FuNGI

A0A5N5LCH1

Protein Details

Accession

A0A5N5LCH1

Localization Confidence

High

Confidence Score

24.2

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
16-67	PPPPGARPLNPNRVHKPRPKANALVSRRAGPTRPTSFRPPPQRKGLNQPLDA	Hydrophilic
277-296	VERYYKFRPKRPQNINSLED	Hydrophilic
527-550	ETSGNESSRKPKKAKKNLAPGAAG	Hydrophilic
579-599	GSDGGKRKPTKVKVKIPGTAT	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
12-59	GKRDPPPPGARPLNPNRVHKPRPKANALVSRRAGPTRPTSFRPPPQRK
467-487	KAKAEEEKKKEEEEKKKAAAD
503-520	SGKPKQPDMSKKGKLKRP
534-549	SRKPKKAKKNLAPGAA
584-592	KRKPTKVKV

Subcellular Location(s)

nucl 18, cyto 7

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR008851 TFIIF-alpha IPR011039 TFIIF_interaction
Gene Ontology	GO:0005634 C:nucleus GO:0003677 F:DNA binding GO:0032968 P:positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II GO:0006367 P:transcription initiation at RNA polymerase II promoter
Pfam	View protein in Pfam PF05793 TFIIF_alpha

Amino Acid Sequences

MSALPPAQPNGGKRDPPPPGARPLNPNRVHKPRPKANALVSRRAGPTRPTSFRPPPQRKGLNQPLDAEKRWAELRAKREANGGWSWVPPQPFTDYEIYTTKKELMDGIRHHVMRFDRKDEEKPVDPTDQEEFPRPVSLHRRDARATQFGRNGSVVKDEEKPENPVDEAEAEKLRLYKEQQEAQKLANLAQIAPVLKKDVGEKPKVEKKQKATSTYYPKHTEEAKKASALRYEETLPWHLEDVDGKNVWVGSYVAALSEHDVAFVIDVEKRGFRMIPVERYYKFRPKRPQNINSLEDAEQEIAKREKGADRWALEDQKRNEIKNEISEYRKFLGGGPKVKMESATSRAIPKAERRDDNDIDLSGDEFQDDDENPGFDADDEDTKETKERLRRDHLGASIFDEVKEKEVEKEEKEAKLEKLRDKLQGKETRKALLKREQKYDYLSDDDDSENPFASSSESESEDEEKEKAKAEEEKKKEEEEKKKAAADKTTASGSNTKGNTTPSGKPKQPDMSKKGKLKRPADVDASETSGNESSRKPKKAKKNLAPGAAGSANASRSGTPLPRRPGGAASDGEGTANEGSDGGKRKPTKVKVKIPGTATGTPAGSRAGSPAPHRAGPAPITGEEIVSAIVSKGGAIGIGDLLKEFKGRVGTGPGQMPKGDWVKLVKNHAIYDKDKMLRPKGAKAAAAPGPAQS

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.51
2	0.52
3	0.56
4	0.6
5	0.57
6	0.59
7	0.63
8	0.65
9	0.66
10	0.69
11	0.72
12	0.72
13	0.76
14	0.76
15	0.78
16	0.82
17	0.81
18	0.82
19	0.81
20	0.83
21	0.82
22	0.8
23	0.8
24	0.81
25	0.78
26	0.77
27	0.7
28	0.66
29	0.62
30	0.58
31	0.51
32	0.47
33	0.49
34	0.49
35	0.52
36	0.52
37	0.58
38	0.64
39	0.71
40	0.76
41	0.77
42	0.76
43	0.81
44	0.84
45	0.8
46	0.82
47	0.83
48	0.8
49	0.73
50	0.7
51	0.69
52	0.66
53	0.62
54	0.55
55	0.45
56	0.39
57	0.38
58	0.38
59	0.37
60	0.37
61	0.41
62	0.47
63	0.49
64	0.47
65	0.5
66	0.47
67	0.44
68	0.4
69	0.38
70	0.29
71	0.28
72	0.29
73	0.27
74	0.27
75	0.22
76	0.22
77	0.23
78	0.22
79	0.26
80	0.27
81	0.25
82	0.27
83	0.32
84	0.33
85	0.3
86	0.3
87	0.29
88	0.25
89	0.25
90	0.26
91	0.26
92	0.31
93	0.33
94	0.38
95	0.42
96	0.42
97	0.41
98	0.42
99	0.42
100	0.43
101	0.46
102	0.44
103	0.45
104	0.49
105	0.55
106	0.56
107	0.58
108	0.53
109	0.53
110	0.52
111	0.48
112	0.44
113	0.41
114	0.38
115	0.35
116	0.31
117	0.31
118	0.29
119	0.26
120	0.29
121	0.26
122	0.29
123	0.36
124	0.41
125	0.45
126	0.48
127	0.52
128	0.51
129	0.58
130	0.57
131	0.57
132	0.53
133	0.5
134	0.51
135	0.46
136	0.46
137	0.41
138	0.36
139	0.27
140	0.29
141	0.23
142	0.21
143	0.24
144	0.25
145	0.28
146	0.29
147	0.33
148	0.3
149	0.3
150	0.28
151	0.23
152	0.22
153	0.18
154	0.17
155	0.16
156	0.15
157	0.14
158	0.14
159	0.15
160	0.15
161	0.17
162	0.19
163	0.24
164	0.29
165	0.36
166	0.4
167	0.45
168	0.46
169	0.43
170	0.44
171	0.36
172	0.31
173	0.26
174	0.21
175	0.15
176	0.14
177	0.15
178	0.12
179	0.12
180	0.12
181	0.12
182	0.12
183	0.13
184	0.16
185	0.22
186	0.28
187	0.32
188	0.35
189	0.41
190	0.5
191	0.58
192	0.62
193	0.62
194	0.63
195	0.69
196	0.72
197	0.71
198	0.69
199	0.69
200	0.71
201	0.7
202	0.69
203	0.64
204	0.58
205	0.55
206	0.55
207	0.53
208	0.5
209	0.51
210	0.46
211	0.44
212	0.44
213	0.43
214	0.41
215	0.36
216	0.3
217	0.25
218	0.25
219	0.24
220	0.25
221	0.25
222	0.2
223	0.19
224	0.18
225	0.15
226	0.14
227	0.15
228	0.14
229	0.16
230	0.15
231	0.14
232	0.14
233	0.14
234	0.13
235	0.11
236	0.09
237	0.05
238	0.06
239	0.06
240	0.06
241	0.06
242	0.06
243	0.06
244	0.08
245	0.07
246	0.07
247	0.07
248	0.06
249	0.06
250	0.07
251	0.06
252	0.05
253	0.06
254	0.07
255	0.08
256	0.08
257	0.09
258	0.09
259	0.08
260	0.15
261	0.18
262	0.24
263	0.27
264	0.31
265	0.32
266	0.38
267	0.43
268	0.46
269	0.48
270	0.49
271	0.57
272	0.63
273	0.72
274	0.76
275	0.78
276	0.78
277	0.8
278	0.74
279	0.65
280	0.58
281	0.48
282	0.38
283	0.31
284	0.22
285	0.14
286	0.12
287	0.13
288	0.1
289	0.1
290	0.1
291	0.11
292	0.13
293	0.15
294	0.2
295	0.22
296	0.22
297	0.26
298	0.28
299	0.33
300	0.32
301	0.37
302	0.33
303	0.38
304	0.4
305	0.37
306	0.36
307	0.33
308	0.32
309	0.3
310	0.33
311	0.27
312	0.29
313	0.29
314	0.3
315	0.28
316	0.27
317	0.22
318	0.2
319	0.24
320	0.26
321	0.29
322	0.27
323	0.28
324	0.28
325	0.27
326	0.25
327	0.19
328	0.17
329	0.17
330	0.18
331	0.17
332	0.18
333	0.19
334	0.19
335	0.19
336	0.22
337	0.28
338	0.31
339	0.34
340	0.37
341	0.44
342	0.44
343	0.44
344	0.39
345	0.3
346	0.24
347	0.21
348	0.17
349	0.1
350	0.09
351	0.06
352	0.05
353	0.05
354	0.05
355	0.05
356	0.06
357	0.06
358	0.07
359	0.07
360	0.07
361	0.07
362	0.06
363	0.06
364	0.06
365	0.07
366	0.07
367	0.09
368	0.1
369	0.1
370	0.11
371	0.12
372	0.16
373	0.21
374	0.26
375	0.31
376	0.39
377	0.43
378	0.46
379	0.49
380	0.47
381	0.43
382	0.37
383	0.32
384	0.28
385	0.23
386	0.19
387	0.16
388	0.14
389	0.13
390	0.14
391	0.12
392	0.11
393	0.17
394	0.2
395	0.19
396	0.26
397	0.28
398	0.29
399	0.3
400	0.32
401	0.29
402	0.33
403	0.38
404	0.36
405	0.39
406	0.41
407	0.47
408	0.47
409	0.49
410	0.51
411	0.55
412	0.55
413	0.56
414	0.54
415	0.52
416	0.56
417	0.55
418	0.52
419	0.52
420	0.56
421	0.54
422	0.6
423	0.57
424	0.53
425	0.52
426	0.48
427	0.42
428	0.36
429	0.31
430	0.24
431	0.22
432	0.21
433	0.18
434	0.17
435	0.14
436	0.11
437	0.1
438	0.1
439	0.08
440	0.09
441	0.08
442	0.08
443	0.1
444	0.12
445	0.12
446	0.14
447	0.16
448	0.15
449	0.16
450	0.15
451	0.15
452	0.13
453	0.16
454	0.15
455	0.16
456	0.23
457	0.3
458	0.39
459	0.43
460	0.5
461	0.5
462	0.53
463	0.59
464	0.6
465	0.62
466	0.61
467	0.63
468	0.59
469	0.61
470	0.63
471	0.58
472	0.53
473	0.47
474	0.4
475	0.35
476	0.34
477	0.3
478	0.27
479	0.27
480	0.24
481	0.27
482	0.25
483	0.24
484	0.23
485	0.25
486	0.28
487	0.29
488	0.34
489	0.36
490	0.43
491	0.46
492	0.46
493	0.51
494	0.56
495	0.6
496	0.63
497	0.62
498	0.64
499	0.69
500	0.76
501	0.78
502	0.76
503	0.77
504	0.72
505	0.73
506	0.7
507	0.67
508	0.64
509	0.56
510	0.52
511	0.43
512	0.41
513	0.32
514	0.25
515	0.21
516	0.18
517	0.17
518	0.15
519	0.17
520	0.23
521	0.32
522	0.4
523	0.46
524	0.53
525	0.64
526	0.73
527	0.82
528	0.82
529	0.85
530	0.85
531	0.83
532	0.75
533	0.65
534	0.58
535	0.47
536	0.37
537	0.27
538	0.21
539	0.15
540	0.14
541	0.14
542	0.09
543	0.11
544	0.15
545	0.2
546	0.26
547	0.33
548	0.39
549	0.41
550	0.43
551	0.43
552	0.43
553	0.4
554	0.37
555	0.3
556	0.26
557	0.25
558	0.23
559	0.21
560	0.17
561	0.15
562	0.11
563	0.1
564	0.08
565	0.06
566	0.07
567	0.11
568	0.16
569	0.17
570	0.24
571	0.27
572	0.34
573	0.44
574	0.54
575	0.6
576	0.66
577	0.74
578	0.77
579	0.82
580	0.81
581	0.74
582	0.71
583	0.67
584	0.59
585	0.5
586	0.42
587	0.35
588	0.29
589	0.27
590	0.21
591	0.15
592	0.12
593	0.13
594	0.14
595	0.17
596	0.2
597	0.28
598	0.31
599	0.32
600	0.34
601	0.33
602	0.34
603	0.32
604	0.33
605	0.28
606	0.24
607	0.27
608	0.25
609	0.23
610	0.19
611	0.17
612	0.13
613	0.09
614	0.09
615	0.05
616	0.06
617	0.05
618	0.05
619	0.05
620	0.05
621	0.05
622	0.05
623	0.05
624	0.06
625	0.06
626	0.07
627	0.07
628	0.08
629	0.08
630	0.09
631	0.09
632	0.11
633	0.14
634	0.15
635	0.18
636	0.25
637	0.29
638	0.33
639	0.39
640	0.4
641	0.38
642	0.37
643	0.35
644	0.34
645	0.34
646	0.31
647	0.27
648	0.3
649	0.36
650	0.42
651	0.49
652	0.48
653	0.48
654	0.51
655	0.54
656	0.54
657	0.49
658	0.5
659	0.51
660	0.5
661	0.52
662	0.56
663	0.56
664	0.59
665	0.6
666	0.62
667	0.62
668	0.62
669	0.59
670	0.53
671	0.54
672	0.49
673	0.48

A0A5N5LCH1

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer