FuNGI

R5A1R6

Protein Details

Accession

R5A1R6

Localization Confidence

Medium

Confidence Score

12.3

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
93-118	DDAGSRKHGAHRRKIKRRAVDAFIDR	Basic

NLS Segment(s)

Position	Sequence
98-110	RKHGAHRRKIKRR

Subcellular Location(s)

nucl 15.5, cyto_nucl 11, cyto 5.5, pero 4

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR005824 KOW IPR041975 KOW_Spt5_2 IPR041976 KOW_Spt5_3 IPR041977 KOW_Spt5_4 IPR041978 KOW_Spt5_5 IPR005100 NGN-domain IPR006645 NGN-like_dom IPR036735 NGN_dom_sf IPR039385 NGN_Euk IPR014722 Rib_L2_dom2 IPR039659 SPT5 IPR024945 Spt5_C_dom IPR022581 Spt5_N IPR017071 TF_Spt5_eukaryote IPR008991 Translation_prot_SH3-like_sf
Gene Ontology	GO:0005634 C:nucleus GO:0003746 F:translation elongation factor activity GO:0032784 P:regulation of DNA-templated transcription elongation GO:0006357 P:regulation of transcription by RNA polymerase II GO:0140673 P:transcription elongation-coupled chromatin remodeling
Pfam	View protein in Pfam PF12815 CTD PF03439 Spt5-NGN PF11942 Spt5_N
CDD	cd06082 KOW_Spt5_2 cd06083 KOW_Spt5_3 cd06084 KOW_Spt5_4 cd06085 KOW_Spt5_5 cd09888 NGN_Euk

Amino Acid Sequences

MSSVSGEDAQELQDELKALNADNAGDGRTAIPHATLDDEEDDEEEEDEDALERSVDSNRQPTKLNSGTKHVMDDDDDDDEEDDDDDELDEEEDDAGSRKHGAHRRKIKRRAVDAFIDREAEVDDDEEDAEDDEDEQEIAEGFIENEDVGGLSPNARADDRRHRELDQQQHRLAEADAERMAAQFKERYGRSGGAYRGDLKSVPQRLLLPSVDDPSIWGIRCKPGKEHEIVFNLLRKQAEREGTSAPLLIVSVFTREHLPGYIYIEAQKQKDVIDAMADVVNAYTNRLVLVPVAEMPDLLRVRNKGTTLVPGAFVRIRKNNRRYAGDLGRINDISIDSTEAFVALVPRLDYGSQEELMRKNLARTNDRPPARLFNVADVEKLTNLRLRDRSGDNSYQFNNEDYHDGLLIKSFKIAHLVTEPDEVKPTLEEMQVFSGGDTFDLTTLGQGLKTRQATFTIGDTAEVYAGEQAGVYGIVESISKNIVELRTTDDSRLGTISVPTSGLRKRFSPGHQVRVQSGKHAGETGSVVAVKGGTVTLMTSMAKEEVTVFSRDLGEINEVSETPAISKYEVRDVVELNATEFGCVIKIENVLLQVLMPSGDIRTIKSDSVARSIPPPKFGRTTDRNGNTIQITAPQSTVREVNGKGRKGKVFNLHLHTVFCHNIEITENNGIFVARDRDVEVAGMASGKVDFSKQNPGLRQNVAMAPPSVLPKTMGRDKAIGQTIWIRKGPQKGLMGLVTDTTDTTARIEPHNGLKKISINKDMLGFRLSPDTPLVGYAEFVNSKGWRDQAGMPSREAVDSNRPIWAQAGNRTPSGNTNPASSYGSGARTPAWAGGGSRTPAWSSNAGAATPAWAGSSNKTPAWSGNATPAWNAGSKTPSWSAAGNATPAWQSGGARTPAWQSGAATPGHGGTTTSSWQTGSKTPSWQRNATPRAPSYGQERPREAYGSSDIQNGSDNAIASGVSRGWEEEWASAGAQSQYPTIQTKPSVSGVGSTPAGDAAFINPARMAQMQHSKVYTDAPGYLPPSP

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.12
2	0.1
3	0.13
4	0.13
5	0.12
6	0.15
7	0.15
8	0.14
9	0.15
10	0.16
11	0.13
12	0.13
13	0.13
14	0.11
15	0.11
16	0.12
17	0.11
18	0.11
19	0.11
20	0.12
21	0.14
22	0.14
23	0.15
24	0.16
25	0.16
26	0.16
27	0.16
28	0.16
29	0.14
30	0.14
31	0.12
32	0.1
33	0.09
34	0.09
35	0.09
36	0.08
37	0.07
38	0.07
39	0.07
40	0.08
41	0.11
42	0.15
43	0.18
44	0.27
45	0.32
46	0.35
47	0.38
48	0.4
49	0.47
50	0.51
51	0.56
52	0.5
53	0.54
54	0.57
55	0.55
56	0.55
57	0.46
58	0.39
59	0.33
60	0.32
61	0.26
62	0.23
63	0.21
64	0.19
65	0.18
66	0.17
67	0.15
68	0.12
69	0.1
70	0.08
71	0.08
72	0.07
73	0.07
74	0.07
75	0.07
76	0.07
77	0.07
78	0.07
79	0.06
80	0.07
81	0.08
82	0.08
83	0.08
84	0.1
85	0.12
86	0.21
87	0.29
88	0.39
89	0.48
90	0.59
91	0.7
92	0.79
93	0.87
94	0.88
95	0.89
96	0.9
97	0.87
98	0.82
99	0.8
100	0.76
101	0.7
102	0.62
103	0.54
104	0.43
105	0.36
106	0.3
107	0.21
108	0.15
109	0.11
110	0.09
111	0.08
112	0.08
113	0.08
114	0.07
115	0.07
116	0.07
117	0.07
118	0.07
119	0.07
120	0.07
121	0.07
122	0.06
123	0.06
124	0.06
125	0.05
126	0.05
127	0.05
128	0.05
129	0.05
130	0.05
131	0.05
132	0.05
133	0.05
134	0.04
135	0.04
136	0.06
137	0.06
138	0.06
139	0.08
140	0.09
141	0.11
142	0.12
143	0.15
144	0.2
145	0.32
146	0.39
147	0.45
148	0.47
149	0.48
150	0.56
151	0.62
152	0.66
153	0.65
154	0.65
155	0.61
156	0.59
157	0.56
158	0.49
159	0.4
160	0.35
161	0.25
162	0.2
163	0.18
164	0.17
165	0.17
166	0.16
167	0.17
168	0.12
169	0.13
170	0.12
171	0.14
172	0.22
173	0.22
174	0.25
175	0.27
176	0.29
177	0.3
178	0.34
179	0.35
180	0.31
181	0.33
182	0.33
183	0.3
184	0.29
185	0.26
186	0.23
187	0.29
188	0.3
189	0.29
190	0.27
191	0.29
192	0.29
193	0.34
194	0.31
195	0.27
196	0.24
197	0.25
198	0.23
199	0.2
200	0.19
201	0.18
202	0.21
203	0.17
204	0.17
205	0.17
206	0.25
207	0.3
208	0.31
209	0.33
210	0.37
211	0.43
212	0.45
213	0.47
214	0.46
215	0.45
216	0.45
217	0.42
218	0.4
219	0.35
220	0.34
221	0.31
222	0.25
223	0.25
224	0.29
225	0.32
226	0.29
227	0.3
228	0.29
229	0.3
230	0.3
231	0.26
232	0.2
233	0.14
234	0.12
235	0.09
236	0.08
237	0.06
238	0.07
239	0.07
240	0.08
241	0.1
242	0.1
243	0.11
244	0.11
245	0.12
246	0.12
247	0.15
248	0.16
249	0.14
250	0.16
251	0.2
252	0.24
253	0.23
254	0.23
255	0.2
256	0.19
257	0.21
258	0.2
259	0.15
260	0.12
261	0.11
262	0.11
263	0.11
264	0.1
265	0.08
266	0.07
267	0.08
268	0.07
269	0.08
270	0.07
271	0.06
272	0.07
273	0.07
274	0.07
275	0.06
276	0.07
277	0.07
278	0.07
279	0.08
280	0.08
281	0.08
282	0.08
283	0.13
284	0.13
285	0.13
286	0.15
287	0.16
288	0.19
289	0.22
290	0.23
291	0.2
292	0.21
293	0.25
294	0.25
295	0.24
296	0.23
297	0.2
298	0.22
299	0.21
300	0.22
301	0.22
302	0.27
303	0.36
304	0.44
305	0.52
306	0.58
307	0.62
308	0.65
309	0.64
310	0.64
311	0.63
312	0.6
313	0.55
314	0.48
315	0.45
316	0.39
317	0.35
318	0.27
319	0.2
320	0.13
321	0.11
322	0.11
323	0.08
324	0.08
325	0.08
326	0.07
327	0.07
328	0.06
329	0.07
330	0.05
331	0.06
332	0.06
333	0.06
334	0.07
335	0.07
336	0.07
337	0.1
338	0.12
339	0.13
340	0.14
341	0.16
342	0.17
343	0.19
344	0.21
345	0.17
346	0.19
347	0.21
348	0.26
349	0.3
350	0.33
351	0.39
352	0.45
353	0.47
354	0.45
355	0.45
356	0.46
357	0.42
358	0.44
359	0.36
360	0.32
361	0.35
362	0.33
363	0.31
364	0.25
365	0.22
366	0.17
367	0.17
368	0.14
369	0.12
370	0.12
371	0.17
372	0.19
373	0.2
374	0.24
375	0.27
376	0.32
377	0.34
378	0.39
379	0.36
380	0.37
381	0.36
382	0.33
383	0.31
384	0.26
385	0.22
386	0.17
387	0.16
388	0.14
389	0.13
390	0.11
391	0.11
392	0.09
393	0.11
394	0.11
395	0.09
396	0.1
397	0.09
398	0.09
399	0.13
400	0.13
401	0.12
402	0.13
403	0.14
404	0.14
405	0.18
406	0.18
407	0.15
408	0.16
409	0.15
410	0.13
411	0.12
412	0.12
413	0.1
414	0.1
415	0.1
416	0.1
417	0.11
418	0.11
419	0.11
420	0.09
421	0.08
422	0.07
423	0.07
424	0.06
425	0.05
426	0.04
427	0.05
428	0.05
429	0.04
430	0.05
431	0.05
432	0.05
433	0.06
434	0.07
435	0.12
436	0.14
437	0.15
438	0.15
439	0.16
440	0.17
441	0.18
442	0.18
443	0.15
444	0.13
445	0.12
446	0.12
447	0.1
448	0.09
449	0.07
450	0.06
451	0.04
452	0.04
453	0.04
454	0.03
455	0.03
456	0.03
457	0.03
458	0.03
459	0.02
460	0.02
461	0.03
462	0.03
463	0.03
464	0.04
465	0.04
466	0.04
467	0.04
468	0.06
469	0.06
470	0.07
471	0.07
472	0.12
473	0.15
474	0.16
475	0.16
476	0.17
477	0.16
478	0.16
479	0.16
480	0.11
481	0.08
482	0.08
483	0.08
484	0.06
485	0.07
486	0.07
487	0.1
488	0.12
489	0.15
490	0.16
491	0.16
492	0.19
493	0.24
494	0.26
495	0.34
496	0.37
497	0.41
498	0.44
499	0.44
500	0.44
501	0.44
502	0.42
503	0.33
504	0.31
505	0.24
506	0.2
507	0.19
508	0.17
509	0.12
510	0.12
511	0.1
512	0.07
513	0.06
514	0.06
515	0.05
516	0.05
517	0.04
518	0.03
519	0.03
520	0.02
521	0.02
522	0.03
523	0.03
524	0.04
525	0.04
526	0.04
527	0.05
528	0.05
529	0.05
530	0.05
531	0.06
532	0.07
533	0.09
534	0.1
535	0.09
536	0.1
537	0.1
538	0.1
539	0.1
540	0.09
541	0.08
542	0.07
543	0.07
544	0.07
545	0.07
546	0.07
547	0.07
548	0.06
549	0.05
550	0.07
551	0.07
552	0.07
553	0.09
554	0.1
555	0.14
556	0.16
557	0.16
558	0.16
559	0.16
560	0.16
561	0.17
562	0.16
563	0.11
564	0.12
565	0.11
566	0.1
567	0.09
568	0.08
569	0.06
570	0.06
571	0.06
572	0.05
573	0.06
574	0.06
575	0.07
576	0.07
577	0.07
578	0.07
579	0.06
580	0.05
581	0.04
582	0.04
583	0.04
584	0.03
585	0.03
586	0.06
587	0.06
588	0.07
589	0.1
590	0.11
591	0.11
592	0.13
593	0.16
594	0.15
595	0.19
596	0.19
597	0.16
598	0.21
599	0.27
600	0.26
601	0.3
602	0.31
603	0.31
604	0.34
605	0.36
606	0.38
607	0.39
608	0.44
609	0.47
610	0.48
611	0.47
612	0.43
613	0.44
614	0.35
615	0.3
616	0.23
617	0.18
618	0.17
619	0.15
620	0.15
621	0.14
622	0.14
623	0.14
624	0.15
625	0.12
626	0.14
627	0.14
628	0.23
629	0.29
630	0.32
631	0.35
632	0.4
633	0.43
634	0.42
635	0.47
636	0.46
637	0.47
638	0.5
639	0.51
640	0.49
641	0.46
642	0.43
643	0.38
644	0.32
645	0.26
646	0.2
647	0.15
648	0.11
649	0.11
650	0.12
651	0.12
652	0.11
653	0.14
654	0.14
655	0.13
656	0.13
657	0.13
658	0.11
659	0.12
660	0.13
661	0.1
662	0.11
663	0.11
664	0.12
665	0.12
666	0.12
667	0.1
668	0.07
669	0.06
670	0.06
671	0.05
672	0.04
673	0.04
674	0.04
675	0.04
676	0.05
677	0.07
678	0.09
679	0.19
680	0.22
681	0.28
682	0.31
683	0.36
684	0.39
685	0.39
686	0.39
687	0.32
688	0.3
689	0.27
690	0.24
691	0.2
692	0.16
693	0.16
694	0.17
695	0.14
696	0.12
697	0.13
698	0.14
699	0.19
700	0.25
701	0.27
702	0.27
703	0.29
704	0.3
705	0.35
706	0.36
707	0.3
708	0.25
709	0.3
710	0.31
711	0.33
712	0.32
713	0.28
714	0.3
715	0.37
716	0.38
717	0.37
718	0.36
719	0.33
720	0.35
721	0.34
722	0.3
723	0.23
724	0.21
725	0.15
726	0.12
727	0.1
728	0.09
729	0.08
730	0.07
731	0.09
732	0.12
733	0.13
734	0.14
735	0.17
736	0.18
737	0.27
738	0.36
739	0.35
740	0.33
741	0.34
742	0.38
743	0.44
744	0.46
745	0.43
746	0.36
747	0.36
748	0.41
749	0.39
750	0.34
751	0.29
752	0.24
753	0.18
754	0.22
755	0.21
756	0.16
757	0.16
758	0.16
759	0.14
760	0.14
761	0.14
762	0.09
763	0.09
764	0.09
765	0.1
766	0.1
767	0.1
768	0.12
769	0.12
770	0.15
771	0.16
772	0.17
773	0.16
774	0.19
775	0.23
776	0.29
777	0.37
778	0.37
779	0.35
780	0.36
781	0.35
782	0.32
783	0.29
784	0.23
785	0.23
786	0.25
787	0.25
788	0.26
789	0.25
790	0.25
791	0.26
792	0.27
793	0.22
794	0.25
795	0.32
796	0.31
797	0.32
798	0.33
799	0.32
800	0.33
801	0.35
802	0.34
803	0.27
804	0.27
805	0.27
806	0.29
807	0.31
808	0.26
809	0.22
810	0.19
811	0.21
812	0.19
813	0.18
814	0.17
815	0.15
816	0.15
817	0.14
818	0.12
819	0.11
820	0.11
821	0.14
822	0.17
823	0.17
824	0.17
825	0.17
826	0.17
827	0.18
828	0.21
829	0.19
830	0.17
831	0.21
832	0.21
833	0.2
834	0.19
835	0.17
836	0.15
837	0.13
838	0.12
839	0.07
840	0.08
841	0.1
842	0.12
843	0.19
844	0.21
845	0.21
846	0.23
847	0.23
848	0.23
849	0.28
850	0.28
851	0.23
852	0.28
853	0.29
854	0.29
855	0.28
856	0.28
857	0.23
858	0.23
859	0.22
860	0.17
861	0.17
862	0.17
863	0.22
864	0.23
865	0.23
866	0.22
867	0.22
868	0.21
869	0.23
870	0.24
871	0.2
872	0.18
873	0.18
874	0.17
875	0.16
876	0.16
877	0.12
878	0.11
879	0.13
880	0.19
881	0.2
882	0.2
883	0.21
884	0.23
885	0.24
886	0.26
887	0.24
888	0.19
889	0.2
890	0.23
891	0.22
892	0.19
893	0.17
894	0.16
895	0.15
896	0.13
897	0.11
898	0.09
899	0.12
900	0.14
901	0.15
902	0.15
903	0.16
904	0.17
905	0.2
906	0.24
907	0.26
908	0.28
909	0.36
910	0.43
911	0.52
912	0.57
913	0.59
914	0.61
915	0.66
916	0.7
917	0.67
918	0.68
919	0.6
920	0.61
921	0.57
922	0.52
923	0.49
924	0.51
925	0.52
926	0.51
927	0.53
928	0.5
929	0.5
930	0.5
931	0.43
932	0.38
933	0.35
934	0.33
935	0.3
936	0.31
937	0.28
938	0.26
939	0.28
940	0.24
941	0.21
942	0.18
943	0.17
944	0.12
945	0.12
946	0.12
947	0.1
948	0.11
949	0.1
950	0.08
951	0.09
952	0.1
953	0.1
954	0.13
955	0.14
956	0.13
957	0.15
958	0.15
959	0.15
960	0.14
961	0.16
962	0.15
963	0.15
964	0.15
965	0.14
966	0.14
967	0.17
968	0.2
969	0.19
970	0.22
971	0.24
972	0.26
973	0.29
974	0.31
975	0.3
976	0.28
977	0.29
978	0.25
979	0.27
980	0.24
981	0.2
982	0.18
983	0.16
984	0.16
985	0.13
986	0.11
987	0.09
988	0.15
989	0.15
990	0.15
991	0.15
992	0.15
993	0.17
994	0.19
995	0.19
996	0.2
997	0.3
998	0.33
999	0.37
1000	0.38
1001	0.36
1002	0.36
1003	0.37
1004	0.32
1005	0.24
1006	0.23
1007	0.21
1008	0.24

R5A1R6

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer