FuNGI

M3DEV5

Protein Details

Accession

M3DEV5

Localization Confidence

Medium

Confidence Score

10.6

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
14-35	ATAPKAPPKKKATTAPVKEPAQ	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
21-23	PKK

Subcellular Location(s)

mito 15, nucl 7, cyto 5

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR015712 DNA-dir_RNA_pol_su2 IPR007120 DNA-dir_RNAP_su2_dom IPR037033 DNA-dir_RNAP_su2_hyb_sf IPR007121 RNA_pol_bsu_CS IPR007644 RNA_pol_bsu_protrusion IPR007642 RNA_pol_Rpb2_2 IPR037034 RNA_pol_Rpb2_2_sf IPR007645 RNA_pol_Rpb2_3 IPR007646 RNA_pol_Rpb2_4 IPR007647 RNA_pol_Rpb2_5 IPR007641 RNA_pol_Rpb2_7 IPR014724 RNA_pol_RPB2_OB-fold
Gene Ontology	GO:0000428 C:DNA-directed RNA polymerase complex GO:0003677 F:DNA binding GO:0003899 F:DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0046872 F:metal ion binding GO:0032549 F:ribonucleoside binding GO:0006351 P:DNA-templated transcription
Pfam	View protein in Pfam PF04563 RNA_pol_Rpb2_1 PF04561 RNA_pol_Rpb2_2 PF04565 RNA_pol_Rpb2_3 PF04566 RNA_pol_Rpb2_4 PF04567 RNA_pol_Rpb2_5 PF00562 RNA_pol_Rpb2_6 PF04560 RNA_pol_Rpb2_7
PROSITE	View protein in PROSITE PS01166 RNA_POL_BETA
CDD	cd00653 RNA_pol_B_RPB2

Amino Acid Sequences

MPPRAKKTTGPTVATAPKAPPKKKATTAPVKEPAQDDGPPASTTAAAAAPTAKAASSHASSRPAKKSASGHDIDALLRPFYYNKSLTDPINTARDKWNLLPAFLQVKGLIKQHTDSFDYFIDVEMKKIVQANSMIHSQVKAEKWIRFTDIRIGKPSRIEDARAGYVQTEVTPNECRLRDMTYSAPIYVDFVYPRQSGNVRKTDVLIGRVPMMLRSSKCVLHGRSESEMSFLNECAVDPGGYFIVRGQEKVILVQEQLSKNRVIVESFKGVIQASVTSHTANIKTKTYVLVKKGHLYLKHNSLVEDVPVAIIMRAMGVQSDHEILLLAAGNDAQYQDEFAPNLELAALEGVFTQEQALDFIAARLKPDRFINKHKEFKTPKQQALEKLAGTIIPHVEVEGLNFRPKALYIAHMTRRVLMAINDPKLVDDRDYVGNKRLELAGQMLSLLFEDLFKDSIRQIQMTMDKMLQKHNPTSEFDPVRIVEQIESRITSGMERAISTGNWTLKRFRMDRAGVTHVLSRLSYISALGMMTRISSQFEKTRKVSGPRALQPSQFGMLCTSDTPEGEACGLVKNLALMTHITTADDEGPVRKMMYVLGAEDVTSASGTEIYGAGAYIIFINGTPAALTRQPKQFLLGFRKFRRMGRISEFVSIFINHHHNGVHIATDEGRVCRPMIVVEKAKSKVTARFLESLRKGTMTFDDALSRGIVEYLDVNEENDSNIAVYEKDINDSHTHLEIEPFTILGAVAGLIPYPHHNQSPRNTYQCAMGKQAIGAIAYNQFTRIDTLLYLMVYPQKPMVTTRTIELVKYDKLPAGQNAVVAVMSYSGYDIEDALVLNKASCDRGFGRCQVFKKVSMPLKSYQNGYTDRLADRDPNNARHRKIGKDGLVEVGSELDNGDTYMLKEAPINQVQTIPNSQQRWSPAHMSYKTPDPCYADKVVITANDRNDTILKIQTRQTRRPEIGDKFSSRHGQKGVVGLLAEQADMPFSDQGVVPDIIMNPHGFPSRMTVGKMLELVSGKAGVLAGKQEYGTAFGGSKVEDMGAVLIKHGFSYSGKDCLTSGITGESLPFYVFFGPIYYQKLKHMVQDKMHARATGPRAILTRQPTEGRSRQGGLRLGEMERDCLIAYGASQLLLERLMISSDAHDVDVCQTCGMMGYNNWCQSCSSSRSVVRMTMPYAAKLLIQELMSMNVKASLQLADEFPREE

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.57
2	0.51
3	0.45
4	0.46
5	0.52
6	0.53
7	0.55
8	0.57
9	0.63
10	0.69
11	0.73
12	0.75
13	0.77
14	0.81
15	0.81
16	0.82
17	0.76
18	0.71
19	0.63
20	0.57
21	0.5
22	0.43
23	0.36
24	0.31
25	0.3
26	0.27
27	0.25
28	0.21
29	0.17
30	0.16
31	0.15
32	0.12
33	0.1
34	0.1
35	0.1
36	0.1
37	0.1
38	0.11
39	0.09
40	0.08
41	0.1
42	0.14
43	0.16
44	0.2
45	0.23
46	0.32
47	0.38
48	0.46
49	0.51
50	0.51
51	0.5
52	0.52
53	0.56
54	0.56
55	0.59
56	0.52
57	0.47
58	0.46
59	0.45
60	0.39
61	0.37
62	0.3
63	0.21
64	0.19
65	0.18
66	0.17
67	0.19
68	0.25
69	0.22
70	0.23
71	0.3
72	0.34
73	0.34
74	0.38
75	0.38
76	0.36
77	0.42
78	0.4
79	0.36
80	0.39
81	0.41
82	0.4
83	0.39
84	0.44
85	0.37
86	0.37
87	0.35
88	0.33
89	0.33
90	0.29
91	0.28
92	0.2
93	0.23
94	0.25
95	0.28
96	0.26
97	0.24
98	0.27
99	0.3
100	0.32
101	0.32
102	0.3
103	0.3
104	0.27
105	0.27
106	0.25
107	0.21
108	0.23
109	0.19
110	0.19
111	0.17
112	0.17
113	0.16
114	0.21
115	0.2
116	0.18
117	0.22
118	0.23
119	0.25
120	0.27
121	0.26
122	0.22
123	0.22
124	0.21
125	0.23
126	0.23
127	0.28
128	0.31
129	0.34
130	0.37
131	0.4
132	0.43
133	0.39
134	0.4
135	0.41
136	0.44
137	0.44
138	0.48
139	0.48
140	0.46
141	0.49
142	0.49
143	0.47
144	0.42
145	0.42
146	0.38
147	0.4
148	0.41
149	0.36
150	0.34
151	0.26
152	0.24
153	0.21
154	0.18
155	0.15
156	0.12
157	0.14
158	0.17
159	0.19
160	0.25
161	0.25
162	0.26
163	0.25
164	0.29
165	0.28
166	0.29
167	0.29
168	0.3
169	0.31
170	0.29
171	0.27
172	0.23
173	0.22
174	0.2
175	0.18
176	0.12
177	0.12
178	0.17
179	0.17
180	0.18
181	0.2
182	0.24
183	0.3
184	0.37
185	0.43
186	0.41
187	0.42
188	0.43
189	0.46
190	0.44
191	0.4
192	0.34
193	0.28
194	0.26
195	0.26
196	0.25
197	0.19
198	0.18
199	0.2
200	0.18
201	0.22
202	0.24
203	0.24
204	0.29
205	0.35
206	0.34
207	0.37
208	0.41
209	0.4
210	0.41
211	0.42
212	0.37
213	0.31
214	0.31
215	0.25
216	0.22
217	0.18
218	0.15
219	0.13
220	0.13
221	0.13
222	0.12
223	0.09
224	0.08
225	0.09
226	0.09
227	0.09
228	0.09
229	0.08
230	0.14
231	0.15
232	0.15
233	0.15
234	0.17
235	0.18
236	0.19
237	0.2
238	0.15
239	0.14
240	0.18
241	0.23
242	0.24
243	0.26
244	0.27
245	0.25
246	0.25
247	0.28
248	0.25
249	0.21
250	0.21
251	0.23
252	0.24
253	0.24
254	0.24
255	0.21
256	0.2
257	0.18
258	0.15
259	0.12
260	0.09
261	0.11
262	0.12
263	0.11
264	0.12
265	0.15
266	0.18
267	0.22
268	0.24
269	0.23
270	0.24
271	0.25
272	0.29
273	0.34
274	0.37
275	0.36
276	0.41
277	0.41
278	0.45
279	0.49
280	0.49
281	0.46
282	0.45
283	0.47
284	0.47
285	0.49
286	0.44
287	0.39
288	0.36
289	0.32
290	0.28
291	0.22
292	0.14
293	0.09
294	0.09
295	0.08
296	0.06
297	0.05
298	0.04
299	0.04
300	0.04
301	0.04
302	0.04
303	0.04
304	0.05
305	0.06
306	0.07
307	0.07
308	0.07
309	0.07
310	0.07
311	0.07
312	0.07
313	0.06
314	0.04
315	0.05
316	0.05
317	0.05
318	0.05
319	0.05
320	0.04
321	0.06
322	0.06
323	0.08
324	0.08
325	0.08
326	0.09
327	0.09
328	0.09
329	0.07
330	0.06
331	0.05
332	0.06
333	0.05
334	0.04
335	0.04
336	0.05
337	0.04
338	0.05
339	0.05
340	0.04
341	0.05
342	0.05
343	0.06
344	0.06
345	0.06
346	0.07
347	0.1
348	0.1
349	0.11
350	0.14
351	0.15
352	0.17
353	0.23
354	0.31
355	0.34
356	0.44
357	0.53
358	0.59
359	0.67
360	0.67
361	0.71
362	0.7
363	0.74
364	0.75
365	0.74
366	0.7
367	0.69
368	0.71
369	0.66
370	0.66
371	0.59
372	0.48
373	0.4
374	0.34
375	0.27
376	0.22
377	0.18
378	0.11
379	0.08
380	0.07
381	0.07
382	0.07
383	0.07
384	0.08
385	0.1
386	0.11
387	0.13
388	0.13
389	0.13
390	0.13
391	0.13
392	0.14
393	0.11
394	0.13
395	0.16
396	0.23
397	0.28
398	0.32
399	0.32
400	0.3
401	0.3
402	0.27
403	0.24
404	0.17
405	0.21
406	0.23
407	0.24
408	0.24
409	0.23
410	0.23
411	0.23
412	0.23
413	0.16
414	0.11
415	0.12
416	0.18
417	0.2
418	0.22
419	0.26
420	0.27
421	0.26
422	0.26
423	0.23
424	0.18
425	0.16
426	0.16
427	0.11
428	0.09
429	0.09
430	0.08
431	0.08
432	0.07
433	0.06
434	0.04
435	0.03
436	0.04
437	0.05
438	0.06
439	0.06
440	0.07
441	0.07
442	0.12
443	0.13
444	0.13
445	0.12
446	0.16
447	0.19
448	0.2
449	0.21
450	0.19
451	0.2
452	0.21
453	0.25
454	0.26
455	0.26
456	0.27
457	0.3
458	0.3
459	0.31
460	0.33
461	0.36
462	0.33
463	0.3
464	0.29
465	0.25
466	0.24
467	0.21
468	0.18
469	0.12
470	0.12
471	0.14
472	0.12
473	0.12
474	0.11
475	0.11
476	0.11
477	0.09
478	0.09
479	0.08
480	0.08
481	0.08
482	0.08
483	0.09
484	0.09
485	0.1
486	0.14
487	0.16
488	0.18
489	0.19
490	0.22
491	0.24
492	0.3
493	0.29
494	0.28
495	0.33
496	0.32
497	0.34
498	0.36
499	0.37
500	0.32
501	0.32
502	0.31
503	0.23
504	0.21
505	0.18
506	0.13
507	0.1
508	0.09
509	0.08
510	0.06
511	0.05
512	0.05
513	0.05
514	0.04
515	0.04
516	0.04
517	0.04
518	0.04
519	0.05
520	0.06
521	0.07
522	0.1
523	0.16
524	0.19
525	0.24
526	0.25
527	0.31
528	0.33
529	0.38
530	0.42
531	0.43
532	0.47
533	0.48
534	0.53
535	0.49
536	0.46
537	0.42
538	0.37
539	0.32
540	0.24
541	0.19
542	0.13
543	0.11
544	0.11
545	0.09
546	0.09
547	0.08
548	0.07
549	0.08
550	0.07
551	0.07
552	0.06
553	0.06
554	0.05
555	0.06
556	0.06
557	0.05
558	0.05
559	0.05
560	0.05
561	0.05
562	0.05
563	0.04
564	0.06
565	0.07
566	0.07
567	0.07
568	0.07
569	0.08
570	0.08
571	0.08
572	0.07
573	0.06
574	0.07
575	0.07
576	0.07
577	0.07
578	0.06
579	0.06
580	0.08
581	0.07
582	0.06
583	0.07
584	0.07
585	0.07
586	0.06
587	0.06
588	0.04
589	0.04
590	0.04
591	0.03
592	0.03
593	0.03
594	0.03
595	0.03
596	0.03
597	0.03
598	0.03
599	0.03
600	0.03
601	0.03
602	0.03
603	0.03
604	0.02
605	0.02
606	0.03
607	0.03
608	0.03
609	0.03
610	0.03
611	0.05
612	0.08
613	0.11
614	0.14
615	0.19
616	0.21
617	0.21
618	0.23
619	0.25
620	0.28
621	0.36
622	0.39
623	0.42
624	0.43
625	0.51
626	0.51
627	0.5
628	0.52
629	0.46
630	0.44
631	0.42
632	0.45
633	0.39
634	0.4
635	0.38
636	0.3
637	0.28
638	0.23
639	0.17
640	0.14
641	0.15
642	0.12
643	0.12
644	0.12
645	0.11
646	0.12
647	0.12
648	0.1
649	0.07
650	0.08
651	0.07
652	0.09
653	0.09
654	0.09
655	0.09
656	0.09
657	0.09
658	0.09
659	0.09
660	0.09
661	0.12
662	0.16
663	0.2
664	0.22
665	0.27
666	0.28
667	0.28
668	0.28
669	0.27
670	0.27
671	0.29
672	0.31
673	0.29
674	0.32
675	0.33
676	0.39
677	0.39
678	0.36
679	0.31
680	0.28
681	0.25
682	0.21
683	0.21
684	0.15
685	0.15
686	0.12
687	0.12
688	0.12
689	0.12
690	0.11
691	0.09
692	0.07
693	0.06
694	0.05
695	0.04
696	0.05
697	0.05
698	0.06
699	0.06
700	0.07
701	0.07
702	0.07
703	0.07
704	0.06
705	0.06
706	0.04
707	0.04
708	0.05
709	0.04
710	0.05
711	0.08
712	0.08
713	0.1
714	0.1
715	0.12
716	0.13
717	0.15
718	0.16
719	0.14
720	0.14
721	0.12
722	0.13
723	0.12
724	0.12
725	0.1
726	0.08
727	0.07
728	0.06
729	0.06
730	0.04
731	0.04
732	0.03
733	0.03
734	0.03
735	0.03
736	0.03
737	0.03
738	0.06
739	0.09
740	0.11
741	0.14
742	0.17
743	0.23
744	0.3
745	0.38
746	0.41
747	0.42
748	0.42
749	0.4
750	0.44
751	0.44
752	0.39
753	0.34
754	0.3
755	0.26
756	0.25
757	0.25
758	0.19
759	0.13
760	0.11
761	0.08
762	0.09
763	0.09
764	0.09
765	0.09
766	0.09
767	0.09
768	0.11
769	0.1
770	0.08
771	0.08
772	0.09
773	0.09
774	0.09
775	0.08
776	0.07
777	0.12
778	0.12
779	0.12
780	0.12
781	0.12
782	0.13
783	0.15
784	0.18
785	0.17
786	0.17
787	0.18
788	0.23
789	0.23
790	0.22
791	0.23
792	0.22
793	0.2
794	0.21
795	0.21
796	0.16
797	0.18
798	0.2
799	0.19
800	0.2
801	0.19
802	0.17
803	0.16
804	0.15
805	0.13
806	0.11
807	0.09
808	0.05
809	0.04
810	0.04
811	0.04
812	0.04
813	0.04
814	0.04
815	0.04
816	0.04
817	0.04
818	0.04
819	0.05
820	0.06
821	0.06
822	0.06
823	0.06
824	0.07
825	0.08
826	0.08
827	0.12
828	0.14
829	0.19
830	0.23
831	0.27
832	0.34
833	0.37
834	0.4
835	0.44
836	0.44
837	0.41
838	0.41
839	0.44
840	0.44
841	0.43
842	0.45
843	0.42
844	0.47
845	0.46
846	0.46
847	0.4
848	0.39
849	0.37
850	0.37
851	0.34
852	0.29
853	0.28
854	0.27
855	0.26
856	0.26
857	0.24
858	0.3
859	0.32
860	0.38
861	0.46
862	0.51
863	0.52
864	0.55
865	0.59
866	0.55
867	0.58
868	0.57
869	0.53
870	0.5
871	0.5
872	0.44
873	0.4
874	0.34
875	0.26
876	0.19
877	0.14
878	0.1
879	0.09
880	0.05
881	0.05
882	0.05
883	0.05
884	0.05
885	0.05
886	0.08
887	0.08
888	0.08
889	0.09
890	0.12
891	0.18
892	0.21
893	0.22
894	0.19
895	0.24
896	0.25
897	0.27
898	0.28
899	0.25
900	0.29
901	0.29
902	0.3
903	0.29
904	0.32
905	0.34
906	0.34
907	0.35
908	0.34
909	0.41
910	0.42
911	0.43
912	0.41
913	0.46
914	0.46
915	0.43
916	0.42
917	0.38
918	0.38
919	0.39
920	0.39
921	0.32
922	0.27
923	0.26
924	0.24
925	0.22
926	0.24
927	0.23
928	0.23
929	0.24
930	0.24
931	0.24
932	0.23
933	0.22
934	0.2
935	0.22
936	0.21
937	0.22
938	0.29
939	0.36
940	0.43
941	0.49
942	0.55
943	0.59
944	0.6
945	0.64
946	0.67
947	0.65
948	0.65
949	0.64
950	0.59
951	0.52
952	0.54
953	0.56
954	0.48
955	0.46
956	0.4
957	0.37
958	0.35
959	0.38
960	0.34
961	0.27
962	0.25
963	0.2
964	0.2
965	0.16
966	0.14
967	0.09
968	0.08
969	0.07
970	0.07
971	0.08
972	0.06
973	0.06
974	0.07
975	0.08
976	0.09
977	0.12
978	0.12
979	0.11
980	0.12
981	0.13
982	0.12
983	0.13
984	0.13
985	0.09
986	0.12
987	0.13
988	0.12
989	0.12
990	0.17
991	0.22
992	0.23
993	0.24
994	0.24
995	0.24
996	0.25
997	0.26
998	0.21
999	0.18
1000	0.17
1001	0.16
1002	0.14
1003	0.13
1004	0.11
1005	0.1
1006	0.1
1007	0.07
1008	0.07
1009	0.09
1010	0.09
1011	0.1
1012	0.1
1013	0.11
1014	0.11
1015	0.13
1016	0.14
1017	0.12
1018	0.12
1019	0.12
1020	0.13
1021	0.12
1022	0.12
1023	0.09
1024	0.08
1025	0.07
1026	0.07
1027	0.07
1028	0.09
1029	0.08
1030	0.09
1031	0.09
1032	0.09
1033	0.1
1034	0.09
1035	0.1
1036	0.08
1037	0.15
1038	0.17
1039	0.22
1040	0.22
1041	0.23
1042	0.23
1043	0.24
1044	0.25
1045	0.19
1046	0.17
1047	0.13
1048	0.13
1049	0.12
1050	0.13
1051	0.11
1052	0.09
1053	0.09
1054	0.09
1055	0.08
1056	0.09
1057	0.09
1058	0.08
1059	0.1
1060	0.11
1061	0.14
1062	0.21
1063	0.24
1064	0.25
1065	0.29
1066	0.36
1067	0.35
1068	0.41
1069	0.46
1070	0.47
1071	0.48
1072	0.56
1073	0.57
1074	0.57
1075	0.58
1076	0.51
1077	0.44
1078	0.45
1079	0.44
1080	0.41
1081	0.37
1082	0.33
1083	0.33
1084	0.35
1085	0.4
1086	0.38
1087	0.37
1088	0.36
1089	0.38
1090	0.38
1091	0.45
1092	0.48
1093	0.49
1094	0.47
1095	0.46
1096	0.45
1097	0.48
1098	0.51
1099	0.43
1100	0.41
1101	0.38
1102	0.34
1103	0.37
1104	0.34
1105	0.3
1106	0.24
1107	0.23
1108	0.19
1109	0.16
1110	0.16
1111	0.1
1112	0.09
1113	0.1
1114	0.1
1115	0.09
1116	0.09
1117	0.09
1118	0.09
1119	0.09
1120	0.09
1121	0.06
1122	0.07
1123	0.07
1124	0.08
1125	0.08
1126	0.09
1127	0.12
1128	0.12
1129	0.12
1130	0.12
1131	0.12
1132	0.16
1133	0.2
1134	0.19
1135	0.16
1136	0.15
1137	0.15
1138	0.16
1139	0.16
1140	0.13
1141	0.11
1142	0.17
1143	0.25
1144	0.3
1145	0.31
1146	0.3
1147	0.31
1148	0.33
1149	0.37
1150	0.37
1151	0.34
1152	0.37
1153	0.4
1154	0.45
1155	0.47
1156	0.46
1157	0.44
1158	0.42
1159	0.4
1160	0.4
1161	0.38
1162	0.33
1163	0.32
1164	0.28
1165	0.25
1166	0.21
1167	0.21
1168	0.16
1169	0.15
1170	0.15
1171	0.15
1172	0.19
1173	0.19
1174	0.19
1175	0.17
1176	0.16
1177	0.16
1178	0.15
1179	0.16
1180	0.13
1181	0.12
1182	0.14
1183	0.16
1184	0.18

M3DEV5

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer