FuNGI

A0A4U0XDL3

Protein Details

Accession

A0A4U0XDL3

Localization Confidence

Medium

Confidence Score

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
116-141	LHDICKKISAECKKCKKCPYCGTING	Hydrophilic
938-960	PFEIVKRTRRKLQVERNKWNRLS	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Subcellular Location(s)

nucl 15.5, cyto_nucl 11.5, cyto 6.5, pero 5

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR045867 DNA-dir_RpoC_beta_prime IPR000722 RNA_pol_asu IPR006592 RNA_pol_N IPR007080 RNA_pol_Rpb1_1 IPR007066 RNA_pol_Rpb1_3 IPR042102 RNA_pol_Rpb1_3_sf IPR007083 RNA_pol_Rpb1_4 IPR007081 RNA_pol_Rpb1_5 IPR044893 RNA_pol_Rpb1_clamp_domain IPR035697 RNAP_III_RPC1_N IPR038120 Rpb1_funnel_sf
Gene Ontology	GO:0000428 C:DNA-directed RNA polymerase complex GO:0005634 C:nucleus GO:0003677 F:DNA binding GO:0003899 F:DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0006351 P:DNA-templated transcription
Pfam	View protein in Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 PF04998 RNA_pol_Rpb1_5
CDD	cd02583 RNAP_III_RPC1_N

Amino Acid Sequences

MEMQSTTGDAIKEQVLDWVPKRIKELQFGILSNQDIVKQAVVEISDRNVYDLGSHGPVRALTKNGPMDGRMGTSTKGAICDTCGEDLTACIGHFGHVKLALPAFHIGYFKKIIEILHDICKKISAECKKCKKCPYCGTINGAVKKVPGHPLKIIHEKYRAFNTSTAKSKVAPPCKVEFDRSFEEAKKGNPELEKHVKKAVDDMNPLRVLNLFRRIAATDCELLGMNPADGRPEMFIWQYVPAPPVCIRPSVAQEAATTEDDITNKLGDIIQISSLIRAGLDRGQPVQTIMEQWDFLQLQIAMYIDGSVPGLQQPGFGRPVRGFCQRLKGKQGRFRGNLSGKRVDFSARTVISPDPNLGIDEVAVPLKVALNLTYPERVSRYNLKKLQDCVRRGSKKHPGANRIIKKDTGNMVLISILERYNRQGELADQLNIGDVVDRHLEDGDIVLFNRQPSLHKLSILSHKAKIRPWRTFRLNECVCNPYNADFDGDEMNLHVPQTEEARTEAIELMGVKHNIATPKNGTPIIAAIQDFITAAFLSSNKSVFYDRKTFAHICGYMFNDDSIVDPETGERMSIELPEPAIWKPQRLWTGKQIWNVLMRPNKKSKVLVNLDAGCKQFKPTPGQPNDLDEDDQYLVIRNSEVMCGVMDKNTVGDGKKDSVFYVIMRDFGPDYAVQAMNRLAKLSARWLTNQGFSIGISDVYPSDDLVRRKQALIDEAYRECDQIIDQYNNGRLEPMAGCDEETTMENKLSGLLSAVRGAAAKVCFEQLSKWNSPLIMAKSGSKGSNNNVSQMVASVGQQIIGGKRVLEGFQDRTLPHFPKGGKMPAAKGFVKNSFFSGLSPTEFIFHAMSGREGLVDTAVKTAETGYMSRRLMKSLEDLSAHYDNTVRTSSSGLVQFQYGDDNLDPVDMEGNAKPVHFDRAFVHAVTTTWDNEESGLPPFEIVKRTRRKLQVERNKWNRLSLMNEPLAYKDKSDHGIDQFESRRDFLDTIEAFIMVKVNKLGDLRERVRMLRGDQDNDQMDWEVADDVKQRSIVNGVAKISRRALEMFIGLCLEKYEKSKVQPGHAVGAVGAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVAGMSITQGVPRIKEIINASKVISTPVITCVLAGKGGETAARIVKSRIEKTYLRDIIVYIEDVWYKDGSYLNMRVDLEAVRRLQLEVSLSDISKAIVKTKGLKLGFNDIRTFGTNHIRVYPAENDDTKPRRANSKAPEDFFERMQNLKRNLPNVVVKGYPDATRAVIQKADKKNAQGEEEIKVLVEGYGLKLCMTTDGINGCRT

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.18
2	0.19
3	0.24
4	0.26
5	0.34
6	0.36
7	0.37
8	0.43
9	0.46
10	0.48
11	0.51
12	0.54
13	0.51
14	0.53
15	0.51
16	0.49
17	0.44
18	0.4
19	0.33
20	0.29
21	0.23
22	0.19
23	0.19
24	0.17
25	0.13
26	0.13
27	0.13
28	0.13
29	0.14
30	0.13
31	0.15
32	0.17
33	0.17
34	0.18
35	0.17
36	0.16
37	0.15
38	0.16
39	0.17
40	0.17
41	0.18
42	0.17
43	0.18
44	0.2
45	0.23
46	0.24
47	0.25
48	0.24
49	0.32
50	0.35
51	0.37
52	0.37
53	0.33
54	0.33
55	0.3
56	0.29
57	0.24
58	0.21
59	0.19
60	0.19
61	0.2
62	0.19
63	0.19
64	0.18
65	0.16
66	0.17
67	0.2
68	0.21
69	0.2
70	0.19
71	0.18
72	0.17
73	0.17
74	0.17
75	0.13
76	0.11
77	0.1
78	0.1
79	0.11
80	0.13
81	0.14
82	0.15
83	0.16
84	0.16
85	0.18
86	0.2
87	0.19
88	0.18
89	0.19
90	0.17
91	0.17
92	0.19
93	0.17
94	0.2
95	0.22
96	0.2
97	0.2
98	0.21
99	0.19
100	0.22
101	0.28
102	0.27
103	0.33
104	0.37
105	0.36
106	0.34
107	0.38
108	0.33
109	0.31
110	0.38
111	0.39
112	0.46
113	0.56
114	0.67
115	0.73
116	0.8
117	0.87
118	0.86
119	0.85
120	0.86
121	0.83
122	0.82
123	0.79
124	0.77
125	0.76
126	0.75
127	0.69
128	0.6
129	0.53
130	0.44
131	0.39
132	0.36
133	0.36
134	0.33
135	0.33
136	0.37
137	0.43
138	0.49
139	0.56
140	0.57
141	0.55
142	0.58
143	0.57
144	0.56
145	0.58
146	0.54
147	0.47
148	0.48
149	0.47
150	0.47
151	0.51
152	0.5
153	0.43
154	0.41
155	0.47
156	0.51
157	0.54
158	0.53
159	0.51
160	0.53
161	0.59
162	0.61
163	0.6
164	0.54
165	0.52
166	0.51
167	0.49
168	0.48
169	0.41
170	0.43
171	0.38
172	0.37
173	0.37
174	0.34
175	0.35
176	0.36
177	0.37
178	0.42
179	0.5
180	0.52
181	0.48
182	0.52
183	0.49
184	0.44
185	0.49
186	0.47
187	0.43
188	0.45
189	0.45
190	0.46
191	0.46
192	0.45
193	0.38
194	0.33
195	0.3
196	0.28
197	0.33
198	0.27
199	0.26
200	0.28
201	0.29
202	0.28
203	0.28
204	0.26
205	0.19
206	0.18
207	0.19
208	0.17
209	0.15
210	0.16
211	0.14
212	0.1
213	0.09
214	0.09
215	0.1
216	0.1
217	0.11
218	0.1
219	0.11
220	0.12
221	0.12
222	0.13
223	0.13
224	0.15
225	0.15
226	0.15
227	0.16
228	0.14
229	0.17
230	0.17
231	0.22
232	0.21
233	0.22
234	0.23
235	0.24
236	0.29
237	0.31
238	0.31
239	0.26
240	0.25
241	0.25
242	0.26
243	0.23
244	0.19
245	0.14
246	0.15
247	0.14
248	0.15
249	0.14
250	0.11
251	0.1
252	0.1
253	0.1
254	0.08
255	0.09
256	0.09
257	0.09
258	0.1
259	0.1
260	0.1
261	0.1
262	0.09
263	0.07
264	0.07
265	0.08
266	0.11
267	0.13
268	0.14
269	0.16
270	0.17
271	0.18
272	0.18
273	0.18
274	0.14
275	0.14
276	0.15
277	0.14
278	0.13
279	0.13
280	0.17
281	0.16
282	0.15
283	0.16
284	0.13
285	0.12
286	0.12
287	0.12
288	0.08
289	0.07
290	0.08
291	0.05
292	0.05
293	0.06
294	0.05
295	0.05
296	0.06
297	0.07
298	0.07
299	0.09
300	0.1
301	0.13
302	0.18
303	0.18
304	0.2
305	0.21
306	0.26
307	0.28
308	0.35
309	0.35
310	0.33
311	0.43
312	0.47
313	0.51
314	0.57
315	0.61
316	0.62
317	0.67
318	0.73
319	0.72
320	0.69
321	0.68
322	0.67
323	0.68
324	0.65
325	0.64
326	0.62
327	0.52
328	0.5
329	0.46
330	0.39
331	0.31
332	0.28
333	0.29
334	0.21
335	0.21
336	0.23
337	0.24
338	0.24
339	0.23
340	0.21
341	0.15
342	0.14
343	0.15
344	0.13
345	0.11
346	0.08
347	0.08
348	0.08
349	0.07
350	0.06
351	0.05
352	0.05
353	0.06
354	0.06
355	0.06
356	0.06
357	0.08
358	0.09
359	0.11
360	0.13
361	0.13
362	0.14
363	0.16
364	0.17
365	0.2
366	0.29
367	0.35
368	0.43
369	0.48
370	0.51
371	0.54
372	0.58
373	0.63
374	0.62
375	0.57
376	0.55
377	0.6
378	0.63
379	0.61
380	0.65
381	0.65
382	0.66
383	0.7
384	0.7
385	0.66
386	0.69
387	0.76
388	0.75
389	0.71
390	0.65
391	0.6
392	0.54
393	0.52
394	0.45
395	0.38
396	0.31
397	0.24
398	0.21
399	0.19
400	0.17
401	0.13
402	0.11
403	0.08
404	0.08
405	0.08
406	0.1
407	0.13
408	0.13
409	0.13
410	0.12
411	0.12
412	0.16
413	0.17
414	0.16
415	0.13
416	0.13
417	0.13
418	0.12
419	0.11
420	0.07
421	0.05
422	0.06
423	0.07
424	0.07
425	0.07
426	0.08
427	0.08
428	0.07
429	0.07
430	0.06
431	0.06
432	0.06
433	0.06
434	0.07
435	0.07
436	0.09
437	0.09
438	0.1
439	0.15
440	0.22
441	0.23
442	0.23
443	0.24
444	0.27
445	0.36
446	0.4
447	0.37
448	0.35
449	0.38
450	0.4
451	0.44
452	0.49
453	0.49
454	0.53
455	0.56
456	0.61
457	0.63
458	0.67
459	0.66
460	0.67
461	0.63
462	0.56
463	0.53
464	0.48
465	0.42
466	0.36
467	0.32
468	0.24
469	0.22
470	0.19
471	0.17
472	0.12
473	0.13
474	0.12
475	0.11
476	0.09
477	0.08
478	0.09
479	0.07
480	0.07
481	0.06
482	0.05
483	0.06
484	0.08
485	0.09
486	0.09
487	0.1
488	0.1
489	0.1
490	0.11
491	0.1
492	0.08
493	0.07
494	0.07
495	0.08
496	0.1
497	0.1
498	0.09
499	0.1
500	0.12
501	0.14
502	0.15
503	0.16
504	0.16
505	0.19
506	0.21
507	0.21
508	0.19
509	0.17
510	0.17
511	0.15
512	0.13
513	0.11
514	0.09
515	0.08
516	0.08
517	0.08
518	0.07
519	0.06
520	0.04
521	0.04
522	0.04
523	0.04
524	0.06
525	0.07
526	0.07
527	0.07
528	0.08
529	0.11
530	0.13
531	0.17
532	0.23
533	0.24
534	0.24
535	0.3
536	0.29
537	0.28
538	0.32
539	0.28
540	0.22
541	0.23
542	0.23
543	0.19
544	0.18
545	0.16
546	0.11
547	0.1
548	0.1
549	0.09
550	0.09
551	0.07
552	0.07
553	0.07
554	0.08
555	0.08
556	0.07
557	0.05
558	0.05
559	0.05
560	0.06
561	0.06
562	0.06
563	0.06
564	0.07
565	0.09
566	0.08
567	0.15
568	0.14
569	0.15
570	0.16
571	0.22
572	0.29
573	0.31
574	0.34
575	0.35
576	0.45
577	0.47
578	0.5
579	0.46
580	0.4
581	0.4
582	0.38
583	0.35
584	0.32
585	0.31
586	0.33
587	0.38
588	0.39
589	0.38
590	0.4
591	0.38
592	0.42
593	0.43
594	0.42
595	0.39
596	0.4
597	0.38
598	0.37
599	0.34
600	0.25
601	0.21
602	0.19
603	0.17
604	0.17
605	0.23
606	0.28
607	0.37
608	0.4
609	0.44
610	0.43
611	0.43
612	0.42
613	0.36
614	0.29
615	0.19
616	0.17
617	0.13
618	0.12
619	0.09
620	0.08
621	0.07
622	0.07
623	0.07
624	0.05
625	0.06
626	0.06
627	0.06
628	0.05
629	0.05
630	0.06
631	0.06
632	0.06
633	0.06
634	0.06
635	0.06
636	0.06
637	0.07
638	0.07
639	0.08
640	0.09
641	0.11
642	0.12
643	0.13
644	0.12
645	0.12
646	0.12
647	0.11
648	0.14
649	0.12
650	0.12
651	0.12
652	0.12
653	0.11
654	0.1
655	0.11
656	0.07
657	0.07
658	0.08
659	0.09
660	0.08
661	0.09
662	0.11
663	0.11
664	0.11
665	0.11
666	0.09
667	0.09
668	0.1
669	0.14
670	0.16
671	0.15
672	0.17
673	0.21
674	0.22
675	0.23
676	0.23
677	0.18
678	0.15
679	0.13
680	0.14
681	0.09
682	0.08
683	0.06
684	0.06
685	0.05
686	0.06
687	0.06
688	0.05
689	0.07
690	0.11
691	0.13
692	0.16
693	0.21
694	0.21
695	0.21
696	0.23
697	0.22
698	0.22
699	0.23
700	0.22
701	0.21
702	0.21
703	0.24
704	0.22
705	0.2
706	0.17
707	0.13
708	0.11
709	0.11
710	0.14
711	0.12
712	0.12
713	0.14
714	0.19
715	0.19
716	0.19
717	0.15
718	0.12
719	0.13
720	0.12
721	0.12
722	0.1
723	0.09
724	0.09
725	0.09
726	0.1
727	0.08
728	0.09
729	0.08
730	0.07
731	0.07
732	0.07
733	0.07
734	0.08
735	0.07
736	0.06
737	0.06
738	0.06
739	0.06
740	0.07
741	0.07
742	0.06
743	0.06
744	0.06
745	0.08
746	0.07
747	0.08
748	0.07
749	0.08
750	0.08
751	0.09
752	0.11
753	0.14
754	0.21
755	0.21
756	0.22
757	0.22
758	0.22
759	0.23
760	0.25
761	0.21
762	0.18
763	0.18
764	0.18
765	0.2
766	0.22
767	0.21
768	0.19
769	0.19
770	0.18
771	0.27
772	0.26
773	0.26
774	0.25
775	0.24
776	0.22
777	0.2
778	0.18
779	0.09
780	0.09
781	0.08
782	0.07
783	0.07
784	0.07
785	0.08
786	0.07
787	0.09
788	0.09
789	0.07
790	0.08
791	0.09
792	0.09
793	0.1
794	0.13
795	0.14
796	0.15
797	0.18
798	0.17
799	0.2
800	0.25
801	0.25
802	0.23
803	0.25
804	0.24
805	0.27
806	0.31
807	0.31
808	0.32
809	0.31
810	0.34
811	0.35
812	0.4
813	0.36
814	0.34
815	0.34
816	0.33
817	0.34
818	0.31
819	0.27
820	0.24
821	0.23
822	0.2
823	0.2
824	0.16
825	0.15
826	0.15
827	0.14
828	0.13
829	0.12
830	0.13
831	0.1
832	0.09
833	0.09
834	0.09
835	0.09
836	0.08
837	0.08
838	0.07
839	0.06
840	0.06
841	0.06
842	0.06
843	0.06
844	0.07
845	0.07
846	0.06
847	0.06
848	0.07
849	0.07
850	0.08
851	0.08
852	0.1
853	0.16
854	0.17
855	0.22
856	0.22
857	0.22
858	0.22
859	0.22
860	0.24
861	0.21
862	0.23
863	0.19
864	0.19
865	0.23
866	0.23
867	0.22
868	0.18
869	0.17
870	0.14
871	0.16
872	0.16
873	0.11
874	0.1
875	0.12
876	0.13
877	0.15
878	0.17
879	0.15
880	0.15
881	0.15
882	0.14
883	0.13
884	0.14
885	0.1
886	0.1
887	0.08
888	0.08
889	0.08
890	0.08
891	0.07
892	0.06
893	0.07
894	0.05
895	0.07
896	0.07
897	0.09
898	0.1
899	0.1
900	0.11
901	0.11
902	0.18
903	0.17
904	0.19
905	0.18
906	0.23
907	0.25
908	0.24
909	0.23
910	0.16
911	0.16
912	0.17
913	0.17
914	0.11
915	0.11
916	0.12
917	0.11
918	0.11
919	0.12
920	0.11
921	0.12
922	0.12
923	0.1
924	0.1
925	0.12
926	0.13
927	0.17
928	0.19
929	0.27
930	0.36
931	0.41
932	0.49
933	0.57
934	0.64
935	0.69
936	0.77
937	0.79
938	0.8
939	0.86
940	0.87
941	0.88
942	0.79
943	0.72
944	0.63
945	0.55
946	0.5
947	0.45
948	0.43
949	0.36
950	0.36
951	0.33
952	0.33
953	0.34
954	0.29
955	0.23
956	0.18
957	0.19
958	0.22
959	0.24
960	0.26
961	0.25
962	0.28
963	0.28
964	0.32
965	0.33
966	0.32
967	0.32
968	0.28
969	0.26
970	0.24
971	0.24
972	0.18
973	0.23
974	0.2
975	0.2
976	0.2
977	0.19
978	0.17
979	0.16
980	0.19
981	0.1
982	0.11
983	0.09
984	0.09
985	0.11
986	0.12
987	0.14
988	0.18
989	0.26
990	0.28
991	0.34
992	0.36
993	0.35
994	0.39
995	0.4
996	0.36
997	0.36
998	0.38
999	0.35
1000	0.35
1001	0.41
1002	0.38
1003	0.35
1004	0.34
1005	0.25
1006	0.2
1007	0.16
1008	0.15
1009	0.09
1010	0.07
1011	0.09
1012	0.12
1013	0.12
1014	0.14
1015	0.16
1016	0.15
1017	0.15
1018	0.17
1019	0.19
1020	0.2
1021	0.22
1022	0.22
1023	0.26
1024	0.28
1025	0.29
1026	0.3
1027	0.27
1028	0.25
1029	0.23
1030	0.23
1031	0.2
1032	0.2
1033	0.18
1034	0.15
1035	0.15
1036	0.13
1037	0.12
1038	0.11
1039	0.11
1040	0.11
1041	0.14
1042	0.2
1043	0.23
1044	0.27
1045	0.35
1046	0.38
1047	0.42
1048	0.47
1049	0.46
1050	0.44
1051	0.41
1052	0.37
1053	0.29
1054	0.27
1055	0.2
1056	0.14
1057	0.11
1058	0.06
1059	0.05
1060	0.05
1061	0.06
1062	0.04
1063	0.04
1064	0.04
1065	0.07
1066	0.08
1067	0.08
1068	0.09
1069	0.13
1070	0.13
1071	0.15
1072	0.15
1073	0.13
1074	0.13
1075	0.13
1076	0.13
1077	0.1
1078	0.1
1079	0.07
1080	0.07
1081	0.07
1082	0.07
1083	0.06
1084	0.06
1085	0.1
1086	0.11
1087	0.11
1088	0.13
1089	0.17
1090	0.17
1091	0.22
1092	0.27
1093	0.32
1094	0.34
1095	0.34
1096	0.33
1097	0.32
1098	0.31
1099	0.29
1100	0.24
1101	0.16
1102	0.14
1103	0.16
1104	0.17
1105	0.15
1106	0.15
1107	0.14
1108	0.14
1109	0.14
1110	0.13
1111	0.1
1112	0.09
1113	0.09
1114	0.09
1115	0.08
1116	0.1
1117	0.13
1118	0.14
1119	0.15
1120	0.16
1121	0.22
1122	0.29
1123	0.33
1124	0.35
1125	0.38
1126	0.4
1127	0.44
1128	0.54
1129	0.51
1130	0.45
1131	0.4
1132	0.36
1133	0.34
1134	0.32
1135	0.27
1136	0.16
1137	0.15
1138	0.15
1139	0.15
1140	0.16
1141	0.13
1142	0.12
1143	0.13
1144	0.14
1145	0.15
1146	0.2
1147	0.24
1148	0.24
1149	0.28
1150	0.28
1151	0.26
1152	0.26
1153	0.25
1154	0.23
1155	0.24
1156	0.23
1157	0.2
1158	0.21
1159	0.21
1160	0.2
1161	0.19
1162	0.19
1163	0.14
1164	0.18
1165	0.18
1166	0.17
1167	0.17
1168	0.17
1169	0.15
1170	0.17
1171	0.17
1172	0.17
1173	0.19
1174	0.22
1175	0.29
1176	0.34
1177	0.42
1178	0.39
1179	0.42
1180	0.42
1181	0.49
1182	0.52
1183	0.47
1184	0.44
1185	0.37
1186	0.38
1187	0.37
1188	0.35
1189	0.29
1190	0.33
1191	0.33
1192	0.32
1193	0.34
1194	0.33
1195	0.32
1196	0.35
1197	0.36
1198	0.31
1199	0.34
1200	0.34
1201	0.34
1202	0.42
1203	0.46
1204	0.47
1205	0.48
1206	0.47
1207	0.51
1208	0.54
1209	0.6
1210	0.6
1211	0.67
1212	0.69
1213	0.65
1214	0.66
1215	0.63
1216	0.6
1217	0.53
1218	0.5
1219	0.41
1220	0.39
1221	0.43
1222	0.47
1223	0.47
1224	0.53
1225	0.56
1226	0.52
1227	0.53
1228	0.54
1229	0.54
1230	0.5
1231	0.49
1232	0.41
1233	0.37
1234	0.38
1235	0.37
1236	0.32
1237	0.26
1238	0.24
1239	0.22
1240	0.25
1241	0.27
1242	0.26
1243	0.29
1244	0.33
1245	0.4
1246	0.47
1247	0.54
1248	0.53
1249	0.56
1250	0.6
1251	0.6
1252	0.59
1253	0.56
1254	0.5
1255	0.44
1256	0.42
1257	0.36
1258	0.29
1259	0.23
1260	0.19
1261	0.13
1262	0.11
1263	0.08
1264	0.09
1265	0.12
1266	0.12
1267	0.12
1268	0.12
1269	0.12
1270	0.14
1271	0.16
1272	0.14
1273	0.15
1274	0.21

A0A4U0XDL3

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer