FuNGI

C5M5V9

Protein Details

Accession

C5M5V9

Localization Confidence

High

Confidence Score

20.2

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
73-95	EEDEVSHKRKRRRGANQFFDIEA	Hydrophilic
201-228	VSPGKEKELVRKLYKKKRTLERQGTPLD	Hydrophilic
745-767	RIELHTKSKKIKVRKQHLNVMVH	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
80-85	KRKRRR
215-216	KK

Subcellular Location(s)

nucl 19.5, cyto_nucl 13.5, cyto 4.5

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR005824 KOW IPR041973 KOW_Spt5_1 IPR041976 KOW_Spt5_3 IPR041977 KOW_Spt5_4 IPR041978 KOW_Spt5_5 IPR005100 NGN-domain IPR006645 NGN-like_dom IPR036735 NGN_dom_sf IPR039385 NGN_Euk IPR014722 Rib_L2_dom2 IPR039659 SPT5 IPR022581 Spt5_N IPR017071 TF_Spt5_eukaryote IPR008991 Translation_prot_SH3-like_sf
Gene Ontology	GO:0032044 C:DSIF complex GO:0033553 C:rDNA heterochromatin GO:0003677 F:DNA binding GO:0001042 F:RNA polymerase I core binding GO:0001179 F:RNA polymerase I general transcription initiation factor binding GO:0000993 F:RNA polymerase II complex binding GO:0019843 F:rRNA binding GO:0003727 F:single-stranded RNA binding GO:0070990 F:snRNP binding GO:0003711 F:transcription elongation factor activity GO:0030619 F:U1 snRNA binding GO:0030620 F:U2 snRNA binding GO:0030621 F:U4 snRNA binding GO:0030623 F:U5 snRNA binding GO:0017070 F:U6 snRNA binding GO:0008298 P:intracellular mRNA localization GO:2001208 P:negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I GO:0010508 P:positive regulation of autophagy GO:2001209 P:positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I GO:0032968 P:positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II GO:2000232 P:regulation of rRNA processing GO:0090262 P:regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair GO:0000245 P:spliceosomal complex assembly GO:0140673 P:transcription elongation-coupled chromatin remodeling
KEGG	ctp:CTRG_01240 -
Pfam	View protein in Pfam PF00467 KOW PF03439 Spt5-NGN PF11942 Spt5_N
CDD	cd06081 KOW_Spt5_1 cd06083 KOW_Spt5_3 cd06084 KOW_Spt5_4 cd06085 KOW_Spt5_5 cd09888 NGN_Euk

Amino Acid Sequences

MSDSEDQNQIGSEPGVPQEDDLTFDEEFRRAADQEDGEETQQSKRPRENEEVDEEDQEEEEEEEEEDDDEDDEEDEVSHKRKRRRGANQFFDIEAEVDDEDEDDDEDDEEAEMLREEFITDDHAPIETVERVDTDDRLHRQFDNRRQKVQDEDAEKIAEELKQRYRKSHTAYRGETSASGTVSQKLLMPSINDPSIYAIRVSPGKEKELVRKLYKKKRTLERQGTPLDILTVFQRDAFTGYIYIEAKRPDAIDRALEGMVNVFMRDKLLVPVKEYPDLLKQVKTTDVEVVPGIYVRIKRGAYKGDLAIVDNLSENGLDVRCKVVPRLDYGVNDTLDKNGKRVKSKIRPQQALFSEHKARTYDPEKLQNGSGRGHFRYANNDYIDGFLYKDFRIQFLQTQDVHPSLEELDKLQIKTDEDGLNLAAIAATLKNNKGDGKSSTAFQPGDKVEIRRGEQAKTIGLVTEAALTEVTIKVTDSGDPKFVNQRLTVPASDLRKIFNEGDHVRVVEGRHLDETGLVIKIDGDSVIFVSDQTREDVKVFANYLIKATDASSNVDQMKSNYDIKDLVELSSLTVGVIVKAEKNIFGVLTTDGRLIDVKPSGIASKIIQSRREQVATDRHGMTIRVGDTVKELLGDKSREGAIVHIYKNSLFIKSTEVIENLGIFVANRMNVTTVSTKDAMVSKSLGPDLTSMNPNLRLPNPSAMAGLKTRIGGRDKLIYKDVQVTSGSYKGLKGKVTDADDEFARIELHTKSKKIKVRKQHLNVMVHGEPVPYMRFIGAAPDERFGAPAMPPTFSSGGRSTWGGATPAVAGGVSNGGASSWGGDRAGGASTWGGKTPAYGSAGGKTPAYGSAAAGGASTWGGAGAGGASTWGGAGGASSWGGNRGGGASTWGGNRGGASAWGGNRGGASAWGGNKGNTSAWGGNQERGNTSKWGSNNGGSGNSGAESAWGGNGGASAWGGGGNSTWGSKKGNNSTWEGNN

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.14
2	0.16
3	0.15
4	0.15
5	0.17
6	0.16
7	0.19
8	0.19
9	0.2
10	0.18
11	0.19
12	0.21
13	0.18
14	0.18
15	0.16
16	0.17
17	0.14
18	0.17
19	0.21
20	0.2
21	0.22
22	0.27
23	0.27
24	0.25
25	0.27
26	0.26
27	0.26
28	0.3
29	0.34
30	0.36
31	0.42
32	0.47
33	0.51
34	0.59
35	0.61
36	0.62
37	0.64
38	0.63
39	0.57
40	0.53
41	0.47
42	0.38
43	0.31
44	0.24
45	0.17
46	0.11
47	0.1
48	0.09
49	0.08
50	0.08
51	0.09
52	0.09
53	0.08
54	0.08
55	0.08
56	0.08
57	0.08
58	0.08
59	0.08
60	0.07
61	0.07
62	0.08
63	0.11
64	0.15
65	0.21
66	0.28
67	0.37
68	0.44
69	0.54
70	0.63
71	0.72
72	0.79
73	0.84
74	0.87
75	0.86
76	0.81
77	0.72
78	0.62
79	0.51
80	0.4
81	0.29
82	0.21
83	0.12
84	0.1
85	0.09
86	0.08
87	0.07
88	0.07
89	0.07
90	0.06
91	0.07
92	0.07
93	0.07
94	0.07
95	0.07
96	0.07
97	0.06
98	0.06
99	0.06
100	0.06
101	0.06
102	0.06
103	0.06
104	0.06
105	0.06
106	0.12
107	0.12
108	0.13
109	0.13
110	0.13
111	0.13
112	0.13
113	0.16
114	0.12
115	0.12
116	0.11
117	0.11
118	0.14
119	0.15
120	0.16
121	0.17
122	0.23
123	0.27
124	0.3
125	0.32
126	0.32
127	0.4
128	0.49
129	0.56
130	0.6
131	0.61
132	0.66
133	0.68
134	0.69
135	0.67
136	0.66
137	0.63
138	0.56
139	0.53
140	0.48
141	0.44
142	0.4
143	0.32
144	0.26
145	0.2
146	0.19
147	0.21
148	0.29
149	0.36
150	0.38
151	0.45
152	0.51
153	0.57
154	0.61
155	0.65
156	0.66
157	0.67
158	0.7
159	0.67
160	0.61
161	0.54
162	0.47
163	0.4
164	0.32
165	0.23
166	0.21
167	0.18
168	0.18
169	0.17
170	0.17
171	0.16
172	0.15
173	0.16
174	0.15
175	0.16
176	0.16
177	0.21
178	0.21
179	0.18
180	0.18
181	0.2
182	0.2
183	0.18
184	0.17
185	0.12
186	0.14
187	0.17
188	0.19
189	0.23
190	0.24
191	0.26
192	0.31
193	0.35
194	0.42
195	0.47
196	0.53
197	0.54
198	0.61
199	0.69
200	0.74
201	0.8
202	0.79
203	0.79
204	0.83
205	0.85
206	0.87
207	0.87
208	0.84
209	0.82
210	0.77
211	0.7
212	0.6
213	0.49
214	0.39
215	0.28
216	0.21
217	0.15
218	0.13
219	0.11
220	0.11
221	0.11
222	0.1
223	0.12
224	0.12
225	0.11
226	0.09
227	0.1
228	0.12
229	0.13
230	0.14
231	0.14
232	0.15
233	0.15
234	0.15
235	0.16
236	0.15
237	0.18
238	0.18
239	0.17
240	0.17
241	0.19
242	0.18
243	0.16
244	0.14
245	0.11
246	0.11
247	0.09
248	0.08
249	0.06
250	0.06
251	0.07
252	0.08
253	0.08
254	0.11
255	0.18
256	0.19
257	0.22
258	0.28
259	0.3
260	0.31
261	0.31
262	0.29
263	0.27
264	0.32
265	0.31
266	0.27
267	0.25
268	0.25
269	0.29
270	0.28
271	0.24
272	0.23
273	0.21
274	0.19
275	0.18
276	0.17
277	0.13
278	0.12
279	0.11
280	0.09
281	0.1
282	0.1
283	0.15
284	0.15
285	0.18
286	0.22
287	0.26
288	0.26
289	0.29
290	0.28
291	0.26
292	0.26
293	0.24
294	0.22
295	0.17
296	0.15
297	0.11
298	0.11
299	0.07
300	0.07
301	0.06
302	0.06
303	0.06
304	0.06
305	0.06
306	0.09
307	0.1
308	0.11
309	0.13
310	0.16
311	0.17
312	0.21
313	0.25
314	0.25
315	0.24
316	0.28
317	0.31
318	0.27
319	0.26
320	0.22
321	0.2
322	0.24
323	0.23
324	0.22
325	0.23
326	0.27
327	0.31
328	0.38
329	0.46
330	0.5
331	0.6
332	0.67
333	0.72
334	0.75
335	0.71
336	0.73
337	0.66
338	0.62
339	0.55
340	0.51
341	0.48
342	0.42
343	0.42
344	0.35
345	0.31
346	0.32
347	0.33
348	0.35
349	0.33
350	0.41
351	0.4
352	0.4
353	0.42
354	0.39
355	0.38
356	0.32
357	0.31
358	0.27
359	0.26
360	0.27
361	0.27
362	0.24
363	0.3
364	0.32
365	0.32
366	0.29
367	0.28
368	0.26
369	0.25
370	0.24
371	0.17
372	0.13
373	0.09
374	0.1
375	0.09
376	0.12
377	0.12
378	0.12
379	0.14
380	0.15
381	0.18
382	0.19
383	0.24
384	0.21
385	0.22
386	0.22
387	0.21
388	0.2
389	0.16
390	0.14
391	0.1
392	0.1
393	0.09
394	0.08
395	0.11
396	0.13
397	0.13
398	0.14
399	0.14
400	0.14
401	0.15
402	0.18
403	0.15
404	0.13
405	0.13
406	0.12
407	0.11
408	0.09
409	0.08
410	0.04
411	0.03
412	0.03
413	0.03
414	0.04
415	0.06
416	0.07
417	0.07
418	0.09
419	0.1
420	0.11
421	0.14
422	0.15
423	0.2
424	0.2
425	0.2
426	0.21
427	0.23
428	0.23
429	0.2
430	0.22
431	0.16
432	0.19
433	0.2
434	0.19
435	0.2
436	0.23
437	0.24
438	0.27
439	0.29
440	0.26
441	0.27
442	0.27
443	0.23
444	0.2
445	0.19
446	0.12
447	0.1
448	0.09
449	0.06
450	0.06
451	0.06
452	0.05
453	0.05
454	0.05
455	0.05
456	0.05
457	0.05
458	0.04
459	0.04
460	0.05
461	0.05
462	0.08
463	0.09
464	0.1
465	0.12
466	0.12
467	0.13
468	0.18
469	0.2
470	0.2
471	0.18
472	0.2
473	0.21
474	0.23
475	0.22
476	0.18
477	0.2
478	0.2
479	0.22
480	0.2
481	0.18
482	0.16
483	0.19
484	0.18
485	0.15
486	0.19
487	0.18
488	0.2
489	0.19
490	0.18
491	0.16
492	0.17
493	0.16
494	0.13
495	0.13
496	0.11
497	0.11
498	0.11
499	0.11
500	0.09
501	0.09
502	0.07
503	0.07
504	0.06
505	0.05
506	0.05
507	0.05
508	0.05
509	0.04
510	0.03
511	0.03
512	0.03
513	0.04
514	0.03
515	0.03
516	0.04
517	0.06
518	0.06
519	0.08
520	0.08
521	0.09
522	0.09
523	0.11
524	0.1
525	0.11
526	0.11
527	0.12
528	0.13
529	0.13
530	0.13
531	0.12
532	0.11
533	0.1
534	0.1
535	0.11
536	0.1
537	0.12
538	0.12
539	0.15
540	0.15
541	0.16
542	0.15
543	0.13
544	0.15
545	0.16
546	0.19
547	0.16
548	0.16
549	0.16
550	0.16
551	0.19
552	0.16
553	0.13
554	0.11
555	0.11
556	0.1
557	0.09
558	0.09
559	0.05
560	0.06
561	0.05
562	0.04
563	0.05
564	0.05
565	0.05
566	0.07
567	0.07
568	0.07
569	0.07
570	0.08
571	0.07
572	0.07
573	0.07
574	0.07
575	0.08
576	0.09
577	0.08
578	0.08
579	0.09
580	0.09
581	0.08
582	0.09
583	0.09
584	0.08
585	0.08
586	0.09
587	0.09
588	0.09
589	0.1
590	0.08
591	0.14
592	0.2
593	0.23
594	0.26
595	0.27
596	0.33
597	0.36
598	0.37
599	0.31
600	0.3
601	0.36
602	0.37
603	0.39
604	0.33
605	0.3
606	0.3
607	0.29
608	0.25
609	0.19
610	0.15
611	0.13
612	0.13
613	0.12
614	0.13
615	0.13
616	0.12
617	0.1
618	0.1
619	0.09
620	0.14
621	0.15
622	0.13
623	0.15
624	0.15
625	0.15
626	0.14
627	0.14
628	0.15
629	0.18
630	0.19
631	0.18
632	0.18
633	0.18
634	0.22
635	0.21
636	0.17
637	0.13
638	0.13
639	0.17
640	0.18
641	0.2
642	0.17
643	0.17
644	0.16
645	0.16
646	0.15
647	0.1
648	0.09
649	0.07
650	0.05
651	0.05
652	0.06
653	0.06
654	0.06
655	0.06
656	0.07
657	0.07
658	0.1
659	0.12
660	0.12
661	0.15
662	0.16
663	0.15
664	0.16
665	0.19
666	0.17
667	0.16
668	0.17
669	0.14
670	0.15
671	0.16
672	0.14
673	0.12
674	0.12
675	0.13
676	0.14
677	0.15
678	0.15
679	0.16
680	0.19
681	0.19
682	0.21
683	0.2
684	0.2
685	0.21
686	0.25
687	0.24
688	0.22
689	0.23
690	0.2
691	0.21
692	0.19
693	0.17
694	0.14
695	0.14
696	0.14
697	0.17
698	0.2
699	0.2
700	0.22
701	0.29
702	0.31
703	0.33
704	0.35
705	0.31
706	0.29
707	0.35
708	0.32
709	0.26
710	0.24
711	0.22
712	0.22
713	0.23
714	0.22
715	0.14
716	0.16
717	0.19
718	0.22
719	0.22
720	0.21
721	0.24
722	0.29
723	0.31
724	0.32
725	0.29
726	0.28
727	0.26
728	0.25
729	0.21
730	0.16
731	0.13
732	0.1
733	0.11
734	0.12
735	0.2
736	0.23
737	0.27
738	0.33
739	0.41
740	0.49
741	0.57
742	0.64
743	0.67
744	0.73
745	0.8
746	0.81
747	0.83
748	0.83
749	0.77
750	0.7
751	0.66
752	0.55
753	0.46
754	0.38
755	0.29
756	0.2
757	0.17
758	0.17
759	0.1
760	0.1
761	0.08
762	0.09
763	0.08
764	0.13
765	0.14
766	0.19
767	0.2
768	0.21
769	0.22
770	0.21
771	0.22
772	0.18
773	0.16
774	0.11
775	0.16
776	0.17
777	0.17
778	0.17
779	0.21
780	0.22
781	0.21
782	0.25
783	0.2
784	0.2
785	0.21
786	0.21
787	0.19
788	0.18
789	0.19
790	0.16
791	0.14
792	0.13
793	0.12
794	0.11
795	0.09
796	0.07
797	0.06
798	0.05
799	0.06
800	0.05
801	0.04
802	0.04
803	0.04
804	0.05
805	0.05
806	0.06
807	0.06
808	0.07
809	0.07
810	0.07
811	0.08
812	0.08
813	0.09
814	0.08
815	0.07
816	0.08
817	0.1
818	0.11
819	0.12
820	0.12
821	0.11
822	0.12
823	0.13
824	0.16
825	0.16
826	0.17
827	0.17
828	0.2
829	0.23
830	0.23
831	0.21
832	0.18
833	0.16
834	0.15
835	0.16
836	0.13
837	0.11
838	0.12
839	0.12
840	0.12
841	0.11
842	0.09
843	0.07
844	0.07
845	0.07
846	0.04
847	0.03
848	0.03
849	0.03
850	0.03
851	0.03
852	0.03
853	0.03
854	0.03
855	0.03
856	0.03
857	0.03
858	0.03
859	0.03
860	0.03
861	0.03
862	0.04
863	0.05
864	0.05
865	0.05
866	0.06
867	0.08
868	0.09
869	0.08
870	0.08
871	0.09
872	0.09
873	0.09
874	0.12
875	0.11
876	0.13
877	0.14
878	0.16
879	0.15
880	0.14
881	0.14
882	0.13
883	0.12
884	0.11
885	0.12
886	0.13
887	0.14
888	0.17
889	0.17
890	0.16
891	0.16
892	0.16
893	0.14
894	0.11
895	0.12
896	0.12
897	0.13
898	0.18
899	0.19
900	0.19
901	0.21
902	0.22
903	0.2
904	0.19
905	0.23
906	0.19
907	0.2
908	0.29
909	0.29
910	0.33
911	0.35
912	0.35
913	0.34
914	0.34
915	0.35
916	0.3
917	0.31
918	0.31
919	0.3
920	0.34
921	0.35
922	0.36
923	0.37
924	0.35
925	0.34
926	0.29
927	0.28
928	0.22
929	0.18
930	0.15
931	0.11
932	0.1
933	0.09
934	0.08
935	0.08
936	0.07
937	0.07
938	0.07
939	0.07
940	0.07
941	0.06
942	0.06
943	0.05
944	0.05
945	0.05
946	0.05
947	0.05
948	0.05
949	0.07
950	0.08
951	0.1
952	0.12
953	0.14
954	0.18
955	0.23
956	0.32
957	0.4
958	0.47
959	0.49
960	0.54

C5M5V9

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer