FuNGI

F2SYH8

Protein Details

Accession

F2SYH8

Localization Confidence

Low

Confidence Score

8.5

NoLS Segment(s)

Position	Sequence	Protein Nature
1-21	MQINKRINVRCRKTPVCFYCN	Hydrophilic
1274-1295	DAWRDICEPKQRRRALPHMAMA	Hydrophilic

NLS Segment(s)

Subcellular Location(s)

mito 17.5, mito_nucl 12.333, nucl 6, cyto_nucl 5.333

Family & Domain DBs

InterPro	View protein in InterPro IPR045867 DNA-dir_RpoC_beta_prime IPR000722 RNA_pol_asu IPR006592 RNA_pol_N IPR007080 RNA_pol_Rpb1_1 IPR007066 RNA_pol_Rpb1_3 IPR042102 RNA_pol_Rpb1_3_sf IPR007083 RNA_pol_Rpb1_4 IPR007081 RNA_pol_Rpb1_5 IPR035698 RNAP_III_Rpc1_C IPR035697 RNAP_III_RPC1_N IPR038120 Rpb1_funnel_sf
Gene Ontology	GO:0000428 C:DNA-directed RNA polymerase complex GO:0005634 C:nucleus GO:0003677 F:DNA binding GO:0003899 F:DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0006351 P:DNA-templated transcription
Pfam	View protein in Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 PF04998 RNA_pol_Rpb1_5
CDD	cd02736 RNAP_III_Rpc1_C cd02583 RNAP_III_RPC1_N

Amino Acid Sequences

MQINKRINVRCRKTPVCFYCNAINGTVKKASTGALKIVHDKFRAFNASLSAKKIPPPSKLAFDRSFEEAKKSNPDIEKHYRRVFDDLNPLRVLKLFRRISNEDCELLSLNVDGARPEYFLWQFIPAPPVPIRPSVGQEGASTEDDLTAKLGDIVQSNLNLKMALDKGAPVQTIIECWDYMQLQIAVYVNSDIPGLQNTDSKKTIRGLCQRLKGKQGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPQLVAMNMTYPERVTRYNKEKLRQCIRNGTKTWPGANYLIKEGNSFRLFLKYGNLNMIANQLREGDIVERHLEDGDIVLFNRQPSLHKLSILSHFVKVRPHRTFRLNECVCNPYNADFDGDEMNLHVPQTEEARAEAMELMGVKSNLATPKNGEPIIAAIQDFITAAYLLSSKDNFFDRKTFTQICLSMLDSSTRFELPPPATIKPQMLWTGKQVFSVLMRPNKDCPVKVNLDAACRQLKLVKGQPRDLCENDGWLCIRNSEMLCGVADKSTIGAGKKDNIFFVIQRDFGYAAAAEAMNRLSKLSARWLTNKGFSIGITDVYPGESLVRLKDTLINTAFQQCDDLITAASKEKPQMGKSDSRQTAENEITGILNKVRQQAGEYCISELSKHNAPLIMATCGSKGSNINVSQMVAVVGQQSIENARVSKGFQDRTLPHFARHSQHALAKGFVRNSFFSGLTPTEFLFHAMSGREGLIDTAVKTAETGYMSRRLMKSLEDLSTRYDNTVRDSSSFIIQFQYGDDQLDPVNMEASAKPVHFDRTFTHAESTTYDKDEKGLSADEILALCEELIAPERKKLVRYDLLGNTLSYKAKNDFATDQWESNRDFLSSIEEYVAAKATQLRPSDNEEGKEQMAFTHTSKISARTLKAFITSCLDKYMRAHVEPGHSIGAIGAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVAGMSITQGVPRIKEIINASKEISTPIITCELVNKTDMRIAEIVKGRVEKLFLKDIVYYIEENRSQTSSFINIKVDFSTIKKLQLELTLRQILLAIKKHKAFKAADLTFRSFNSHIHIYVDEGASMAGVSVSEQKITGSDPYIRINYLRRILPNIQVFGYPDCTRAVIRVGEKVATNILLVEGYGLRACMTTDGIEGHRTRTNHVMEMRDVLGIEAARTTIIDEISSVMSGMAIDPRHMQLLADVMTYKGEVLGITRFGLAKIRDSVLQLASFEKTADHLFDAGGAGRRDTVQGVSECIIMGKTISLGTGSMEVVRDLKLLDSHVGKKKTVFDDAWRDICEPKQRRRALPHMAMAC

FASTA Sequence
with NoLS information

AlphaFold Structure
with highlighted NoLS

NoLS Predictions per Residue

Residue Number	Score
1	0.81
2	0.81
3	0.76
4	0.7
5	0.66
6	0.64
7	0.61
8	0.55
9	0.47
10	0.45
11	0.4
12	0.43
13	0.42
14	0.34
15	0.29
16	0.28
17	0.28
18	0.27
19	0.28
20	0.28
21	0.29
22	0.32
23	0.39
24	0.44
25	0.48
26	0.44
27	0.44
28	0.41
29	0.42
30	0.45
31	0.39
32	0.35
33	0.35
34	0.4
35	0.41
36	0.43
37	0.42
38	0.38
39	0.42
40	0.5
41	0.49
42	0.47
43	0.52
44	0.52
45	0.57
46	0.61
47	0.64
48	0.6
49	0.57
50	0.55
51	0.53
52	0.53
53	0.45
54	0.45
55	0.4
56	0.4
57	0.44
58	0.44
59	0.46
60	0.46
61	0.49
62	0.52
63	0.59
64	0.65
65	0.65
66	0.69
67	0.66
68	0.63
69	0.65
70	0.6
71	0.56
72	0.57
73	0.54
74	0.52
75	0.49
76	0.47
77	0.4
78	0.4
79	0.38
80	0.32
81	0.37
82	0.38
83	0.41
84	0.49
85	0.53
86	0.55
87	0.58
88	0.56
89	0.47
90	0.42
91	0.39
92	0.32
93	0.27
94	0.23
95	0.15
96	0.12
97	0.11
98	0.11
99	0.1
100	0.1
101	0.1
102	0.1
103	0.11
104	0.16
105	0.15
106	0.17
107	0.18
108	0.19
109	0.2
110	0.22
111	0.26
112	0.21
113	0.25
114	0.25
115	0.29
116	0.28
117	0.3
118	0.31
119	0.28
120	0.33
121	0.33
122	0.33
123	0.29
124	0.27
125	0.26
126	0.27
127	0.25
128	0.21
129	0.16
130	0.16
131	0.15
132	0.15
133	0.13
134	0.1
135	0.09
136	0.09
137	0.09
138	0.09
139	0.11
140	0.12
141	0.13
142	0.16
143	0.18
144	0.18
145	0.17
146	0.16
147	0.14
148	0.17
149	0.16
150	0.15
151	0.14
152	0.14
153	0.17
154	0.2
155	0.2
156	0.16
157	0.17
158	0.14
159	0.15
160	0.16
161	0.15
162	0.12
163	0.12
164	0.15
165	0.13
166	0.13
167	0.16
168	0.14
169	0.12
170	0.14
171	0.14
172	0.12
173	0.12
174	0.13
175	0.09
176	0.09
177	0.09
178	0.07
179	0.07
180	0.09
181	0.1
182	0.1
183	0.14
184	0.17
185	0.22
186	0.25
187	0.26
188	0.28
189	0.32
190	0.38
191	0.43
192	0.51
193	0.55
194	0.6
195	0.68
196	0.72
197	0.71
198	0.75
199	0.74
200	0.73
201	0.72
202	0.74
203	0.74
204	0.71
205	0.7
206	0.7
207	0.71
208	0.69
209	0.67
210	0.66
211	0.56
212	0.53
213	0.49
214	0.43
215	0.34
216	0.31
217	0.32
218	0.24
219	0.24
220	0.25
221	0.27
222	0.27
223	0.3
224	0.29
225	0.25
226	0.26
227	0.27
228	0.25
229	0.24
230	0.21
231	0.2
232	0.19
233	0.16
234	0.15
235	0.13
236	0.12
237	0.13
238	0.11
239	0.09
240	0.07
241	0.06
242	0.07
243	0.09
244	0.09
245	0.08
246	0.11
247	0.13
248	0.19
249	0.23
250	0.32
251	0.39
252	0.48
253	0.54
254	0.61
255	0.67
256	0.71
257	0.76
258	0.74
259	0.72
260	0.74
261	0.75
262	0.75
263	0.7
264	0.66
265	0.63
266	0.59
267	0.56
268	0.47
269	0.42
270	0.38
271	0.39
272	0.35
273	0.31
274	0.31
275	0.28
276	0.28
277	0.26
278	0.29
279	0.25
280	0.25
281	0.22
282	0.23
283	0.23
284	0.22
285	0.26
286	0.22
287	0.23
288	0.25
289	0.25
290	0.21
291	0.21
292	0.26
293	0.23
294	0.19
295	0.18
296	0.16
297	0.15
298	0.15
299	0.15
300	0.11
301	0.11
302	0.12
303	0.13
304	0.13
305	0.13
306	0.13
307	0.11
308	0.09
309	0.09
310	0.08
311	0.07
312	0.07
313	0.08
314	0.09
315	0.09
316	0.1
317	0.1
318	0.12
319	0.17
320	0.25
321	0.25
322	0.25
323	0.27
324	0.29
325	0.34
326	0.37
327	0.33
328	0.29
329	0.3
330	0.3
331	0.36
332	0.39
333	0.43
334	0.46
335	0.5
336	0.52
337	0.57
338	0.63
339	0.62
340	0.66
341	0.59
342	0.54
343	0.52
344	0.51
345	0.44
346	0.39
347	0.34
348	0.25
349	0.24
350	0.21
351	0.2
352	0.14
353	0.15
354	0.14
355	0.13
356	0.1
357	0.1
358	0.1
359	0.08
360	0.08
361	0.07
362	0.06
363	0.07
364	0.1
365	0.11
366	0.1
367	0.1
368	0.11
369	0.11
370	0.11
371	0.1
372	0.07
373	0.06
374	0.06
375	0.06
376	0.07
377	0.07
378	0.06
379	0.06
380	0.09
381	0.12
382	0.13
383	0.14
384	0.15
385	0.2
386	0.25
387	0.24
388	0.22
389	0.18
390	0.19
391	0.2
392	0.18
393	0.13
394	0.09
395	0.09
396	0.09
397	0.09
398	0.06
399	0.05
400	0.04
401	0.04
402	0.04
403	0.05
404	0.05
405	0.07
406	0.08
407	0.08
408	0.1
409	0.13
410	0.14
411	0.16
412	0.19
413	0.24
414	0.26
415	0.32
416	0.32
417	0.31
418	0.34
419	0.33
420	0.31
421	0.26
422	0.25
423	0.19
424	0.18
425	0.18
426	0.13
427	0.13
428	0.13
429	0.12
430	0.11
431	0.11
432	0.16
433	0.16
434	0.21
435	0.24
436	0.24
437	0.25
438	0.27
439	0.28
440	0.22
441	0.24
442	0.25
443	0.24
444	0.23
445	0.27
446	0.31
447	0.3
448	0.3
449	0.27
450	0.21
451	0.2
452	0.25
453	0.25
454	0.24
455	0.26
456	0.27
457	0.3
458	0.36
459	0.38
460	0.33
461	0.31
462	0.32
463	0.34
464	0.33
465	0.36
466	0.31
467	0.32
468	0.33
469	0.32
470	0.27
471	0.24
472	0.23
473	0.2
474	0.2
475	0.22
476	0.28
477	0.33
478	0.35
479	0.42
480	0.44
481	0.46
482	0.49
483	0.44
484	0.4
485	0.32
486	0.32
487	0.26
488	0.24
489	0.2
490	0.17
491	0.16
492	0.12
493	0.13
494	0.12
495	0.11
496	0.11
497	0.11
498	0.1
499	0.1
500	0.1
501	0.1
502	0.07
503	0.07
504	0.06
505	0.06
506	0.06
507	0.08
508	0.08
509	0.09
510	0.1
511	0.14
512	0.17
513	0.18
514	0.17
515	0.17
516	0.17
517	0.16
518	0.19
519	0.17
520	0.15
521	0.15
522	0.15
523	0.14
524	0.13
525	0.13
526	0.08
527	0.06
528	0.06
529	0.06
530	0.05
531	0.05
532	0.05
533	0.05
534	0.05
535	0.05
536	0.05
537	0.06
538	0.07
539	0.15
540	0.19
541	0.21
542	0.26
543	0.3
544	0.32
545	0.34
546	0.34
547	0.28
548	0.23
549	0.21
550	0.19
551	0.15
552	0.13
553	0.1
554	0.1
555	0.08
556	0.08
557	0.08
558	0.05
559	0.05
560	0.05
561	0.06
562	0.06
563	0.07
564	0.07
565	0.07
566	0.12
567	0.12
568	0.16
569	0.16
570	0.16
571	0.16
572	0.19
573	0.19
574	0.14
575	0.15
576	0.1
577	0.1
578	0.1
579	0.09
580	0.06
581	0.06
582	0.07
583	0.07
584	0.08
585	0.08
586	0.09
587	0.13
588	0.15
589	0.16
590	0.2
591	0.23
592	0.29
593	0.33
594	0.42
595	0.4
596	0.39
597	0.39
598	0.36
599	0.37
600	0.3
601	0.26
602	0.16
603	0.15
604	0.13
605	0.12
606	0.11
607	0.06
608	0.08
609	0.09
610	0.12
611	0.12
612	0.12
613	0.14
614	0.16
615	0.19
616	0.21
617	0.19
618	0.17
619	0.17
620	0.17
621	0.16
622	0.14
623	0.14
624	0.13
625	0.13
626	0.13
627	0.13
628	0.13
629	0.14
630	0.14
631	0.11
632	0.09
633	0.09
634	0.08
635	0.08
636	0.08
637	0.08
638	0.07
639	0.08
640	0.12
641	0.12
642	0.14
643	0.14
644	0.14
645	0.13
646	0.12
647	0.11
648	0.06
649	0.06
650	0.05
651	0.04
652	0.04
653	0.04
654	0.04
655	0.04
656	0.06
657	0.06
658	0.06
659	0.07
660	0.07
661	0.08
662	0.12
663	0.17
664	0.17
665	0.17
666	0.23
667	0.25
668	0.29
669	0.37
670	0.33
671	0.29
672	0.31
673	0.33
674	0.31
675	0.32
676	0.3
677	0.24
678	0.26
679	0.29
680	0.27
681	0.25
682	0.24
683	0.23
684	0.22
685	0.21
686	0.21
687	0.17
688	0.18
689	0.18
690	0.16
691	0.14
692	0.15
693	0.14
694	0.12
695	0.12
696	0.11
697	0.1
698	0.1
699	0.11
700	0.09
701	0.08
702	0.08
703	0.08
704	0.08
705	0.07
706	0.07
707	0.06
708	0.05
709	0.05
710	0.05
711	0.05
712	0.05
713	0.05
714	0.06
715	0.05
716	0.05
717	0.06
718	0.06
719	0.07
720	0.07
721	0.09
722	0.14
723	0.15
724	0.19
725	0.19
726	0.19
727	0.19
728	0.19
729	0.21
730	0.19
731	0.21
732	0.19
733	0.19
734	0.21
735	0.23
736	0.21
737	0.19
738	0.18
739	0.16
740	0.19
741	0.21
742	0.18
743	0.17
744	0.19
745	0.19
746	0.19
747	0.19
748	0.15
749	0.13
750	0.13
751	0.12
752	0.1
753	0.11
754	0.08
755	0.09
756	0.08
757	0.08
758	0.08
759	0.08
760	0.08
761	0.06
762	0.06
763	0.05
764	0.06
765	0.05
766	0.07
767	0.09
768	0.08
769	0.09
770	0.1
771	0.15
772	0.15
773	0.17
774	0.17
775	0.22
776	0.24
777	0.24
778	0.26
779	0.21
780	0.21
781	0.21
782	0.24
783	0.2
784	0.2
785	0.2
786	0.17
787	0.18
788	0.18
789	0.16
790	0.13
791	0.12
792	0.09
793	0.09
794	0.09
795	0.09
796	0.08
797	0.08
798	0.06
799	0.05
800	0.05
801	0.04
802	0.04
803	0.03
804	0.06
805	0.1
806	0.1
807	0.12
808	0.17
809	0.18
810	0.2
811	0.22
812	0.27
813	0.29
814	0.32
815	0.36
816	0.35
817	0.38
818	0.36
819	0.34
820	0.28
821	0.25
822	0.23
823	0.16
824	0.16
825	0.14
826	0.18
827	0.18
828	0.2
829	0.2
830	0.2
831	0.27
832	0.26
833	0.26
834	0.24
835	0.26
836	0.24
837	0.23
838	0.22
839	0.15
840	0.14
841	0.12
842	0.16
843	0.14
844	0.14
845	0.12
846	0.12
847	0.12
848	0.12
849	0.13
850	0.07
851	0.07
852	0.11
853	0.14
854	0.18
855	0.2
856	0.21
857	0.22
858	0.29
859	0.36
860	0.35
861	0.34
862	0.3
863	0.31
864	0.3
865	0.28
866	0.21
867	0.14
868	0.13
869	0.13
870	0.13
871	0.18
872	0.18
873	0.2
874	0.21
875	0.24
876	0.27
877	0.3
878	0.31
879	0.27
880	0.29
881	0.27
882	0.3
883	0.27
884	0.23
885	0.24
886	0.24
887	0.2
888	0.23
889	0.23
890	0.2
891	0.21
892	0.28
893	0.26
894	0.25
895	0.27
896	0.24
897	0.28
898	0.28
899	0.29
900	0.21
901	0.17
902	0.17
903	0.14
904	0.13
905	0.09
906	0.07
907	0.05
908	0.04
909	0.04
910	0.05
911	0.05
912	0.03
913	0.04
914	0.04
915	0.06
916	0.06
917	0.06
918	0.07
919	0.1
920	0.11
921	0.13
922	0.13
923	0.11
924	0.11
925	0.11
926	0.11
927	0.08
928	0.08
929	0.06
930	0.06
931	0.05
932	0.05
933	0.05
934	0.05
935	0.08
936	0.09
937	0.1
938	0.11
939	0.15
940	0.14
941	0.19
942	0.23
943	0.28
944	0.3
945	0.3
946	0.31
947	0.28
948	0.28
949	0.25
950	0.22
951	0.15
952	0.13
953	0.13
954	0.14
955	0.13
956	0.13
957	0.16
958	0.17
959	0.17
960	0.18
961	0.17
962	0.15
963	0.18
964	0.18
965	0.17
966	0.16
967	0.16
968	0.21
969	0.25
970	0.25
971	0.25
972	0.26
973	0.24
974	0.23
975	0.25
976	0.22
977	0.22
978	0.27
979	0.25
980	0.25
981	0.25
982	0.25
983	0.25
984	0.23
985	0.2
986	0.15
987	0.2
988	0.2
989	0.2
990	0.22
991	0.21
992	0.19
993	0.19
994	0.19
995	0.2
996	0.21
997	0.23
998	0.24
999	0.24
1000	0.24
1001	0.24
1002	0.24
1003	0.2
1004	0.18
1005	0.24
1006	0.23
1007	0.26
1008	0.26
1009	0.26
1010	0.27
1011	0.33
1012	0.35
1013	0.3
1014	0.35
1015	0.34
1016	0.32
1017	0.31
1018	0.31
1019	0.26
1020	0.27
1021	0.31
1022	0.28
1023	0.31
1024	0.36
1025	0.42
1026	0.42
1027	0.47
1028	0.43
1029	0.44
1030	0.5
1031	0.48
1032	0.5
1033	0.5
1034	0.51
1035	0.47
1036	0.45
1037	0.42
1038	0.32
1039	0.29
1040	0.28
1041	0.26
1042	0.23
1043	0.23
1044	0.23
1045	0.2
1046	0.22
1047	0.21
1048	0.15
1049	0.13
1050	0.12
1051	0.09
1052	0.09
1053	0.07
1054	0.03
1055	0.03
1056	0.04
1057	0.09
1058	0.09
1059	0.1
1060	0.1
1061	0.1
1062	0.11
1063	0.13
1064	0.14
1065	0.12
1066	0.16
1067	0.19
1068	0.23
1069	0.24
1070	0.25
1071	0.26
1072	0.29
1073	0.33
1074	0.34
1075	0.36
1076	0.34
1077	0.4
1078	0.42
1079	0.47
1080	0.47
1081	0.42
1082	0.37
1083	0.34
1084	0.34
1085	0.29
1086	0.32
1087	0.24
1088	0.2
1089	0.19
1090	0.19
1091	0.19
1092	0.18
1093	0.2
1094	0.19
1095	0.21
1096	0.24
1097	0.25
1098	0.25
1099	0.26
1100	0.25
1101	0.23
1102	0.18
1103	0.16
1104	0.11
1105	0.1
1106	0.08
1107	0.07
1108	0.07
1109	0.06
1110	0.07
1111	0.07
1112	0.07
1113	0.06
1114	0.07
1115	0.07
1116	0.07
1117	0.08
1118	0.08
1119	0.09
1120	0.12
1121	0.13
1122	0.18
1123	0.19
1124	0.21
1125	0.25
1126	0.25
1127	0.27
1128	0.33
1129	0.35
1130	0.36
1131	0.39
1132	0.4
1133	0.36
1134	0.39
1135	0.36
1136	0.29
1137	0.26
1138	0.19
1139	0.17
1140	0.13
1141	0.12
1142	0.08
1143	0.08
1144	0.07
1145	0.07
1146	0.08
1147	0.07
1148	0.08
1149	0.07
1150	0.07
1151	0.09
1152	0.1
1153	0.1
1154	0.09
1155	0.07
1156	0.07
1157	0.07
1158	0.07
1159	0.09
1160	0.09
1161	0.1
1162	0.13
1163	0.14
1164	0.16
1165	0.16
1166	0.15
1167	0.12
1168	0.16
1169	0.16
1170	0.14
1171	0.14
1172	0.12
1173	0.13
1174	0.13
1175	0.12
1176	0.07
1177	0.07
1178	0.06
1179	0.07
1180	0.1
1181	0.1
1182	0.11
1183	0.12
1184	0.13
1185	0.13
1186	0.19
1187	0.18
1188	0.21
1189	0.23
1190	0.24
1191	0.25
1192	0.27
1193	0.3
1194	0.27
1195	0.27
1196	0.23
1197	0.21
1198	0.21
1199	0.19
1200	0.17
1201	0.14
1202	0.13
1203	0.14
1204	0.15
1205	0.14
1206	0.13
1207	0.13
1208	0.13
1209	0.14
1210	0.14
1211	0.18
1212	0.16
1213	0.16
1214	0.16
1215	0.17
1216	0.17
1217	0.18
1218	0.17
1219	0.17
1220	0.17
1221	0.2
1222	0.2
1223	0.2
1224	0.19
1225	0.18
1226	0.16
1227	0.11
1228	0.1
1229	0.07
1230	0.07
1231	0.07
1232	0.07
1233	0.07
1234	0.07
1235	0.08
1236	0.1
1237	0.1
1238	0.1
1239	0.1
1240	0.11
1241	0.12
1242	0.12
1243	0.12
1244	0.1
1245	0.12
1246	0.12
1247	0.14
1248	0.18
1249	0.22
1250	0.3
1251	0.39
1252	0.42
1253	0.42
1254	0.44
1255	0.51
1256	0.51
1257	0.52
1258	0.47
1259	0.47
1260	0.54
1261	0.59
1262	0.59
1263	0.53
1264	0.5
1265	0.45
1266	0.49
1267	0.51
1268	0.49
1269	0.53
1270	0.59
1271	0.64
1272	0.72
1273	0.78
1274	0.82
1275	0.82
1276	0.81

F2SYH8

3D AlphaFold-predicted Structure Viewer