FuNGI

A0A550CS20

Protein Details

Accession

A0A550CS20

Localization Confidence

High

Confidence Score

23.9

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
1-29	MPPKKQISLFHPKKKPIQRPKEVGPDGKL	Hydrophilic
159-181	GNANGGRKKFQKKTRQVFKVPDE	Hydrophilic
569-593	SPTAANAPPRPKKRKSAPLEPLEDR	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
13-16	KKKP
162-171	NGGRKKFQKK
577-583	PRPKKRK

Subcellular Location(s)

nucl 18, mito 6, cyto 2

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR008851 TFIIF-alpha IPR011039 TFIIF_interaction
Gene Ontology	GO:0005634 C:nucleus GO:0003677 F:DNA binding GO:0032968 P:positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II GO:0006367 P:transcription initiation at RNA polymerase II promoter

Amino Acid Sequences

MPPKKQISLFHPKKKPIQRPKEVGPDGKLVDKFVPILPSSKAKPEEDEAALPDGPYTDYKLMSSALNGWKYDIMKLDTRNQIELSSWGPPIKLNRKELRREDDGTITNAPVAVDIMRGPDGKPVIGMDGRVVQIDHEGRPIHNTDGTPAKGKAPGAANGNANGGRKKFQKKTRQVFKVPDEVRALRREERYPWVLEDSTGNETWVGQLEDMSRADQYGVFMPAANETFQFVPVHRWYKFSKRLKHSMPTDTAAVELEYQKQQKRDPAAWLEKRTGQKPSESTLEMFRAQAEGRYVGLTDPGESRASNGRRLQTVQRSAELFGDDGDDEDPLAARRRREKEDGEDAGMDEMLYEDDVADDEEQGPADQDDEEAKEVEERLKREYIQANKAREGYVDADDEEVPQKISKSAKRMQRMIRQREGNDAYDSDEEENPYASSQDEESEEEELLPSQVPLTQPPPGQPPSQPTQPPKATTNGAPHDSRPGSPVSPTSPSLGGHSIVAQRATSPKAMKLKPSTSSGGGSRAGSPLASGGRAGSPSAPGGSRASSPVVNGQKPSNKRKATDDASPTSPTAANAPPRPKKRKSAPLEPLEDRQVIKWLQEHDKVTTRECIQHFTPYLKDEAVKSHFTQLVKEVAQLKGGQLVLKAQYRQPGAASPSAPAS

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.85
2	0.87
3	0.87
4	0.87
5	0.87
6	0.87
7	0.88
8	0.89
9	0.85
10	0.8
11	0.73
12	0.69
13	0.6
14	0.58
15	0.5
16	0.41
17	0.36
18	0.31
19	0.29
20	0.25
21	0.27
22	0.21
23	0.23
24	0.24
25	0.29
26	0.3
27	0.36
28	0.39
29	0.36
30	0.4
31	0.41
32	0.44
33	0.41
34	0.4
35	0.34
36	0.33
37	0.31
38	0.27
39	0.22
40	0.17
41	0.15
42	0.14
43	0.16
44	0.15
45	0.16
46	0.16
47	0.17
48	0.18
49	0.17
50	0.17
51	0.19
52	0.24
53	0.27
54	0.27
55	0.27
56	0.3
57	0.3
58	0.31
59	0.28
60	0.26
61	0.28
62	0.32
63	0.39
64	0.43
65	0.44
66	0.44
67	0.4
68	0.37
69	0.32
70	0.3
71	0.24
72	0.2
73	0.19
74	0.18
75	0.17
76	0.19
77	0.28
78	0.36
79	0.41
80	0.47
81	0.55
82	0.63
83	0.72
84	0.78
85	0.76
86	0.73
87	0.7
88	0.64
89	0.61
90	0.55
91	0.49
92	0.42
93	0.34
94	0.28
95	0.24
96	0.2
97	0.13
98	0.11
99	0.08
100	0.07
101	0.07
102	0.08
103	0.1
104	0.11
105	0.11
106	0.15
107	0.15
108	0.15
109	0.15
110	0.13
111	0.15
112	0.15
113	0.15
114	0.12
115	0.15
116	0.15
117	0.15
118	0.14
119	0.11
120	0.15
121	0.17
122	0.17
123	0.17
124	0.18
125	0.18
126	0.21
127	0.23
128	0.2
129	0.21
130	0.21
131	0.2
132	0.26
133	0.27
134	0.28
135	0.26
136	0.26
137	0.26
138	0.26
139	0.27
140	0.24
141	0.26
142	0.27
143	0.3
144	0.29
145	0.27
146	0.29
147	0.27
148	0.25
149	0.24
150	0.21
151	0.23
152	0.29
153	0.38
154	0.45
155	0.52
156	0.61
157	0.69
158	0.79
159	0.85
160	0.86
161	0.84
162	0.84
163	0.79
164	0.79
165	0.69
166	0.63
167	0.57
168	0.51
169	0.48
170	0.44
171	0.42
172	0.38
173	0.41
174	0.39
175	0.37
176	0.41
177	0.41
178	0.38
179	0.36
180	0.34
181	0.3
182	0.28
183	0.25
184	0.22
185	0.21
186	0.19
187	0.18
188	0.13
189	0.13
190	0.13
191	0.13
192	0.1
193	0.07
194	0.08
195	0.08
196	0.11
197	0.11
198	0.11
199	0.1
200	0.09
201	0.1
202	0.09
203	0.09
204	0.09
205	0.1
206	0.09
207	0.09
208	0.09
209	0.1
210	0.11
211	0.1
212	0.08
213	0.09
214	0.09
215	0.1
216	0.1
217	0.09
218	0.14
219	0.19
220	0.25
221	0.24
222	0.27
223	0.3
224	0.39
225	0.49
226	0.52
227	0.57
228	0.59
229	0.67
230	0.69
231	0.74
232	0.7
233	0.66
234	0.61
235	0.53
236	0.47
237	0.38
238	0.32
239	0.24
240	0.18
241	0.13
242	0.1
243	0.1
244	0.13
245	0.17
246	0.19
247	0.21
248	0.24
249	0.28
250	0.32
251	0.33
252	0.35
253	0.4
254	0.47
255	0.5
256	0.51
257	0.48
258	0.48
259	0.49
260	0.46
261	0.43
262	0.34
263	0.33
264	0.32
265	0.33
266	0.31
267	0.28
268	0.27
269	0.24
270	0.25
271	0.21
272	0.19
273	0.16
274	0.13
275	0.12
276	0.12
277	0.11
278	0.09
279	0.08
280	0.08
281	0.08
282	0.07
283	0.09
284	0.07
285	0.07
286	0.08
287	0.09
288	0.09
289	0.09
290	0.11
291	0.17
292	0.18
293	0.23
294	0.26
295	0.26
296	0.27
297	0.3
298	0.35
299	0.35
300	0.4
301	0.36
302	0.35
303	0.33
304	0.33
305	0.31
306	0.25
307	0.17
308	0.1
309	0.1
310	0.07
311	0.07
312	0.06
313	0.05
314	0.04
315	0.04
316	0.04
317	0.04
318	0.1
319	0.12
320	0.14
321	0.22
322	0.27
323	0.33
324	0.38
325	0.41
326	0.42
327	0.48
328	0.48
329	0.41
330	0.36
331	0.31
332	0.26
333	0.22
334	0.15
335	0.06
336	0.05
337	0.03
338	0.03
339	0.03
340	0.02
341	0.02
342	0.03
343	0.04
344	0.03
345	0.04
346	0.04
347	0.04
348	0.04
349	0.04
350	0.05
351	0.04
352	0.04
353	0.04
354	0.04
355	0.05
356	0.06
357	0.07
358	0.07
359	0.07
360	0.07
361	0.08
362	0.12
363	0.15
364	0.15
365	0.18
366	0.19
367	0.2
368	0.24
369	0.3
370	0.32
371	0.38
372	0.44
373	0.44
374	0.44
375	0.45
376	0.4
377	0.34
378	0.3
379	0.22
380	0.18
381	0.15
382	0.13
383	0.13
384	0.13
385	0.13
386	0.12
387	0.1
388	0.08
389	0.08
390	0.08
391	0.1
392	0.16
393	0.19
394	0.26
395	0.32
396	0.39
397	0.46
398	0.53
399	0.58
400	0.62
401	0.69
402	0.7
403	0.72
404	0.7
405	0.63
406	0.65
407	0.6
408	0.52
409	0.43
410	0.35
411	0.3
412	0.25
413	0.25
414	0.18
415	0.15
416	0.14
417	0.12
418	0.12
419	0.1
420	0.1
421	0.09
422	0.07
423	0.07
424	0.07
425	0.08
426	0.09
427	0.1
428	0.1
429	0.11
430	0.11
431	0.1
432	0.1
433	0.09
434	0.08
435	0.07
436	0.06
437	0.05
438	0.07
439	0.07
440	0.09
441	0.12
442	0.15
443	0.16
444	0.18
445	0.24
446	0.25
447	0.27
448	0.27
449	0.3
450	0.32
451	0.38
452	0.42
453	0.41
454	0.47
455	0.5
456	0.51
457	0.48
458	0.47
459	0.42
460	0.4
461	0.44
462	0.4
463	0.4
464	0.37
465	0.35
466	0.39
467	0.38
468	0.34
469	0.27
470	0.25
471	0.22
472	0.22
473	0.24
474	0.2
475	0.22
476	0.23
477	0.23
478	0.22
479	0.21
480	0.23
481	0.22
482	0.18
483	0.15
484	0.17
485	0.17
486	0.16
487	0.17
488	0.14
489	0.13
490	0.16
491	0.18
492	0.2
493	0.19
494	0.24
495	0.32
496	0.35
497	0.41
498	0.46
499	0.49
500	0.48
501	0.51
502	0.49
503	0.42
504	0.43
505	0.37
506	0.33
507	0.29
508	0.27
509	0.23
510	0.21
511	0.18
512	0.15
513	0.13
514	0.12
515	0.11
516	0.1
517	0.09
518	0.09
519	0.1
520	0.11
521	0.12
522	0.1
523	0.1
524	0.1
525	0.12
526	0.11
527	0.12
528	0.13
529	0.14
530	0.15
531	0.16
532	0.17
533	0.16
534	0.17
535	0.23
536	0.29
537	0.29
538	0.3
539	0.35
540	0.41
541	0.49
542	0.57
543	0.59
544	0.57
545	0.58
546	0.64
547	0.67
548	0.64
549	0.64
550	0.62
551	0.57
552	0.56
553	0.55
554	0.48
555	0.4
556	0.36
557	0.27
558	0.24
559	0.24
560	0.28
561	0.33
562	0.43
563	0.5
564	0.6
565	0.68
566	0.71
567	0.76
568	0.79
569	0.83
570	0.82
571	0.83
572	0.83
573	0.83
574	0.84
575	0.78
576	0.72
577	0.66
578	0.6
579	0.5
580	0.4
581	0.37
582	0.3
583	0.28
584	0.28
585	0.3
586	0.34
587	0.4
588	0.42
589	0.41
590	0.49
591	0.49
592	0.48
593	0.48
594	0.44
595	0.46
596	0.45
597	0.45
598	0.39
599	0.45
600	0.44
601	0.41
602	0.41
603	0.36
604	0.37
605	0.33
606	0.33
607	0.26
608	0.31
609	0.32
610	0.33
611	0.33
612	0.37
613	0.4
614	0.38
615	0.39
616	0.35
617	0.37
618	0.33
619	0.36
620	0.33
621	0.29
622	0.32
623	0.3
624	0.27
625	0.25
626	0.25
627	0.22
628	0.18
629	0.21
630	0.24
631	0.29
632	0.31
633	0.29
634	0.36
635	0.37
636	0.38
637	0.35
638	0.36
639	0.35
640	0.38
641	0.35

A0A550CS20

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer