FuNGI

U5HCM2

Protein Details

Accession

U5HCM2

Localization Confidence

Low

Confidence Score

9.1

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
71-95	ITLYVEKHLKHRRHPPKIYISKAQF	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
387-403	KKAKADKESKSKSKYKR

Subcellular Location(s)

mito 12, cyto_mito 11.5, cyto 9, nucl 4

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR001514 DNA-dir_RNA_pol_30-40kDasu_CS IPR011262 DNA-dir_RNA_pol_insert IPR011263 DNA-dir_RNA_pol_RpoA/D/Rpb3 IPR036603 RBP11-like IPR022842 RNAP_Rpo3/Rpb3/RPAC1 IPR036643 RNApol_insert_sf IPR012337 RNaseH-like_sf IPR036397 RNaseH_sf
Gene Ontology	GO:0055029 C:nuclear DNA-directed RNA polymerase complex GO:0003677 F:DNA binding GO:0003899 F:DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0046983 F:protein dimerization activity GO:0006351 P:DNA-templated transcription
Pfam	View protein in Pfam PF01000 RNA_pol_A_bac PF01193 RNA_pol_L
PROSITE	View protein in PROSITE PS00446 RNA_POL_D_30KD
CDD	cd07031 RNAP_II_RPB3

Amino Acid Sequences

MVNAPSPPKGASKLGYEVFNKTSPPVSLVRLRHVILTWSRSLVTQENAAWFEHNLSFDDLLSSPLARNGRITLYVEKHLKHRRHPPKIYISKAQFEILTRWIVEDEAVPVEICKAMSLKRQLLPTSKLGPIEARVYDDPKALREFVRSEAAAEDMTTPSSKQRLMLVGEQVGPRKAQKSTSPPPESASTPSTPPATSPEVTSEPSRKKIKLAKVSSTSTLTVETSRIASPHPSAAVRSAPLPPVFDLDECSVELAELRARYAHAKRYGGAAFLSLDVETWERGHDALLEVGWTCVDFTAPSSSSSSSLESDSDLDMGTESKSEGEERPAAPIEWATVTRTDQHVVIAENITRRNGRYSPDARDDWDFGPSSRSGSIETTETTLPASKKAKADKESKSKSKYKRTVKVPAVVKTDSLLMGLDNLYALLAATFENITSSEKDKQLFLIFHDSRMDLKALGMLGFEDGFAKPVKELAVQAKTGDKAEGAGNVWIIDTQRVYAGWKGFKQRKRLDRCCSELEVATKRLHNAGNDAHYTLDLFERMMDPQRKPSTLPLDPPKTQAGSELRIQINKLDSERCRFVADGVNLALANSLRRVMISNIETLAIDQVQIEENTSVLPDEMIAHRLGLIPLWSEGIDRRIPNHNKECVCDAFCDLCSITLELNAYCTEDRTMEVTSKMLTVVGDDRSGIGRPSVAGDRDTGVMIVKLGKGQQIKMNCIAVKGKALEHAKWSPVAALGFEYDPYNKLRHTDLWFEVGTDPNEEWPLSENAQYERPPAKDGTDPFDFNANPTRFYFDVEAVGQMRPEEIVVKGIDQLILMLADVTTSIAEIAKPRVNSGQTPMHPGMGGADLGGGYGGAGQSGYAGGAGAGYGGYPQGGQGPTGAVPAAGGFPNYGARSPQRNGYDDFN

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.38
2	0.42
3	0.41
4	0.41
5	0.41
6	0.39
7	0.35
8	0.3
9	0.31
10	0.26
11	0.27
12	0.26
13	0.27
14	0.34
15	0.36
16	0.41
17	0.43
18	0.42
19	0.41
20	0.39
21	0.4
22	0.37
23	0.39
24	0.34
25	0.31
26	0.31
27	0.29
28	0.32
29	0.3
30	0.26
31	0.25
32	0.25
33	0.27
34	0.28
35	0.27
36	0.25
37	0.21
38	0.22
39	0.21
40	0.2
41	0.18
42	0.19
43	0.19
44	0.18
45	0.2
46	0.16
47	0.16
48	0.15
49	0.14
50	0.12
51	0.17
52	0.18
53	0.16
54	0.18
55	0.19
56	0.21
57	0.23
58	0.27
59	0.29
60	0.32
61	0.39
62	0.42
63	0.41
64	0.48
65	0.55
66	0.58
67	0.6
68	0.67
69	0.7
70	0.76
71	0.83
72	0.83
73	0.85
74	0.88
75	0.86
76	0.85
77	0.79
78	0.74
79	0.68
80	0.6
81	0.5
82	0.42
83	0.39
84	0.31
85	0.28
86	0.21
87	0.2
88	0.19
89	0.17
90	0.15
91	0.13
92	0.12
93	0.1
94	0.11
95	0.1
96	0.09
97	0.1
98	0.11
99	0.1
100	0.09
101	0.09
102	0.12
103	0.2
104	0.27
105	0.32
106	0.35
107	0.41
108	0.44
109	0.49
110	0.5
111	0.49
112	0.47
113	0.43
114	0.4
115	0.36
116	0.34
117	0.3
118	0.3
119	0.25
120	0.25
121	0.24
122	0.26
123	0.27
124	0.28
125	0.27
126	0.25
127	0.28
128	0.25
129	0.24
130	0.25
131	0.26
132	0.26
133	0.3
134	0.27
135	0.25
136	0.23
137	0.23
138	0.19
139	0.17
140	0.15
141	0.1
142	0.11
143	0.11
144	0.1
145	0.13
146	0.16
147	0.16
148	0.16
149	0.19
150	0.23
151	0.26
152	0.3
153	0.3
154	0.29
155	0.32
156	0.33
157	0.31
158	0.28
159	0.25
160	0.24
161	0.23
162	0.23
163	0.24
164	0.3
165	0.37
166	0.46
167	0.55
168	0.58
169	0.55
170	0.57
171	0.55
172	0.5
173	0.44
174	0.39
175	0.31
176	0.28
177	0.29
178	0.27
179	0.24
180	0.23
181	0.23
182	0.23
183	0.22
184	0.21
185	0.24
186	0.24
187	0.27
188	0.3
189	0.33
190	0.33
191	0.41
192	0.45
193	0.41
194	0.47
195	0.53
196	0.59
197	0.61
198	0.63
199	0.64
200	0.64
201	0.66
202	0.62
203	0.56
204	0.47
205	0.37
206	0.32
207	0.24
208	0.19
209	0.16
210	0.14
211	0.13
212	0.12
213	0.12
214	0.12
215	0.14
216	0.14
217	0.16
218	0.17
219	0.16
220	0.16
221	0.18
222	0.19
223	0.17
224	0.18
225	0.17
226	0.19
227	0.19
228	0.19
229	0.17
230	0.18
231	0.18
232	0.16
233	0.17
234	0.15
235	0.16
236	0.14
237	0.14
238	0.11
239	0.1
240	0.1
241	0.08
242	0.09
243	0.08
244	0.08
245	0.08
246	0.09
247	0.15
248	0.19
249	0.26
250	0.3
251	0.31
252	0.31
253	0.36
254	0.36
255	0.31
256	0.27
257	0.2
258	0.14
259	0.13
260	0.13
261	0.08
262	0.07
263	0.07
264	0.07
265	0.07
266	0.07
267	0.07
268	0.07
269	0.07
270	0.07
271	0.07
272	0.07
273	0.07
274	0.07
275	0.07
276	0.06
277	0.06
278	0.06
279	0.05
280	0.04
281	0.04
282	0.04
283	0.04
284	0.05
285	0.09
286	0.1
287	0.12
288	0.13
289	0.14
290	0.15
291	0.16
292	0.16
293	0.13
294	0.13
295	0.12
296	0.11
297	0.12
298	0.11
299	0.1
300	0.08
301	0.07
302	0.06
303	0.07
304	0.06
305	0.05
306	0.05
307	0.05
308	0.06
309	0.07
310	0.08
311	0.11
312	0.15
313	0.15
314	0.17
315	0.18
316	0.17
317	0.16
318	0.15
319	0.13
320	0.1
321	0.11
322	0.09
323	0.1
324	0.1
325	0.12
326	0.14
327	0.14
328	0.12
329	0.13
330	0.13
331	0.12
332	0.13
333	0.12
334	0.12
335	0.13
336	0.14
337	0.15
338	0.15
339	0.15
340	0.18
341	0.19
342	0.2
343	0.27
344	0.3
345	0.34
346	0.39
347	0.39
348	0.37
349	0.37
350	0.37
351	0.29
352	0.27
353	0.21
354	0.16
355	0.18
356	0.16
357	0.15
358	0.12
359	0.12
360	0.11
361	0.12
362	0.13
363	0.11
364	0.11
365	0.12
366	0.11
367	0.11
368	0.1
369	0.13
370	0.12
371	0.16
372	0.18
373	0.19
374	0.24
375	0.3
376	0.37
377	0.39
378	0.47
379	0.5
380	0.59
381	0.63
382	0.66
383	0.68
384	0.69
385	0.72
386	0.75
387	0.76
388	0.75
389	0.76
390	0.76
391	0.79
392	0.75
393	0.74
394	0.69
395	0.65
396	0.59
397	0.5
398	0.43
399	0.33
400	0.29
401	0.21
402	0.16
403	0.1
404	0.05
405	0.05
406	0.05
407	0.05
408	0.04
409	0.03
410	0.03
411	0.03
412	0.03
413	0.02
414	0.02
415	0.02
416	0.03
417	0.03
418	0.03
419	0.03
420	0.04
421	0.06
422	0.07
423	0.1
424	0.13
425	0.15
426	0.16
427	0.16
428	0.17
429	0.18
430	0.17
431	0.16
432	0.23
433	0.21
434	0.21
435	0.22
436	0.21
437	0.19
438	0.19
439	0.18
440	0.08
441	0.08
442	0.08
443	0.07
444	0.07
445	0.06
446	0.05
447	0.05
448	0.04
449	0.04
450	0.04
451	0.04
452	0.05
453	0.05
454	0.05
455	0.05
456	0.06
457	0.07
458	0.07
459	0.09
460	0.13
461	0.15
462	0.15
463	0.16
464	0.17
465	0.17
466	0.17
467	0.15
468	0.1
469	0.08
470	0.09
471	0.09
472	0.08
473	0.08
474	0.07
475	0.07
476	0.07
477	0.06
478	0.06
479	0.06
480	0.05
481	0.05
482	0.05
483	0.05
484	0.07
485	0.09
486	0.12
487	0.14
488	0.17
489	0.26
490	0.33
491	0.38
492	0.47
493	0.52
494	0.59
495	0.67
496	0.73
497	0.73
498	0.72
499	0.73
500	0.67
501	0.62
502	0.53
503	0.45
504	0.4
505	0.34
506	0.3
507	0.26
508	0.23
509	0.21
510	0.22
511	0.22
512	0.18
513	0.18
514	0.18
515	0.2
516	0.2
517	0.2
518	0.17
519	0.15
520	0.15
521	0.12
522	0.09
523	0.06
524	0.05
525	0.05
526	0.06
527	0.07
528	0.14
529	0.18
530	0.19
531	0.27
532	0.3
533	0.31
534	0.31
535	0.37
536	0.38
537	0.36
538	0.42
539	0.42
540	0.45
541	0.46
542	0.47
543	0.43
544	0.36
545	0.33
546	0.32
547	0.26
548	0.23
549	0.24
550	0.28
551	0.27
552	0.27
553	0.27
554	0.24
555	0.23
556	0.22
557	0.21
558	0.2
559	0.22
560	0.26
561	0.29
562	0.28
563	0.27
564	0.25
565	0.25
566	0.27
567	0.25
568	0.21
569	0.19
570	0.18
571	0.16
572	0.16
573	0.15
574	0.08
575	0.07
576	0.06
577	0.06
578	0.06
579	0.06
580	0.08
581	0.08
582	0.13
583	0.14
584	0.15
585	0.15
586	0.15
587	0.15
588	0.13
589	0.13
590	0.08
591	0.06
592	0.05
593	0.05
594	0.06
595	0.07
596	0.07
597	0.06
598	0.06
599	0.06
600	0.06
601	0.06
602	0.05
603	0.04
604	0.04
605	0.06
606	0.06
607	0.08
608	0.08
609	0.08
610	0.08
611	0.09
612	0.09
613	0.07
614	0.07
615	0.06
616	0.07
617	0.07
618	0.07
619	0.07
620	0.08
621	0.12
622	0.15
623	0.14
624	0.18
625	0.27
626	0.32
627	0.4
628	0.47
629	0.51
630	0.49
631	0.51
632	0.52
633	0.46
634	0.42
635	0.35
636	0.3
637	0.24
638	0.23
639	0.22
640	0.18
641	0.15
642	0.14
643	0.14
644	0.11
645	0.1
646	0.11
647	0.09
648	0.1
649	0.09
650	0.1
651	0.09
652	0.1
653	0.1
654	0.1
655	0.11
656	0.11
657	0.12
658	0.12
659	0.13
660	0.13
661	0.12
662	0.12
663	0.11
664	0.1
665	0.08
666	0.08
667	0.1
668	0.11
669	0.11
670	0.1
671	0.11
672	0.12
673	0.13
674	0.11
675	0.09
676	0.08
677	0.08
678	0.11
679	0.14
680	0.14
681	0.14
682	0.15
683	0.16
684	0.16
685	0.16
686	0.13
687	0.1
688	0.09
689	0.09
690	0.09
691	0.08
692	0.09
693	0.1
694	0.14
695	0.16
696	0.18
697	0.23
698	0.25
699	0.29
700	0.31
701	0.35
702	0.31
703	0.32
704	0.32
705	0.28
706	0.28
707	0.25
708	0.22
709	0.25
710	0.28
711	0.27
712	0.31
713	0.33
714	0.3
715	0.3
716	0.29
717	0.23
718	0.21
719	0.2
720	0.14
721	0.12
722	0.12
723	0.11
724	0.11
725	0.12
726	0.11
727	0.12
728	0.14
729	0.15
730	0.14
731	0.16
732	0.19
733	0.24
734	0.28
735	0.33
736	0.33
737	0.35
738	0.35
739	0.34
740	0.32
741	0.29
742	0.25
743	0.21
744	0.19
745	0.16
746	0.18
747	0.16
748	0.15
749	0.15
750	0.17
751	0.16
752	0.19
753	0.19
754	0.2
755	0.25
756	0.26
757	0.28
758	0.29
759	0.29
760	0.3
761	0.29
762	0.3
763	0.31
764	0.33
765	0.34
766	0.34
767	0.34
768	0.32
769	0.36
770	0.33
771	0.28
772	0.36
773	0.31
774	0.28
775	0.28
776	0.33
777	0.27
778	0.31
779	0.31
780	0.23
781	0.25
782	0.23
783	0.25
784	0.21
785	0.21
786	0.18
787	0.15
788	0.14
789	0.11
790	0.11
791	0.09
792	0.08
793	0.11
794	0.11
795	0.12
796	0.13
797	0.14
798	0.13
799	0.12
800	0.11
801	0.08
802	0.08
803	0.07
804	0.05
805	0.05
806	0.04
807	0.04
808	0.04
809	0.04
810	0.04
811	0.04
812	0.05
813	0.06
814	0.09
815	0.14
816	0.18
817	0.19
818	0.21
819	0.27
820	0.3
821	0.32
822	0.36
823	0.4
824	0.37
825	0.45
826	0.44
827	0.39
828	0.36
829	0.33
830	0.28
831	0.2
832	0.18
833	0.1
834	0.09
835	0.07
836	0.07
837	0.07
838	0.05
839	0.03
840	0.04
841	0.04
842	0.03
843	0.04
844	0.03
845	0.04
846	0.04
847	0.04
848	0.04
849	0.04
850	0.03
851	0.04
852	0.04
853	0.03
854	0.03
855	0.03
856	0.03
857	0.03
858	0.04
859	0.04
860	0.04
861	0.1
862	0.1
863	0.11
864	0.11
865	0.13
866	0.14
867	0.15
868	0.14
869	0.09
870	0.08
871	0.09
872	0.1
873	0.09
874	0.09
875	0.08
876	0.09
877	0.15
878	0.16
879	0.16
880	0.19
881	0.25
882	0.32
883	0.35
884	0.42
885	0.43
886	0.46

U5HCM2

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer