475	0.24
476	0.23
477	0.21
478	0.2
479	0.2
480	0.26
481	0.28
482	0.27
483	0.33
484	0.33
485	0.34
486	0.36
487	0.33
488	0.28
489	0.3
490	0.31
491	0.27
492	0.27
493	0.26
494	0.28
495	0.28
496	0.28
497	0.26
498	0.26
499	0.24
500	0.24
501	0.26
502	0.25
503	0.27
504	0.28
505	0.31
506	0.35
507	0.34
508	0.32
509	0.3
510	0.27
511	0.25
512	0.23
513	0.17
514	0.1
515	0.09
516	0.06
517	0.04
518	0.05
519	0.04
520	0.05
521	0.05
522	0.05
523	0.05
524	0.05
525	0.05
526	0.06
527	0.06
528	0.06
529	0.06
530	0.06
531	0.06
532	0.07
533	0.08
534	0.07
535	0.07
536	0.1
537	0.12
538	0.14
539	0.14
540	0.13
541	0.12
542	0.11
543	0.11
544	0.08
545	0.06
546	0.04
547	0.04
548	0.04
549	0.04
550	0.06
551	0.07
552	0.07
553	0.09
554	0.1
555	0.11
556	0.12
557	0.13
558	0.11
559	0.12
560	0.13
561	0.12
562	0.14
563	0.14
564	0.14
565	0.15
566	0.15
567	0.18
568	0.18
569	0.17
570	0.14
571	0.15
572	0.13
573	0.13
574	0.12
575	0.07
576	0.06
577	0.06
578	0.06
579	0.05
580	0.05
581	0.06
582	0.05
583	0.04
584	0.05
585	0.05
586	0.04
587	0.04
588	0.06
589	0.06
590	0.07
591	0.07
592	0.07
593	0.07
594	0.07
595	0.06
596	0.04
597	0.03
598	0.03
599	0.02
600	0.03
601	0.03
602	0.03
603	0.03
604	0.03
605	0.04
606	0.04
607	0.06
608	0.07
609	0.07
610	0.07
611	0.07
612	0.08
613	0.08
614	0.09
615	0.1
616	0.11
617	0.12
618	0.19
619	0.22
620	0.29
621	0.35
622	0.44
623	0.49
624	0.56
625	0.6
626	0.62
627	0.66
628	0.65
629	0.64
630	0.58
631	0.51
632	0.43
633	0.38
634	0.29
635	0.23
636	0.16
637	0.1
638	0.06
639	0.06
640	0.06
641	0.07
642	0.06
643	0.06
644	0.06
645	0.07
646	0.07
647	0.08
648	0.07
649	0.07
650	0.07
651	0.08
652	0.1
653	0.11
654	0.19
655	0.24
656	0.32
657	0.38
658	0.4
659	0.43
660	0.45
661	0.52
662	0.5
663	0.55
664	0.53
665	0.53
666	0.54
667	0.5
668	0.47
669	0.39
670	0.33
671	0.23
672	0.18
673	0.11
674	0.08
675	0.08
676	0.07
677	0.06
678	0.06
679	0.08
680	0.09
681	0.15
682	0.21
683	0.21
684	0.22
685	0.26
686	0.34
687	0.37
688	0.41
689	0.39
690	0.4
691	0.41
692	0.42
693	0.46
694	0.44
695	0.45
696	0.44
697	0.47
698	0.41
699	0.42
700	0.39
701	0.33
702	0.33
703	0.28
704	0.24
705	0.21
706	0.2
707	0.18
708	0.24
709	0.22
710	0.17
711	0.18
712	0.18
713	0.15
714	0.15
715	0.14
716	0.08
717	0.08
718	0.08
719	0.09
720	0.08
721	0.09
722	0.08
723	0.09
724	0.09
725	0.1
726	0.11
727	0.08
728	0.1
729	0.1
730	0.13
731	0.15
732	0.16
733	0.16
734	0.15
735	0.16
736	0.15
737	0.2
738	0.19
739	0.18
740	0.18
741	0.16
742	0.17
743	0.19
744	0.18
745	0.13
746	0.16
747	0.14
748	0.14
749	0.14
750	0.13
751	0.11
752	0.11
753	0.13
754	0.12
755	0.16
756	0.17
757	0.19
758	0.19
759	0.21
760	0.21
761	0.19
762	0.19
763	0.16
764	0.14
765	0.15
766	0.15
767	0.13
768	0.13
769	0.16
770	0.13
771	0.12
772	0.12
773	0.12
774	0.13
775	0.16
776	0.17
777	0.17
778	0.2
779	0.2
780	0.2
781	0.17
782	0.16
783	0.14
784	0.15
785	0.11
786	0.07
787	0.07
788	0.07
789	0.07
790	0.06
791	0.06
792	0.06
793	0.06
794	0.07
795	0.11
796	0.11
797	0.12
798	0.12
799	0.11
800	0.14
801	0.18
802	0.2
803	0.17
804	0.17
805	0.16
806	0.16
807	0.19
808	0.18
809	0.14
810	0.12
811	0.13
812	0.16
813	0.17
814	0.16
815	0.13
816	0.11
817	0.13
818	0.13
819	0.13
820	0.1
821	0.09
822	0.1
823	0.13
824	0.14
825	0.13
826	0.18
827	0.2
828	0.21
829	0.22
830	0.22
831	0.21
832	0.22
833	0.22
834	0.21
835	0.24
836	0.28
837	0.34
838	0.38
839	0.37
840	0.38
841	0.39
842	0.38
843	0.33
844	0.37
845	0.37
846	0.35
847	0.35
848	0.35
849	0.31
850	0.28
851	0.26
852	0.19
853	0.11
854	0.1
855	0.09
856	0.08
857	0.08
858	0.09
859	0.09
860	0.1
861	0.1
862	0.1
863	0.1
864	0.1
865	0.13
866	0.16
867	0.21
868	0.21
869	0.25
870	0.28
871	0.28
872	0.34
873	0.32
874	0.32
875	0.31
876	0.3
877	0.29
878	0.27
879	0.26
880	0.23
881	0.22
882	0.18
883	0.14
884	0.13
885	0.11
886	0.11
887	0.11
888	0.13
889	0.15
890	0.15
891	0.17
892	0.17
893	0.18
894	0.19
895	0.17
896	0.15
897	0.15
898	0.22
899	0.22
900	0.24
901	0.22
902	0.24
903	0.24
904	0.23
905	0.23
906	0.17
907	0.16
908	0.16
909	0.2
910	0.18
911	0.2
912	0.26
913	0.25
914	0.27
915	0.27
916	0.26
917	0.24
918	0.25
919	0.24
920	0.2
921	0.21
922	0.19
923	0.2
924	0.24
925	0.27
926	0.29
927	0.37
928	0.43
929	0.5
930	0.58
931	0.62
932	0.62
933	0.6
934	0.6
935	0.54
936	0.53
937	0.52
938	0.46
939	0.45
940	0.44
941	0.46
942	0.45
943	0.49
944	0.45
945	0.4
946	0.43
947	0.42
948	0.47
949	0.43
950	0.44
951	0.45
952	0.47
953	0.46
954	0.43
955	0.44
956	0.38
957	0.38
958	0.4
959	0.42
960	0.43
961	0.48
962	0.54
963	0.57
964	0.63
965	0.63
966	0.65
967	0.63
968	0.62
969	0.58
970	0.57
971	0.54
972	0.51
973	0.47
974	0.41
975	0.34
976	0.28
977	0.23
978	0.15
979	0.11
980	0.07
981	0.08
982	0.08
983	0.09
984	0.09
985	0.11
986	0.15
987	0.16
988	0.23
989	0.3
990	0.37
991	0.43
992	0.43
993	0.48
994	0.47
995	0.52
996	0.53
997	0.52
998	0.54
999	0.55
1000	0.63
1001	0.62
1002	0.62
1003	0.61
1004	0.58
1005	0.56
1006	0.49
1007	0.48
1008	0.41
1009	0.37
1010	0.36
1011	0.31
1012	0.28
1013	0.22
1014	0.19
1015	0.14
1016	0.12
1017	0.11
1018	0.1
1019	0.11
1020	0.13
1021	0.16
1022	0.19
1023	0.23
1024	0.23
1025	0.26
1026	0.29
1027	0.34
1028	0.33
1029	0.31
1030	0.31
1031	0.27
1032	0.26
1033	0.22
1034	0.18
1035	0.11
1036	0.1
1037	0.09
1038	0.07
1039	0.07
1040	0.07
1041	0.07
1042	0.08
1043	0.1
1044	0.12
1045	0.17
1046	0.17
1047	0.18
1048	0.19
1049	0.19
1050	0.18
1051	0.16
1052	0.15
1053	0.11
1054	0.12
1055	0.12
1056	0.11
1057	0.1
1058	0.1
1059	0.1
1060	0.1
1061	0.08
1062	0.08
1063	0.09
1064	0.11
1065	0.14
1066	0.15
1067	0.16
1068	0.17
1069	0.22
1070	0.26
1071	0.28
1072	0.33
1073	0.41
1074	0.46
1075	0.5
1076	0.51
1077	0.53
1078	0.51
1079	0.5
1080	0.5
1081	0.48
1082	0.46
1083	0.44
1084	0.47
1085	0.44
1086	0.46
1087	0.49
1088	0.44
1089	0.39
1090	0.37
1091	0.36
1092	0.32
1093	0.29
1094	0.25
1095	0.25
1096	0.24
1097	0.26
1098	0.26
1099	0.25
1100	0.23
1101	0.24
1102	0.24
1103	0.22
1104	0.22
1105	0.26
1106	0.31
1107	0.41

P0CL88

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer