FuNGI

A0A1Y2HWZ0

Protein Details

Accession

A0A1Y2HWZ0

Localization Confidence

Medium

Confidence Score

11.6

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
44-72	PNSEEFKKVSKIRNRNERFKRMHELCKKV	Hydrophilic
108-127	LGCGKKQPQIRKKQLTLSAQ	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
262-283	RSGRPIKAIRSRLKGKEGRLRG

Subcellular Location(s)

cyto 10.5, cyto_nucl 8.5, cysk 7, nucl 5.5, pero 3

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR045867 DNA-dir_RpoC_beta_prime IPR000722 RNA_pol_asu IPR006592 RNA_pol_N IPR007080 RNA_pol_Rpb1_1 IPR007066 RNA_pol_Rpb1_3 IPR042102 RNA_pol_Rpb1_3_sf IPR044893 RNA_pol_Rpb1_clamp_domain IPR038120 Rpb1_funnel_sf
Gene Ontology	GO:0000428 C:DNA-directed RNA polymerase complex GO:0003677 F:DNA binding GO:0003899 F:DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0006351 P:DNA-templated transcription
Pfam	View protein in Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 PF04983 RNA_pol_Rpb1_3

Amino Acid Sequences

MTECPGHFGHIELACPVYHISFLPRVKKILEAVCFHCSRLRADPNSEEFKKVSKIRNRNERFKRMHELCKKVTTCKVDAVGEGEGGELGDAYGSRAAQMQDPDRIPLLGCGKKQPQIRKKQLTLSAQWKGAAAKDDDGEIKEGKHDLTPAEVLQILKKISDVDCLHLGLDPEYARPEWMLLTVFPVPPPPVRPSILMDGTSRGEDDLTYKLCDIVKANAHLKKAQEQGATGHMMREHEDLLQFHCATFVDNEISGMPRANQRSGRPIKAIRSRLKGKEGRLRGNLMGKRVDFSARTVITGDPNLSIDQVGVPRSIASNLTYPEMVTRHNVNRLQEAVERGPEEHPGAKYVIRPDGTRVDLRVTGVTGAPSLQPGWIVERHLMDDDVIIFNRQPSLHKMSMMGHRVKVMPYSTFRLNLSVTSPYNADFDGDEMNLHVPQSVEARAEIQQLCMVPLQIVSPQSNKPVMGIVQDTLCGITKFTRRDTFMDRAMVMNLLMWVPGWDGNVPSPAIVKPKPLWTGKQILSLIIPKVNAVTFHSTHPDGETDLLSPGDTRVIVEDGELIAGIVCKKTVGTAAGGLVHVSWMEHGPEAAKALLNGCQTIVNYWLLHNGFSVGIGDTVADDATTDLINKMIYDARQRVNEIIAEAQSDKLERQTGMTLRETFEANVNRTLNEAVNKAGGAAA

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.17
2	0.18
3	0.18
4	0.11
5	0.11
6	0.11
7	0.15
8	0.22
9	0.28
10	0.35
11	0.38
12	0.4
13	0.4
14	0.43
15	0.45
16	0.44
17	0.44
18	0.42
19	0.43
20	0.48
21	0.48
22	0.45
23	0.42
24	0.37
25	0.35
26	0.39
27	0.43
28	0.41
29	0.47
30	0.54
31	0.57
32	0.64
33	0.62
34	0.56
35	0.48
36	0.47
37	0.48
38	0.48
39	0.51
40	0.52
41	0.61
42	0.68
43	0.78
44	0.82
45	0.85
46	0.88
47	0.89
48	0.86
49	0.83
50	0.84
51	0.8
52	0.82
53	0.81
54	0.79
55	0.75
56	0.77
57	0.73
58	0.68
59	0.68
60	0.64
61	0.57
62	0.54
63	0.51
64	0.43
65	0.41
66	0.37
67	0.3
68	0.24
69	0.2
70	0.15
71	0.1
72	0.09
73	0.08
74	0.04
75	0.03
76	0.03
77	0.03
78	0.04
79	0.06
80	0.06
81	0.06
82	0.09
83	0.1
84	0.14
85	0.19
86	0.21
87	0.27
88	0.28
89	0.29
90	0.27
91	0.27
92	0.24
93	0.24
94	0.29
95	0.27
96	0.28
97	0.34
98	0.37
99	0.43
100	0.5
101	0.56
102	0.58
103	0.64
104	0.74
105	0.76
106	0.77
107	0.8
108	0.81
109	0.77
110	0.75
111	0.73
112	0.67
113	0.59
114	0.53
115	0.46
116	0.38
117	0.34
118	0.3
119	0.22
120	0.19
121	0.18
122	0.19
123	0.19
124	0.19
125	0.19
126	0.16
127	0.15
128	0.14
129	0.15
130	0.14
131	0.14
132	0.14
133	0.12
134	0.14
135	0.15
136	0.14
137	0.14
138	0.15
139	0.14
140	0.14
141	0.17
142	0.14
143	0.13
144	0.13
145	0.14
146	0.13
147	0.21
148	0.2
149	0.2
150	0.22
151	0.22
152	0.22
153	0.21
154	0.21
155	0.13
156	0.15
157	0.11
158	0.1
159	0.12
160	0.12
161	0.11
162	0.11
163	0.11
164	0.09
165	0.1
166	0.1
167	0.08
168	0.11
169	0.12
170	0.13
171	0.12
172	0.14
173	0.14
174	0.15
175	0.19
176	0.2
177	0.21
178	0.23
179	0.25
180	0.27
181	0.31
182	0.31
183	0.29
184	0.26
185	0.25
186	0.24
187	0.22
188	0.18
189	0.12
190	0.1
191	0.09
192	0.1
193	0.11
194	0.12
195	0.12
196	0.12
197	0.14
198	0.14
199	0.16
200	0.15
201	0.17
202	0.19
203	0.23
204	0.29
205	0.31
206	0.32
207	0.34
208	0.34
209	0.36
210	0.36
211	0.36
212	0.31
213	0.28
214	0.28
215	0.29
216	0.29
217	0.23
218	0.19
219	0.15
220	0.15
221	0.16
222	0.15
223	0.13
224	0.11
225	0.13
226	0.13
227	0.13
228	0.17
229	0.15
230	0.13
231	0.13
232	0.12
233	0.12
234	0.11
235	0.11
236	0.08
237	0.08
238	0.09
239	0.08
240	0.09
241	0.09
242	0.09
243	0.08
244	0.12
245	0.15
246	0.18
247	0.22
248	0.23
249	0.33
250	0.38
251	0.4
252	0.4
253	0.42
254	0.46
255	0.51
256	0.58
257	0.54
258	0.57
259	0.61
260	0.6
261	0.66
262	0.62
263	0.6
264	0.61
265	0.6
266	0.59
267	0.55
268	0.54
269	0.47
270	0.5
271	0.45
272	0.39
273	0.36
274	0.29
275	0.27
276	0.25
277	0.24
278	0.16
279	0.16
280	0.2
281	0.16
282	0.17
283	0.17
284	0.17
285	0.16
286	0.16
287	0.15
288	0.09
289	0.1
290	0.09
291	0.08
292	0.08
293	0.06
294	0.07
295	0.07
296	0.07
297	0.07
298	0.06
299	0.07
300	0.07
301	0.08
302	0.07
303	0.07
304	0.09
305	0.1
306	0.11
307	0.1
308	0.1
309	0.11
310	0.11
311	0.11
312	0.1
313	0.14
314	0.15
315	0.22
316	0.24
317	0.23
318	0.25
319	0.25
320	0.25
321	0.23
322	0.23
323	0.18
324	0.17
325	0.16
326	0.15
327	0.15
328	0.14
329	0.13
330	0.12
331	0.12
332	0.12
333	0.13
334	0.12
335	0.14
336	0.15
337	0.18
338	0.16
339	0.17
340	0.18
341	0.21
342	0.22
343	0.21
344	0.2
345	0.18
346	0.17
347	0.18
348	0.15
349	0.11
350	0.1
351	0.09
352	0.08
353	0.06
354	0.06
355	0.06
356	0.06
357	0.06
358	0.05
359	0.05
360	0.05
361	0.08
362	0.08
363	0.09
364	0.1
365	0.11
366	0.12
367	0.12
368	0.12
369	0.09
370	0.08
371	0.08
372	0.08
373	0.07
374	0.07
375	0.06
376	0.06
377	0.08
378	0.08
379	0.09
380	0.13
381	0.2
382	0.21
383	0.21
384	0.23
385	0.25
386	0.31
387	0.35
388	0.33
389	0.26
390	0.27
391	0.27
392	0.26
393	0.24
394	0.19
395	0.16
396	0.17
397	0.21
398	0.21
399	0.22
400	0.22
401	0.21
402	0.2
403	0.18
404	0.17
405	0.17
406	0.16
407	0.15
408	0.15
409	0.14
410	0.14
411	0.13
412	0.12
413	0.08
414	0.08
415	0.08
416	0.08
417	0.07
418	0.07
419	0.08
420	0.07
421	0.07
422	0.07
423	0.06
424	0.06
425	0.08
426	0.09
427	0.09
428	0.09
429	0.1
430	0.11
431	0.15
432	0.15
433	0.13
434	0.14
435	0.14
436	0.14
437	0.13
438	0.12
439	0.07
440	0.07
441	0.08
442	0.08
443	0.1
444	0.11
445	0.13
446	0.15
447	0.18
448	0.19
449	0.18
450	0.17
451	0.17
452	0.16
453	0.15
454	0.15
455	0.12
456	0.11
457	0.11
458	0.11
459	0.1
460	0.1
461	0.08
462	0.07
463	0.11
464	0.17
465	0.2
466	0.25
467	0.3
468	0.32
469	0.36
470	0.42
471	0.43
472	0.41
473	0.41
474	0.36
475	0.32
476	0.29
477	0.25
478	0.18
479	0.13
480	0.1
481	0.07
482	0.06
483	0.05
484	0.05
485	0.05
486	0.06
487	0.07
488	0.07
489	0.08
490	0.09
491	0.11
492	0.1
493	0.1
494	0.1
495	0.11
496	0.17
497	0.17
498	0.21
499	0.22
500	0.28
501	0.34
502	0.36
503	0.39
504	0.38
505	0.46
506	0.43
507	0.48
508	0.42
509	0.36
510	0.35
511	0.35
512	0.31
513	0.24
514	0.22
515	0.15
516	0.16
517	0.15
518	0.14
519	0.14
520	0.19
521	0.18
522	0.2
523	0.25
524	0.24
525	0.24
526	0.25
527	0.22
528	0.17
529	0.17
530	0.15
531	0.12
532	0.12
533	0.12
534	0.1
535	0.1
536	0.09
537	0.09
538	0.08
539	0.07
540	0.08
541	0.09
542	0.09
543	0.09
544	0.09
545	0.08
546	0.08
547	0.07
548	0.06
549	0.05
550	0.06
551	0.06
552	0.06
553	0.06
554	0.06
555	0.06
556	0.07
557	0.09
558	0.09
559	0.1
560	0.12
561	0.13
562	0.14
563	0.14
564	0.13
565	0.11
566	0.09
567	0.08
568	0.06
569	0.06
570	0.06
571	0.07
572	0.08
573	0.08
574	0.09
575	0.09
576	0.11
577	0.11
578	0.1
579	0.09
580	0.11
581	0.15
582	0.15
583	0.14
584	0.13
585	0.14
586	0.14
587	0.15
588	0.16
589	0.15
590	0.14
591	0.14
592	0.2
593	0.18
594	0.18
595	0.17
596	0.16
597	0.13
598	0.13
599	0.14
600	0.08
601	0.08
602	0.07
603	0.07
604	0.06
605	0.07
606	0.06
607	0.05
608	0.04
609	0.05
610	0.06
611	0.06
612	0.06
613	0.06
614	0.07
615	0.08
616	0.08
617	0.09
618	0.12
619	0.15
620	0.22
621	0.29
622	0.34
623	0.37
624	0.4
625	0.39
626	0.38
627	0.37
628	0.31
629	0.27
630	0.22
631	0.21
632	0.2
633	0.19
634	0.17
635	0.17
636	0.16
637	0.17
638	0.19
639	0.17
640	0.19
641	0.25
642	0.28
643	0.32
644	0.36
645	0.35
646	0.34
647	0.35
648	0.34
649	0.28
650	0.32
651	0.34
652	0.31
653	0.36
654	0.35
655	0.33
656	0.33
657	0.35
658	0.31
659	0.28
660	0.27
661	0.22
662	0.22
663	0.22

A0A1Y2HWZ0

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer